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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4.0E+29 | ||||||
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タイトル | Periplasmic domain of the chimeric WzzB chain length regulator protein | ||||||
要素 | Chimeric WzzB chain length determinant protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Wzz / Regulation of LPS O-antigen chain length / Inner membrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipopolysaccharide biosynthetic process / protein tyrosine kinase activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J.D. / Cygler, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structural Characterization of Closely Related O-antigen Lipopolysaccharide (LPS) Chain Length Regulators. 著者: Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e29.cif.gz | 199.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4e29.ent.gz | 167.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e29.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/4e29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/4e29 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28323.027 Da / 分子数: 2 / 断片: Periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IPTG-inducible pET based E.coli expression vector 由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌), (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 遺伝子: cld, rol, S2210, SF2089, wzzB, STM2079 / プラスミド: pFO4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37792, UniProt: Q04866 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.55 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: NaFormate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.96406 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96406 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→32.698 Å / Num. all: 94818 / Num. obs: 90288 / Observed criterion σ(I): 11 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.6→32.698 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.923 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.698 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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