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- PDB-6ii2: Crystal structure of alpha-beta hydrolase (ABH) and Makes Caterpi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ii2
タイトルCrystal structure of alpha-beta hydrolase (ABH) and Makes Caterpillars Floppy (MCF)-Like effectors of Vibrio vulnificus MO6-24/O
要素Putative RTX-toxin
キーワードTOXIN / ABH-MCF / MARTX TOXIN / EFFECTOR DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytosol / toxin activity / transferase activity / cysteine-type endopeptidase activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase C58, YopT-type domain / Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Serine aminopeptidase, S33 ...: / Peptidase C58, YopT-type domain / Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Serine aminopeptidase, S33 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative RTX-toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Lee, Y. / Kim, B.S. / Choi, S. / Lee, E.Y. / Park, S. / Hwang, J. / Kwon, Y. / Hyung, J. / Lee, C. / Eom, S.H. / Kim, M.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Makes caterpillars floppy-like effector-containing MARTX toxins require host ADP-ribosylation factor (ARF) proteins for systemic pathogenicity.
著者: Lee, Y. / Kim, B.S. / Choi, S. / Lee, E.Y. / Park, S. / Hwang, J. / Kwon, Y. / Hyun, J. / Lee, C. / Kim, J.F. / Eom, S.H. / Kim, M.H.
履歴
登録2018年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative RTX-toxin
B: Putative RTX-toxin
C: Putative RTX-toxin
D: Putative RTX-toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,6334
ポリマ－300,6334
非ポリマー00
水00
1
A: Putative RTX-toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1581
ポリマ－75,1581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative RTX-toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1581
ポリマ－75,1581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative RTX-toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1581
ポリマ－75,1581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative RTX-toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1581
ポリマ－75,1581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.215, 108.593, 334.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative RTX-toxin


分子量: 75158.172 Da / 分子数: 4 / 断片: ABH-MCF / 変異: C3351S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: rtxA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1CLG9*PLUS
配列の詳細The sequence has been deposited to database with the NCBI accession ID WP_015728045.1. N-termianl M ...The sequence has been deposited to database with the NCBI accession ID WP_015728045.1. N-termianl M is the initial Methionine. Residue C3351S represent mutation.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 0.2M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 34303 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / Num. unique obs: 1698 / CC1/2: 0.562 / Rpim(I) all: 0.581 / Rrim(I) all: 1.509

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6II6 AND 6IMP

6ii6

6imp


解像度: 3.5→49.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.785 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.752 / SU B: 49.181 / SU ML: 0.746 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.978 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3274 1514 4.8 %RANDOM
Rwork0.28503 ---
obs0.28706 29984 77.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 59.345 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å2-0 Å20 Å2
2--0.84 Å2-0 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.5→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17825 0 0 0 17825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01918098
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0216905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1951.96724375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.808339307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.16652299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.08525.323821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.164153184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5981584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0220262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023442
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0676.0269298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0666.0269297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3449.01811563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3449.01911564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3956.1558800
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3956.1568801
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4139.19812813
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.65271.46720196
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.65171.46620197
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 18 -
Rwork0.37 435 -
obs--15.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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