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- PDB-6igk: Crystal Structure of human ETB receptor in complex with Endothelin-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6igk
タイトルCrystal Structure of human ETB receptor in complex with Endothelin-3
要素
  • Endothelin receptor type B,Endolysin,Endothelin receptor type B
  • Endothelin-3
キーワードSIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING / alpha helical / SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / endothelin receptor activity / negative regulation of neuron maturation / aldosterone metabolic process / positive regulation of prostaglandin-endoperoxide synthase activity / chordate pharynx development / endothelin B receptor binding / peptide hormone secretion ...: / enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / endothelin receptor activity / negative regulation of neuron maturation / aldosterone metabolic process / positive regulation of prostaglandin-endoperoxide synthase activity / chordate pharynx development / endothelin B receptor binding / peptide hormone secretion / vein smooth muscle contraction / regulation of fever generation / intracellular magnesium ion homeostasis / heparin metabolic process / positive regulation of penile erection / neuroblast migration / regulation of developmental pigmentation / posterior midgut development / epithelial fluid transport / endothelin receptor signaling pathway / developmental pigmentation / podocyte differentiation / renal sodium ion absorption / protein transmembrane transport / response to sodium phosphate / enteric nervous system development / multicellular organism development / renal sodium excretion / renin secretion into blood stream / melanocyte differentiation / renal albumin absorption / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / positive regulation of urine volume / regulation of pH / negative regulation of adenylate cyclase activity / peripheral nervous system development / positive regulation of hormone secretion / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / vasoconstriction / regulation of epithelial cell proliferation / type 1 angiotensin receptor binding / establishment of endothelial barrier / blood circulation / neural crest cell migration / positive regulation of leukocyte chemotaxis / negative regulation of protein metabolic process / response to pain / positive regulation of heart rate / cGMP-mediated signaling / macrophage chemotaxis / peptide hormone binding / regulation of vasoconstriction / canonical Wnt signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / regulation of heart rate / positive regulation of mitotic nuclear division / peptidoglycan catabolic process / Peptide ligand-binding receptors / neutrophil chemotaxis / calcium-mediated signaling / positive regulation of cell differentiation / calcium ion transmembrane transport / positive regulation of MAP kinase activity / neuron differentiation / response to organic cyclic compound / hormone activity / intracellular calcium ion homeostasis / vasodilation / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / cell-cell signaling / lysozyme activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / nervous system development / gene expression / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of gene expression / G alpha (q) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / nuclear membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / host cell cytoplasm / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme ...Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Endolysin / Endothelin-3 / Endothelin receptor type B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage RB59 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shihoya, W. / Izume, T. / Inoue, A. / Yamashita, K. / Kadji, F.M.N. / Hirata, K. / Aoki, J. / Nishizawa, T. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of human ETBreceptor provide mechanistic insight into receptor activation and partial activation.
著者: Shihoya, W. / Izume, T. / Inoue, A. / Yamashita, K. / Kadji, F.M.N. / Hirata, K. / Aoki, J. / Nishizawa, T. / Nureki, O.
履歴
登録2018年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelin receptor type B,Endolysin,Endothelin receptor type B
B: Endothelin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,07715
ポリマ－58,6072
非ポリマー4,47113
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.550, 172.280, 121.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Endothelin receptor type B,Endolysin,Endothelin receptor type B / ET-BR / Endothelin receptor non-selective type / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 55956.727 Da / 分子数: 1
変異: R124Y,D154A,K270A,C1052T,C1095A,S342A,I381A,C396A,C400A,C405A
由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of Endothelin receptor type B inserted with Endolysin between residues 303 and 311.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage RB59 (ファージ)
遺伝子: EDNRB, ETRB, e, RB59_126 / プラスミド: modified pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P24530, UniProt: A0A097J809, lysozyme
#2: タンパク質・ペプチド Endothelin-3 / ET-3 / Preproendothelin-3 / PPET3


分子量: 2650.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14138
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 / 詳細: PEG 500DME, Ammonium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.599 Å / Num. obs: 46829 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 204.625 % / Biso Wilson estimate: 35.54 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.858 / Rrim(I) all: 0.86 / Χ2: 1.401 / Net I/σ(I): 20.7 / Num. measured all: 9582405 / Scaling rejects: 4327
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.12199.22818.0110.9574300.55918.057100
2.12-2.27207.8717.3922.0871870.8267.41100
2.27-2.45202.3323.7664.0264860.9393.775100
2.45-2.68209.2532.1127.459670.9762.117100
2.68-3211.961.13214.0655910.991.135100
3-3.46202.8270.58426.3348610.9960.585100
3.46-4.24194.8160.2595441620.9990.26100
4.24-5.99206.9540.1680.81326610.16100
5.99-49.599207.2830.1196.9118790.9970.1199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GLH

5glh


解像度: 2→49.599 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.03
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2271 1998 4.27 %Random selection
Rwork0.1834 ---
obs0.1853 46782 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.61 Å2 / Biso mean: 47.0245 Å2 / Biso min: 20.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→49.599 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3911 0 296 175 4382
Biso mean--79.23 49.7 -
残基数----492
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.0001-2.05010.37021400.358331653305
2.0501-2.10550.28851400.27731473287
2.1055-2.16750.28741410.245631523293
2.1675-2.23750.27451420.207431743316
2.2375-2.31740.22531410.199331643305
2.3174-2.41020.24281410.183431693310
2.4102-2.51990.2181430.179831863329
2.5199-2.65270.22341420.166731713313
2.6527-2.81890.22081420.164932013343
2.8189-3.03660.18011420.166131833325
3.0366-3.34210.20231440.176832043348
3.3421-3.82550.24671440.162432423386
3.8255-4.81910.20941460.169632513397
4.8191-49.61450.22751500.186533753525
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.043-0.58770.39233.66910.26682.0854-0.1555-0.19410.20990.46770.1318-0.3781-0.3085-0.04260.01490.2994-0.0033-0.02040.31970.00320.21521.96742.034137.416
20.3646-0.88030.37144.3559-1.5421.1495-0.0249-0.1846-0.17580.29880.15770.4153-0.0102-0.0986-0.14650.17480.00210.03030.31180.04030.29368.12744.532129.735
33.0008-0.6271-1.31942.04540.36182.53330.01790.26940.068-0.5946-0.0291-0.3174-0.26730.19230.0190.4148-0.04880.0670.27060.00460.258911.81580.865103.41
40.7313-1.04160.27063.0778-1.46171.4084-0.0787-0.01680.16730.0028-0.0045-0.4246-0.18160.0360.06020.1718-0.00350.00290.26230.02290.263321.17744.992126.92
59.04352.89092.74453.8524.75325.9642-0.2036-0.3711-0.16240.3021-0.34151.2130.0029-1.07080.46890.3234-0.00750.01080.5014-0.0060.586711.10117.119129.353
62.12370.13160.39867.49190.21532.56040.0257-0.218-0.42630.109-0.0203-0.11410.2128-0.0515-0.01410.26150.03250.04490.32050.05290.298918.69922.59132.731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 86:164 )A86 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 165:303 ) or ( CHAIN A AND RESID 1000:1009 )A165 - 1009
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 1010:1159 ) or ( CHAIN A AND RESID 311:312 )A312 - 1010
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 313:403 )A313 - 403
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 1:8 )B1 - 8
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 9:21 )B9 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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