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- PDB-6jbx: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae FabT in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jbx
タイトルCrystal structure of Streptococcus pneumoniae FabT in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*AP*TP*T)-3')
  • Fatty acid biosynthesis transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription factor / MarR family / fatty acid synthesis / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
MarR family / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIDECANE / DNA / DNA (> 10) / MarR family transcriptional regulator / HTH marR-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zuo, G. / Chen, Z.P. / Li, Q. / Zhou, C.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570728 中国
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into repression of the Pneumococcal fatty acid synthesis pathway by repressor FabT and co-repressor acyl-ACP.
著者: Zuo, G. / Chen, Z.P. / Jiang, Y.L. / Zhu, Z. / Ding, C. / Zhang, Z. / Chen, Y. / Zhou, C.Z. / Li, Q.
履歴
登録2019年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid biosynthesis transcriptional regulator
B: Fatty acid biosynthesis transcriptional regulator
C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*AP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0486
ポリマ－49,6794
非ポリマー3692
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12410 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.022, 60.868, 74.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid biosynthesis transcriptional regulator / FabT / MarR family transcriptional regulator / Multiple antibiotic resistance protein MarR / ...FabT / MarR family transcriptional regulator / Multiple antibiotic resistance protein MarR / Transcription regulator / MarR family / Transcriptional regulator


分子量: 17781.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: marR_1, fabT, marR / プラスミド: pET-28a-derived / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A062WM61, UniProt: Q8DR18*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*G)-3')


分子量: 7093.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*AP*TP*T)-3')


分子量: 7022.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
#4: 化合物 ChemComp-TRD / TRIDECANE / LIPID FRAGMENT / トリデカン


分子量: 184.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 5% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 31594 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.857 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 3169 / CC1/2: 0.857 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→35.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.176 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.17 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2207 1503 4.8 %RANDOM
Rwork0.18763 ---
obs0.18922 30078 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.169 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20.87 Å2
2---0.25 Å2-0 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→35.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2358 935 26 209 3528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0143476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4451.5494864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8421.9576629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1735289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.32417.73297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.64515424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.6641522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02619
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4073.8531159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4053.8531160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4165.7521447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4165.7531448
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2444.7912317
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2434.7912317
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.4767.0383418
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.50747.2974218
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.47546.9984166
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 107 -
Rwork0.236 2175 -
obs--96.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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