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- PDB-5mzk: Pseudomonas fluorescens kynurenine 3-monooxygenase (KMO) in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mzk
タイトルPseudomonas fluorescens kynurenine 3-monooxygenase (KMO) in complex with 3-[5-chloro-6-(cyclobutylmethoxy)-2-oxo-2,3-dihydro-1,3-benzoxazol-3-yl]propanoic acid
要素Kynurenine 3-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / KMO
機能・相同性
機能・相同性情報


kynurenine 3-monooxygenase / kynurenine 3-monooxygenase activity / kynurenine metabolic process / anthranilate metabolic process / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / quinolinate biosynthetic process / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan catabolic process / NAD+ metabolic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Kynurenine 3-monooxygenase / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-OK1 / Kynurenine 3-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Rowland, P.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Development of a Series of Kynurenine 3-Monooxygenase Inhibitors Leading to a Clinical Candidate for the Treatment of Acute Pancreatitis.
著者: Walker, A.L. / Ancellin, N. / Beaufils, B. / Bergeal, M. / Binnie, M. / Bouillot, A. / Clapham, D. / Denis, A. / Haslam, C.P. / Holmes, D.S. / Hutchinson, J.P. / Liddle, J. / McBride, A. / ...著者: Walker, A.L. / Ancellin, N. / Beaufils, B. / Bergeal, M. / Binnie, M. / Bouillot, A. / Clapham, D. / Denis, A. / Haslam, C.P. / Holmes, D.S. / Hutchinson, J.P. / Liddle, J. / McBride, A. / Mirguet, O. / Mowat, C.G. / Rowland, P. / Tiberghien, N. / Trottet, L. / Uings, I. / Webster, S.P. / Zheng, X. / Mole, D.J.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kynurenine 3-monooxygenase
B: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,28211
ポリマ－101,4792
非ポリマー2,8039
水12,971720
1
A: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3046
ポリマ－50,7401
非ポリマー1,5655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9785
ポリマ－50,7401
非ポリマー1,2394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.550, 52.720, 136.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Kynurenine 3-monooxygenase / PfKMO / Kynurenine 3-hydroxylase


分子量: 50739.520 Da / 分子数: 2 / 変異: C252S C461S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: kmo, qbsG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84HF5, kynurenine 3-monooxygenase

-
非ポリマー , 5種, 729分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-OK1 / 3-[5-chloro-6-(cyclobutylmethoxy)-2-oxo-2,3-dihydro-1,3-benzoxazol-3-yl]propanoic acid


分子量: 325.744 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16ClNO5
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 720 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% glycerol, 14.4% PEG 8000, 0.08 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.16 M calcium acetate or 20% glycerol, 16% PEG 8000, 0.08M sodium cacodylate pH 6.5, 0.16M magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→49 Å / Num. obs: 85193 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.88 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.82→1.88 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 8237 / CC1/2: 0.557 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.82→44.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9478 / SU R Cruickshank DPI: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.129 / SU Rfree Blow DPI: 0.116 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.114
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2057 4329 5.08 %RANDOM
Rwork0.1768 ---
obs0.1783 85180 98.28 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.578 Å20 Å2-1.8175 Å2
2--0.5506 Å20 Å2
3---2.0274 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.235 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.82→44.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6981 0 186 720 7887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017336HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.969995HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2544SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes182HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1200HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7336HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.02
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion932SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8850SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 349 5.66 %
Rwork0.2378 5817 -
all0.2397 6166 -
obs--97.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56930.16040.00880.57310.01440.4481-0.02250.02840.0093-0.063-0.00510.0514-0.0405-0.03010.0275-0.00550.02140.0134-0.071-0.0268-0.0775.4364-37.48850.4325
20.6358-0.0484-0.07340.5765-0.05620.3438-0.0364-0.078-0.00690.10450.0382-0.0195-0.02090.0173-0.0018-0.0550.004-0.004-0.04940.0071-0.0494-21.7054-8.314116.0209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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