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Yorodumi- PDB-3b8p: Fragment of WzzB, Polysaccharide Co-polymerase from Salmonella Ty... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3b8p | ||||||
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Title | Fragment of WzzB, Polysaccharide Co-polymerase from Salmonella Typhimurium | ||||||
Components | Chain length determinant protein | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / WZZ / WzzB / Bacterial Polysaccharide Co-polymerase / Inner membrane / Lipopolysaccharide biosynthesis / Membrane / Transmembrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information lipopolysaccharide biosynthetic process / protein tyrosine kinase activity / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Tocilj, A. / Matte, A. / Cygler, M. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2008 Title: Bacterial polysaccharide co-polymerases share a common framework for control of polymer length Authors: Tocilj, A. / Munger, C. / Proteau, A. / Morona, R. / Purins, L. / Ajamian, E. / Wagner, J. / Papadopoulos, M. / Van Den Bosch, L. / Rubinstein, J.L. / Fethiere, J. / Matte, A. / Cygler, M. | ||||||
History |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION ...BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. DETAILS: AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3b8p.cif.gz | 181.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3b8p.ent.gz | 147.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3b8p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/3b8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/3b8p | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End label comp-ID: PRO / Refine code: 6
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-Components
#1: Protein | Mass: 27458.379 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: Periplasmic domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (bacteria) / Strain: LT2 / Gene: wzzB, cld, rol / Plasmid: pGEX-4T1 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q04866 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 200mM MgCl, 100mM Nacacodylate pH 6.5, 20%PEG 8000, vapor diffusion, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 0.9791 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→29.31 Å / Num. obs: 27458 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.36 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.62 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.63 / Reflection: 28847 / Reflection acentric: 27697 / Reflection centric: 1150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.1→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 19.112 / SU ML: 0.348 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.481 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS REMARK 5 REMARK 5 WARNING REMARK 5 DATA QUALITY, DYNAMIC DISORDER AND HIGH ANISOTROPICITY REMARK 5 LIMIT THE QUALITY OF THE FINAL REFINED ...Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS REMARK 5 REMARK 5 WARNING REMARK 5 DATA QUALITY, DYNAMIC DISORDER AND HIGH ANISOTROPICITY REMARK 5 LIMIT THE QUALITY OF THE FINAL REFINED MODEL REMARK 5 REMARK 5 PENTAMERIC ARRANGEMENT IN ASU MIGHT NOT RESEMBLE BIOLOGICAL UNIT REMARK 5
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.931 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→29.24 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 1153 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
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