PDB-5of9: Crystal structure of human MORC2 (residues 1-603)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5of9

タイトル

Crystal structure of human MORC2 (residues 1-603)

要素

MORC family CW-type zinc finger protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / GHKL ATPase / chromatin remodeler / epigenetic silencing / transcriptional repressor / coiled-coil / CW domain / DNA binding protein / Charcot-Marie-Tooth disease / spinal muscular atrophy

機能・相同性

機能・相同性情報

constitutive heterochromatin formation / transposable element silencing by heterochromatin formation / Fatty acyl-CoA biosynthesis / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / heterochromatin / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / fatty acid metabolic process / nuclear matrix / chromatin remodeling / DNA damage response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.807 Å

データ登録者

Douse, C.H. / Shamin, M. / Modis, Y.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Neuropathic MORC2 mutations perturb GHKL ATPase dimerization dynamics and epigenetic silencing by multiple structural mechanisms.
著者: Douse, C.H. / Bloor, S. / Liu, Y. / Shamin, M. / Tchasovnikarova, I.A. / Timms, R.T. / Lehner, P.J. / Modis, Y.

履歴

登録	2017年7月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5of9.cif.gz	654.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5of9.ent.gz	545.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5of9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/5of9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/5of9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ofaC 5ofbC 5ix2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ofb-d 5ofa-d 5sxa-d 3b8p-d 6uz0-d 5sxj-d 4l23-d 30470 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: MORC family CW-type zinc finger protein 2

B: MORC family CW-type zinc finger protein 2

ヘテロ分子

141 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Dimer detected by multi-angle light scattering (MALS) and size-exclusion chromatography, gel filtration, homology, Homology to MORC3 dimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.170, 127.930, 80.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MORC family CW-type zinc finger protein 2 / Zinc finger CW-type coiled-coil domain protein 1 分子量: 70019.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Step tagged was removed by cleavage with PreScission protein to generate product starting with sequence GPRMAFT... 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MORC2, KIAA0852, ZCWCC1 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9Y6X9
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.33 % / 解説: Pyramidal
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M bicine/Trizma pH 8.5 9% PEG 4000 18% glycerol 0.02 M each of the following: 1,6-hexanediol; 1-butanol; RS-1,2 propanediol; 2-propanol; 1,4-butanediol; 1,3-propanediol Based on Morpheus crystal screen

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.972636 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.972636 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.807→78.658 Å / Num. obs: 118149 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 13.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.3 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.807-1.838	0.901	2.1	5948	0.684	0.555	98.3
4.905-78.658	0.053	28.8	5994	0.996	0.032	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12rc2_2821: ???)	精密化
XDS	1.1.7	データ削減
Aimless	1.1.7	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IX2

5ix2

解像度: 1.807→64.906 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.188	5844	4.95 %
R_work	0.161	-	-
obs	0.1624	118137	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.807→64.906 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8700	0	66	721	9487

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	8950
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.108	12066
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.827	5475
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1292
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1562

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8069-1.8274	0.3984	186	0.3377	3805	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8274-1.8489	0.3065	188	0.3035	3664	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8489-1.8715	0.314	170	0.2723	3702	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8715-1.8952	0.2879	192	0.2589	3689	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8952-1.9201	0.2491	194	0.2383	3763	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9201-1.9464	0.2535	184	0.2218	3775	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9464-1.9742	0.2387	170	0.2026	3742	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9742-2.0037	0.2227	182	0.1985	3801	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0037-2.035	0.2331	180	0.1876	3729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.035-2.0684	0.1976	199	0.1765	3789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0684-2.104	0.229	180	0.1755	3713	X-RAY DIFFRACTION	99
2.104-2.1423	0.1992	194	0.1704	3791	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1423-2.1835	0.1973	204	0.1656	3730	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1835-2.2281	0.1817	204	0.1575	3699	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2281-2.2765	0.2034	213	0.1574	3641	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2765-2.3295	0.1957	194	0.1538	3743	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3295-2.3877	0.1779	182	0.153	3777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3877-2.4523	0.2016	197	0.1511	3778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4523-2.5245	0.1942	216	0.1461	3742	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5245-2.606	0.1848	209	0.149	3739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.606-2.6991	0.1864	206	0.1543	3746	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6991-2.8072	0.1904	202	0.1519	3733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8072-2.9349	0.224	170	0.1587	3719	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9349-3.0897	0.2074	185	0.1611	3757	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0897-3.2832	0.1706	200	0.1579	3798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2832-3.5367	0.2011	186	0.1547	3754	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5367-3.8926	0.1605	215	0.1456	3786	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8926-4.4557	0.1533	208	0.1292	3641	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4557-5.6133	0.1587	218	0.1345	3777	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6133-64.9476	0.1764	216	0.1799	3770	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8584	-0.0523	0.2268	1.099	0.0401	1.318	0.0114	-0.1423	0.0856	0.0475	-0.0039	-0.0605	-0.1461	0.0846	-0.0116	0.1414	-0.0062	0.0072	0.2161	-0.0274	0.1811	-6.0112	-26.7053	-7.69
2	1.6377	1.841	-3.5467	1.7529	-3.6498	7.4389	-0.0839	-0.211	-0.2127	0.0219	-0.1454	-0.0942	0.2005	0.3299	0.2233	0.4019	0.1236	0.0176	0.5284	-0.0282	0.515	-44.4282	-39.0805	0.9518
3	0.7669	0.0215	0.2017	1.515	0.0688	1.4933	0.0379	0.0744	0.2733	-0.3623	-0.0888	0.1068	-0.4656	0.0044	0.0349	0.377	0.0619	-0.0115	0.1975	0.0215	0.2903	-19.7136	-11.017	-28.2978
4	1.2889	0.1943	0.1166	1.6227	0.4187	1.8662	0.015	-0.1543	-0.0817	0.0835	-0.0281	-0.147	0.1199	0.1092	0.0297	0.157	0.0182	-0.0007	0.1744	0.0251	0.2092	-10.6919	-46.0333	-13.4627
5	1.3678	0.3746	-0.1969	0.651	-0.3639	1.4057	-0.0538	-0.0122	-0.2331	-0.1196	0.009	-0.0971	0.2693	0.0027	0.0519	0.2281	0.0076	0.0084	0.1473	-0.0078	0.2281	-17.584	-56.3525	-24.0248
6	7.1798	-5.8091	5.5219	5.1846	-3.8196	4.5281	-0.4604	-0.2421	0.1024	0.795	0.1029	-0.2746	-0.5456	-0.1127	0.2071	0.3343	-0.023	0.0156	0.3761	0.0363	0.2964	23.2559	-55.7121	-13.2671
7	1.6884	-1.5998	1.7983	2.5618	-0.5405	3.1992	-0.0185	0.1267	-0.0736	-0.359	-0.0513	-0.0688	0.7264	-0.1928	-0.0091	0.2151	-0.0502	0.0184	0.3528	0.0704	0.3722	22.3906	-67.8782	-9.0159
8	1.938	0.3845	-0.552	1.082	0.7653	3.7857	-0.0635	0.4481	0.1322	-0.2868	0.0172	0.061	-0.2191	-0.0742	0.0571	0.256	0.0029	0.0137	0.2891	0.0436	0.2025	-3.7522	-38.0207	-45.3037
9	2.1023	1.1151	-0.7394	2.2584	-1.3937	2.1133	-0.3342	0.5978	-0.6076	-0.7635	0.1336	-0.3351	0.7762	-0.0063	0.1841	0.795	-0.0237	0.1917	0.5992	-0.1731	0.5308	-5.0227	-58.1807	-52.3071

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 281 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 282 through 361 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 362 through 551 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 42 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 43 through 281 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 282 through 319 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 320 through 361 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 362 through 482 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 483 through 551 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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