[日本語] English
万見
- PDB-6ikj: Crystal structure of YfiB(F48S) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ikj
タイトルCrystal structure of YfiB(F48S)
要素YfiB
キーワードSIGNALING PROTEIN / signalling system / peptidoglycan binding
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum stator complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer-membrane lipoprotein YfiB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Li, S. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570128 中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Structural analysis of activating mutants of YfiB from Pseudomonas aeruginosa PAO1.
著者: Li, S. / Li, T. / Teng, X. / Lou, X. / Xu, Y. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
履歴
登録2018年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: YfiB
B: YfiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9364
ポリマ－36,7482
非ポリマー1882
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.206, 56.300, 139.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 YfiB


分子量: 18373.891 Da / 分子数: 2 / 変異: F48S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: yfiB, PA1119 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4L6
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0M (NH4)2SO4, 0.1M CAPS pH 10.5, 0.2 M Li2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→37.21 Å / Num. obs: 29728 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1335 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZHW

4zhw


解像度: 1.76→35.956 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2302 1994 6.74 %
Rwork0.1919 --
obs0.1945 29598 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→35.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2067 0 11 188 2266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012098
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9922821
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9571296
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7604-1.80440.33221290.26361805X-RAY DIFFRACTION94
1.8044-1.85320.30081390.25851911X-RAY DIFFRACTION97
1.8532-1.90770.36421380.25491930X-RAY DIFFRACTION98
1.9077-1.96930.35371400.27841929X-RAY DIFFRACTION98
1.9693-2.03970.26451420.22441957X-RAY DIFFRACTION99
2.0397-2.12130.27161410.20271956X-RAY DIFFRACTION100
2.1213-2.21790.24241430.19491967X-RAY DIFFRACTION100
2.2179-2.33480.26881440.2161992X-RAY DIFFRACTION99
2.3348-2.4810.20331410.18931964X-RAY DIFFRACTION99
2.481-2.67250.25691460.19651999X-RAY DIFFRACTION100
2.6725-2.94130.23491430.19981991X-RAY DIFFRACTION100
2.9413-3.36670.21591470.19592023X-RAY DIFFRACTION99
3.3667-4.24060.20511460.16392034X-RAY DIFFRACTION99
4.2406-35.96360.19831550.17362146X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.66130.37930.92922.4333-1.4849.63840.3124-0.3871-0.36530.1138-0.19230.15430.3748-0.2804-0.16460.2448-0.0789-0.00430.24040.03060.3332-6.4212-64.8737151.6722
23.85375.4994-0.04197.3223-0.21891.01790.19740.3286-0.45730.2595-0.0072-0.2890.18250.1628-0.29840.2976-0.0237-0.07080.2377-0.03570.27927.4881-52.8389158.2998
33.79725.13141.59266.6722.08583.1995-0.06020.6417-0.2755-0.18010.1927-0.1336-0.19990.5049-0.1680.2935-0.0161-0.01850.2844-0.02390.22893.8996-53.646146.4668
44.00233.21240.53818.13285.2184.1588-0.0332-0.37950.07410.3971-0.18990.10770.01990.0156-0.02250.2743-0.02650.07150.18850.04560.2078-1.4022-52.9201162.0905
53.1074-0.02242.17954.56451.05394.44630.1118-0.19640.01730.1547-0.04830.1976-0.521-0.2524-0.00010.2363-0.0160.01850.2205-0.00170.2454-1.1188-46.2718158.4231
68.5251-3.77782.11783.4425-1.30518.6826-0.3879-0.2817-0.56811.35710.3849-0.76791.16930.0489-0.1310.6589-0.0103-0.11440.26810.04830.49775.4502-58.9033171.7851
75.95634.29625.68572.99364.00575.19620.4609-0.3773-0.36980.2677-0.0997-0.02390.0415-0.1616-0.19840.354-0.0678-0.030.28060.09480.329-3.4412-57.1768159.0293
82.4566-1.77081.74042.2717-0.20412.4265-0.2495-0.5320.00670.26960.12040.51990.0558-0.17020.10450.27530.0451-0.01250.2885-0.03570.43345.3696-65.9821134.598
94.8134-5.37133.97298.2841-3.91973.44810.47050.1431-0.3242-0.4882-0.20560.06390.50950.0352-0.34240.36540.0499-0.00580.2279-0.00820.2542-4.2847-57.0631122.336
105.6577-4.68974.78234.5522-4.12424.060.0496-0.1753-0.28920.4070.041-0.02150.1215-0.1142-0.08820.30870.0095-0.02130.3074-0.01990.2676-4.3237-53.8948134.3197
119.3804-3.07985.23884.7662-4.36554.64710.28020.59730.292-0.3467-0.5172-0.33490.43510.78090.28270.30250.0677-0.02530.2515-0.03830.3515.9083-55.1983125.9141
124.60790.66564.26665.2510.24323.78390.14190.64950.2459-0.6935-0.0633-0.1408-0.09990.49250.09810.28010.10330.06390.31890.03240.2865-3.0963-48.5675116.8927
138.45821.35557.9617.80851.20757.95250.16070.64550.7082-0.2473-0.5856-0.96310.04381.40480.21440.24880.020.03590.29640.07060.38597.5123-49.1494126.4333
145.87485.53492.60175.40861.45166.2830.51941.0353-0.5279-0.56990.2704-0.17090.76640.1277-0.66290.66490.1425-0.09080.3468-0.08920.3835-6.4671-61.1914109.8144
159.7604-5.24265.58228.0345-3.59633.55170.42520.6264-0.50680.19670.09540.142-0.32950.3278-0.43050.4630.1097-0.04630.3599-0.06310.29961.2443-58.4252121.7372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 34 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 73 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 90 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 91 through 106 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 107 through 139 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 140 through 158 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 159 through 168 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 34 through 46 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 47 through 73 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 74 through 90 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 91 through 100 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 101 through 128 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 129 through 139 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 140 through 158 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 159 through 167 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る