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- PDB-6fzb: AadA in complex with ATP, magnesium and streptomycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fzb
タイトルAadA in complex with ATP, magnesium and streptomycin
要素Streptomycin 3''-adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE ADENYL TRANSFERASE / ANT(3'')9 / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


streptomycin 3''-adenylyltransferase / aminoglycoside 3''-adenylyltransferase activity / adenylyltransferase activity / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adenylyltransferase AadA/Aad9 / Adenylyltransferase AadA, C-terminal domain / Aminoglycoside adenylyltransferase, C-terminal domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / STREPTOMYCIN / Aminoglycoside (3'') (9) adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kanchugal P, S. / Selmer, M.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2013-05930 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg FoundationRiboCORE スウェーデン
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural mechanism of AadA, a dual-specificity aminoglycoside adenylyltransferase fromSalmonella enterica.
著者: Stern, A.L. / Van der Verren, S.E. / Kanchugal P, S. / Nasvall, J. / Gutierrez-de-Teran, H. / Selmer, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: Structure of AadA from Salmonella enterica: a monomeric aminoglycoside (3'')(9) adenyltransferase.
著者: Chen, Y. / Nasvall, J. / Wu, S. / Andersson, D.I. / Selmer, M.
履歴
登録2018年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptomycin 3''-adenylyltransferase
B: Streptomycin 3''-adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,42615
ポリマ－60,7762
非ポリマー2,65013
水3,477193
1
A: Streptomycin 3''-adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8089
ポリマ－30,3881
非ポリマー1,4218
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Streptomycin 3''-adenylyltransferase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 31.6 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6176
ポリマ－30,3881
非ポリマー1,2295
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.670, 82.670, 79.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Streptomycin 3''-adenylyltransferase


分子量: 30387.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2
遺伝子: aadA, STM1264 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8ZPX9, streptomycin 3''-adenylyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 206分子

#2: 化合物 ChemComp-SRY / STREPTOMYCIN / STREPTOMYCIN A


分子量: 581.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H39N7O12 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% v/v PEG 500* MME; 10 % w/v PEG 20000, 0.02M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.02M DLAlanine; 0.02M Glycine; 0.02M DL-Lysine monohydrochloride; 0.02M DL-Serine, 0.1M Sodium HEPES-MOPS pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07438 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07438 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→71.6 Å / Num. obs: 38252 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.43
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 10.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 2660 / CC1/2: 0.552 / Rrim(I) all: 1.784 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5g4a

5g4a


解像度: 2.05→41.335 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.64
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2076 1909 4.99 %Random selection
Rwork0.1743 ---
obs0.1759 38245 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 55.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→41.335 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4141 0 168 193 4502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134456
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.666114
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9622686
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003757
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0502-2.10150.33251290.27582589X-RAY DIFFRACTION100
2.1015-2.15830.30711400.26782570X-RAY DIFFRACTION100
2.1583-2.22180.26281350.24362636X-RAY DIFFRACTION100
2.2218-2.29350.22971380.22622561X-RAY DIFFRACTION100
2.2935-2.37550.24711360.21132616X-RAY DIFFRACTION100
2.3755-2.47060.25541350.20662554X-RAY DIFFRACTION100
2.4706-2.5830.21911400.1872645X-RAY DIFFRACTION100
2.583-2.71920.21841360.19062561X-RAY DIFFRACTION100
2.7192-2.88950.23921370.19192602X-RAY DIFFRACTION100
2.8895-3.11250.21151370.19482623X-RAY DIFFRACTION100
3.1125-3.42560.24081360.18732611X-RAY DIFFRACTION100
3.4256-3.9210.18631390.1612570X-RAY DIFFRACTION100
3.921-4.93870.16811350.13172597X-RAY DIFFRACTION100
4.9387-41.34340.17311360.14782601X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.491-2.1919-0.61182.335-0.3481.5745-0.17810.0229-0.7012-0.02960.00160.59340.3084-0.14420.17510.39130.0260.05030.3408-0.02060.4493-22.231678.92477.8394
23.2235-1.52110.25812.7093-0.42381.2163-0.05620.0363-0.32460.0393-0.09450.32740.2131-0.15720.13210.44980.05030.07410.332-0.03280.4559-16.832975.766574.4784
32.0671-0.19480.32223.9189-1.80565.9643-0.23860.1975-0.1709-0.43010.09040.59050.2876-0.22890.15920.4326-0.04110.05450.3955-0.02770.5178-5.390377.614860.6186
43.4754-1.0364-1.67023.87250.47774.29590.09550.04790.10820.0022-0.0120.0964-0.3203-0.0935-0.08530.31840.00330.01060.2770.00250.2814-1.811590.132263.345
55.61080.5992-0.86835.60660.54062.638-0.06670.3025-0.6183-0.0952-0.15330.19060.2373-0.11270.18270.27740.02290.0170.4013-0.05190.3424-42.822293.371784.515
64.7746-1.43460.14591.73180.27420.924-0.1512-0.1191-0.63960.0722-0.03490.30790.2621-0.19740.18190.358-0.01780.06610.4701-0.02190.4506-48.511892.721491.7675
74.11241.24392.15953.71450.41647.21090.0707-0.6248-0.57920.4063-0.3673-0.26320.3569-0.48620.30930.4041-0.04980.04390.4179-0.02570.4885-54.111105.7518105.2493
84.4095-0.6401-1.07433.07611.46283.99080.0422-0.0466-0.0026-0.01580.0479-0.1795-0.01040.2366-0.08220.2568-0.01330.01170.2902-0.02040.2788-45.0007115.0749102.5304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 106 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 158 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 159 through 182 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 183 through 268 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 59 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 60 through 158 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 159 through 182 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 183 through 268 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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