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- PDB-3fsb: Crystal structure of QdtC, the dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-D-glucose... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fsb
タイトルCrystal structure of QdtC, the dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-D-glucose N-acetyl transferase from Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum in complex with CoA and dTDP-3-amino-quinovose
要素QdtC
キーワードTRANSFERASE / N-acetyltransferase / deoxysugar / natural product
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #30 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / : / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Other non-globular / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily ...Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #30 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / : / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Other non-globular / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Special / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Chem-T3Q / QdtC
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Holden, H.M. / Thoden, J.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural and Functional Studies of QdtC: an N-Acetyltransferase Required for the Biosynthesis of dTDP-3-Acetamido-3,6-Dideoxy-alpha-D-Glucose.
著者: Thoden, J. / Cook, P. / Schaffer, C. / Messner, P. / Holden, H.
履歴
登録2009年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: QdtC
B: QdtC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2626
ポリマ－61,6322
非ポリマー2,6304
水4,125229
1
A: QdtC
ヘテロ分子

A: QdtC
ヘテロ分子

A: QdtC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3939
ポリマ－92,4483
非ポリマー3,9456
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area15090 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area25970 Å2
手法PISA
2
B: QdtC
ヘテロ分子

B: QdtC
ヘテロ分子

B: QdtC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3939
ポリマ－92,4483
非ポリマー3,9456
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area14930 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area25670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.600, 67.600, 112.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-274-

HOH

21A-289-

HOH

31A-348-

HOH

41A-349-

HOH

51B-340-

HOH

61B-348-

HOH

71B-387-

HOH

81B-391-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 QdtC


分子量: 30816.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum (バクテリア)
株: E2707-71 / 遺伝子: qdtC / プラスミド: pET31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q6TFC6
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-T3Q / [(3R,4S,5S,6R)-4-amino-3,5-dihydroxy-6-methyloxan-2-yl][hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] hydrogen phosphate / thymidine-5'-diphosphate-alpha-D-3,6-dideoxy-3-aminoglucose / チミジン5′-二りん酸β-(3-アミノ-3,6-ジデオキシ-α-D-グルコピラノシル)


分子量: 547.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H27N3O14P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 24% PEG 5000, 0.1M HEPES, 0.01 M Acetyl-CoA, 0.04M dTDP-3-aminoquinovose, 2% ethyleneglycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker AXS Platinum135 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日 / 詳細: Montel
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 39913 / Num. obs: 39913 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.084
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4815 / Rsym value: 0.264 / % possible all: 79.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
TNT精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3fs8

3fs8


解像度: 1.95→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 3986 -random
Rwork0.183 ---
all0.185 39903 --
obs0.185 39903 95.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4115 0 166 229 4510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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