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- PDB-6iiq: Complex structure of the HRP3 PWWP domain with a 16-bp TA-rich DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iiq
タイトルComplex structure of the HRP3 PWWP domain with a 16-bp TA-rich DNA
要素
  • 16-bp TA-rich DNA
  • Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / growth factor / PWWP domain / Hepatoma-derived growth factor-related protein 3 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule polymerization / tubulin binding / growth factor activity / neuron projection development / microtubule binding / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / DNA / DNA (> 10) / Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wang, Z. / Tian, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570729 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Complex structure of the HRP3 PWWP domain with a 16-bp TA-rich DNA
著者: Wang, Z. / Tian, W.
履歴
登録2018年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
B: Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
C: Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
D: 16-bp TA-rich DNA
E: 16-bp TA-rich DNA
F: 16-bp TA-rich DNA
G: 16-bp TA-rich DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,99013
ポリマ－54,3127
非ポリマー6796
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, a 16-bp double-stranded DNA binds 3 proteins
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.426, 33.556, 201.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hepatoma-derived growth factor-related protein 3 / HRP-3 / Hepatoma-derived growth factor 2 / HDGF-2


分子量: 11578.261 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDGFL3, HDGF2, HDGFRP3, CGI-142 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3E1
#2: DNA鎖
16-bp TA-rich DNA


分子量: 4894.239 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.1 M sodium malonate, pH 8.0, and 26% polyethylene glycol 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 31501 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2046 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IIP

6iip


解像度: 1.85→28.972 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 1576 5.01 %
Rwork0.2049 --
obs0.2073 31477 93.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.972 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 615 45 186 3278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1194503
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2261276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8434-1.90290.35511390.2742407X-RAY DIFFRACTION86
1.9029-1.97090.28671630.25422787X-RAY DIFFRACTION95
1.9709-2.04980.29061450.23472682X-RAY DIFFRACTION94
2.0498-2.1430.28511380.21012699X-RAY DIFFRACTION94
2.143-2.2560.29491430.22672756X-RAY DIFFRACTION94
2.256-2.39720.29371330.22812766X-RAY DIFFRACTION94
2.3972-2.58220.25411260.23252707X-RAY DIFFRACTION93
2.5822-2.84190.30751390.24312674X-RAY DIFFRACTION93
2.8419-3.25260.29741590.23032695X-RAY DIFFRACTION92
3.2526-4.09610.22971280.17912794X-RAY DIFFRACTION94
4.0961-28.97590.19851630.17452934X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.2097 Å / Origin y: 7.9591 Å / Origin z: 50.1795 Å
111213212223313233
T0.1913 Å20.0925 Å2-0.0054 Å2-0.2183 Å20.0187 Å2--0.202 Å2
L0.0564 °20.072 °2-0.1928 °2-0.1062 °2-0.0675 °2--0.4642 °2
S0.0378 Å °0.0984 Å °0.0072 Å °0.0505 Å °-0.0176 Å °-0.0306 Å °0.0637 Å °-0.0611 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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