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- PDB-4e29: Periplasmic domain of the chimeric WzzB chain length regulator protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+29
タイトルPeriplasmic domain of the chimeric WzzB chain length regulator protein
要素Chimeric WzzB chain length determinant protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Wzz / Regulation of LPS O-antigen chain length / Inner membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide biosynthetic process / protein tyrosine kinase activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial polysaccharide co-polymerase-like / FepE-like / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chain length determinant protein / Chain length determinant protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J.D. / Cygler, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Characterization of Closely Related O-antigen Lipopolysaccharide (LPS) Chain Length Regulators.
著者: Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J. / Cygler, M.
履歴
登録2012年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references
改定 1.22012年6月20日Group: Database references
改定 1.32017年7月5日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimeric WzzB chain length determinant protein
B: Chimeric WzzB chain length determinant protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6462
ポリマ－56,6462
非ポリマー00
水14,232790
1
A: Chimeric WzzB chain length determinant protein
B: Chimeric WzzB chain length determinant protein

A: Chimeric WzzB chain length determinant protein
B: Chimeric WzzB chain length determinant protein

A: Chimeric WzzB chain length determinant protein
B: Chimeric WzzB chain length determinant protein

A: Chimeric WzzB chain length determinant protein
B: Chimeric WzzB chain length determinant protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,5848
ポリマ－226,5848
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area31230 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area80520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.757, 115.757, 210.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-601-

HOH

21B-680-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chimeric WzzB chain length determinant protein / Polysaccharide antigen chain regulator


分子量: 28323.027 Da / 分子数: 2 / 断片: Periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IPTG-inducible pET based E.coli expression vector
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌), (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
遺伝子: cld, rol, S2210, SF2089, wzzB, STM2079 / プラスミド: pFO4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37792, UniProt: Q04866
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 790 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: NaFormate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.96406 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→32.698 Å / Num. all: 94818 / Num. obs: 90288 / Observed criterion σ(I): 11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.6→32.698 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 4557 5.05 %
Rwork0.2178 --
obs0.2189 90287 96.01 %
all-94818 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.923 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.391 Å20 Å2-0 Å2
2--1.391 Å2-0 Å2
3----2.782 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.698 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3502 0 0 790 4292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9234844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2481310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004627
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.65720.28144120.23377946X-RAY DIFFRACTION90
1.6572-1.72350.25534170.22998094X-RAY DIFFRACTION92
1.7235-1.8020.24944580.22868279X-RAY DIFFRACTION94
1.802-1.8970.26694330.23218399X-RAY DIFFRACTION95
1.897-2.01580.24964280.23038404X-RAY DIFFRACTION95
2.0158-2.17140.245170.20788716X-RAY DIFFRACTION99
2.1714-2.38990.23014750.20738692X-RAY DIFFRACTION98
2.3899-2.73560.25964770.23038894X-RAY DIFFRACTION99
2.7356-3.44590.24284600.21989017X-RAY DIFFRACTION100
3.4459-32.70530.20884800.20729290X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24950.39440.25190.82990.49170.52190.0868-0.0033-0.0927-0.23620.03220.18740.236-0.0177-0.1080.40980.0271-0.20110.0729-0.01470.199625.931355.781529.2888
20.03380.03170.10550.2322-0.06630.3246-0.0310.01310.0479-0.1275-0.04460.0627-0.04830.0370.06550.11360.0256-0.04170.0647-0.01080.082238.586244.641868.3487
31.11470.41211.20060.63160.99481.9091-0.16440.1844-0.1606-0.10540.3088-0.097-0.29980.4514-0.17340.1143-0.0778-0.0080.1738-0.06640.119236.91934.194329.4679
40.44450.23950.87570.09890.33131.0277-0.0590.09160.0043-0.05920.00530.0296-0.14370.06650.02610.08330.0166-0.01010.1559-0.03320.090653.366334.677468.0465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 55:161)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 162:291)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 55:160)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 161:289)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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