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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fzb | |||||||||
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Title | AadA in complex with ATP, magnesium and streptomycin | |||||||||
![]() | Streptomycin 3''-adenylyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE ADENYL TRANSFERASE / ANT(3'')9 / ANTIBIOTIC RESISTANCE | |||||||||
Function / homology | ![]() streptomycin 3''-adenylyltransferase / aminoglycoside 3''-adenylyltransferase activity / adenylyltransferase activity / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kanchugal P, S. / Selmer, M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural mechanism of AadA, a dual-specificity aminoglycoside adenylyltransferase fromSalmonella enterica. Authors: Stern, A.L. / Van der Verren, S.E. / Kanchugal P, S. / Nasvall, J. / Gutierrez-de-Teran, H. / Selmer, M. #1: ![]() Title: Structure of AadA from Salmonella enterica: a monomeric aminoglycoside (3'')(9) adenyltransferase. Authors: Chen, Y. / Nasvall, J. / Wu, S. / Andersson, D.I. / Selmer, M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 270 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5g4aSC ![]() 5lpaC ![]() 5luhC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 30387.791 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 Gene: aadA, STM1264 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q8ZPX9, streptomycin 3''-adenylyltransferase |
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-Non-polymers , 7 types, 206 molecules ![](data/chem/img/SRY.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-GOL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 20% v/v PEG 500* MME; 10 % w/v PEG 20000, 0.02M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.02M DLAlanine; 0.02M Glycine; 0.02M DL-Lysine monohydrochloride; 0.02M DL-Serine, 0.1M Sodium HEPES-MOPS pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 31, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07438 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→71.6 Å / Num. obs: 38252 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.3 % / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.43 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.1 Å / Redundancy: 10.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 2660 / CC1/2: 0.552 / Rrim(I) all: 1.784 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5g4a Resolution: 2.05→41.335 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 22.64
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 55.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→41.335 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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