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Yorodumi- PDB-4gpk: Crystal structure of NprR in complex with its cognate peptide NprX -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4gpk | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of NprR in complex with its cognate peptide NprX | ||||||
Components |
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Keywords | Transcription / Peptide binding protein / TPR motif / Transcription factor / Quorum sensor / Transcription-Signaling peptide complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationSerine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #1000 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Zouhir, S. / Guimaraes, B. / Perchat, S. / Nicaise, M. / Lereclus, D. / Nessler, S. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2013Title: Peptide-binding dependent conformational changes regulate the transcriptional activity of the quorum-sensor NprR. Authors: Zouhir, S. / Perchat, S. / Nicaise, M. / Perez, J. / Guimaraes, B. / Lereclus, D. / Nessler, S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4gpk.cif.gz | 840.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4gpk.ent.gz | 704 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4gpk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4gpk_validation.pdf.gz | 614.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4gpk_full_validation.pdf.gz | 674.6 KB | Display | |
| Data in XML | 4gpk_validation.xml.gz | 135.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 4gpk_validation.cif.gz | 181.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/4gpk | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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| Details | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A TETRAMER OF NPRR, WITH A PEPTIDE BOUND IN EACH SUBUNIT. |
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Components
| #1: Protein | Mass: 44531.219 Da / Num. of mol.: 12 Fragment: THIS IS A TRUNCATED FORM OF THE FULL-LENGTH PROTEIN, MISSING THE 60 RESIDUES OF THE N-TERMINAL HTH DOMAIN, AND WITH AN ADDITIONAL C-TERMINAL HIS-TAG Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: nprR / Production host: ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 802.894 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: obtained synthetically |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.55 Å3/Da / Density % sol: 65.32 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.6 Details: 0.975M Natrium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
| Diffraction |
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| Diffraction source |
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| Detector |
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| Radiation |
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| Radiation wavelength |
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| Reflection | Number: 715889 / Rmerge(I) obs: 0.098 / D res high: 3.47 Å / Num. obs: 187712 / % possible obs: 96.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Diffraction reflection shell |
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| Reflection | Resolution: 3.09→50 Å / Num. all: 132686 / Num. obs: 132663 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 110.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 16.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
|
-Phasing
| Phasing | Method: SAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Phasing MAD set site |
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Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
Citation







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