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- PDB-6ii6: Crystal structure of the Makes Caterpillars Floppy (MCF)-Like eff... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ii6
タイトルCrystal structure of the Makes Caterpillars Floppy (MCF)-Like effector of Vibrio vulnificus MO6-24/O in complex with a human ADP-ribosylation factor 3 (ARF3)
要素
  • ADP-ribosylation factor 3
  • Putative RTX-toxin
キーワードTOXIN/PROTEIN BINDING / MCF / ARF3 / MARTX TOXIN / EFFECTOR DOMAIN / TOXIN / TOXIN-HOST PROTEIN COMPLEX / TOXIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / host cell cytosol / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / transferase activity / toxin activity / Golgi membrane ...Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / host cell cytosol / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / transferase activity / toxin activity / Golgi membrane / cysteine-type endopeptidase activity / GTPase activity / lipid binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / Peptidase C58, YopT-type domain / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / ADP-ribosylation factor 1-5 / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. ...: / Yersinia/Haemophilus virulence surface antigen / Peptidase C58, YopT-type domain / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / ADP-ribosylation factor 1-5 / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / Alpha/Beta hydrolase fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Putative RTX-toxin / ADP-ribosylation factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lee, Y. / Kim, B.S. / Choi, S. / Lee, E.Y. / Park, S. / Hwang, J. / Kwon, Y. / Hyun, J. / Lee, C. / Eom, S.H. / Kim, M.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Makes caterpillars floppy-like effector-containing MARTX toxins require host ADP-ribosylation factor (ARF) proteins for systemic pathogenicity.
著者: Lee, Y. / Kim, B.S. / Choi, S. / Lee, E.Y. / Park, S. / Hwang, J. / Kwon, Y. / Hyun, J. / Lee, C. / Kim, J.F. / Eom, S.H. / Kim, M.H.
履歴
登録2018年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative RTX-toxin
B: Putative RTX-toxin
C: ADP-ribosylation factor 3
D: ADP-ribosylation factor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,3318
ポリマ－121,2364
非ポリマー1,0954
水10,467581
1
A: Putative RTX-toxin
C: ADP-ribosylation factor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1654
ポリマ－60,6182
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area22690 Å2
手法PISA
2
B: Putative RTX-toxin
D: ADP-ribosylation factor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1654
ポリマ－60,6182
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.293, 117.523, 186.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative RTX-toxin


分子量: 40821.262 Da / 分子数: 2 / 断片: MCF / 変異: C3351S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: rtxA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1CLG9*PLUS
#2: タンパク質 ADP-ribosylation factor 3


分子量: 19796.598 Da / 分子数: 2 / 変異: Q71L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61204
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細The sequence of MCF domain has been deposited to database with NCBI accession ID WP_015728045.1. ...The sequence of MCF domain has been deposited to database with NCBI accession ID WP_015728045.1. GAM at N-terminal were from expression tag. Residue C3351S represents mutation.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris-HCl (pH 5.5), and 2% Tacsimate (pH 4.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 65267 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 3375 / CC1/2: 0.889 / Rpim(I) all: 0.228 / Rrim(I) all: 0.612

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
REFMAC精密化
精密化解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.845 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.183 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23214 3485 5.1 %RANDOM
Rwork0.17491 ---
obs0.17783 64463 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.946 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å2-0 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7930 0 66 581 8577
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198194
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3761.98211079
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77317797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.41951022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.59124.986369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.955151397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9121542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.029096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9232.8394091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.922.8394090
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3984.2415112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3974.2425113
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1533.2954103
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1543.2964091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3134.7455948
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.06734.3539433
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.04534.2189339
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 272 -
Rwork0.217 4577 -
obs--95.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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