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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ifo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AcrIIA2-SpyCas9-sgRNA ternary complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / anti-CRISPR / SpyCas9 / sgRNA / AcrIIA2 / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌) Listeria monocytogenes (バクテリア) Streptococcus pyogenes M1 GAS (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.313 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, L. / Wang, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2019 タイトル: Phage AcrIIA2 DNA Mimicry: Structural Basis of the CRISPR and Anti-CRISPR Arms Race. 著者: Liu, L. / Yin, M. / Wang, M. / Wang, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ifo.cif.gz | 687.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ifo.ent.gz | 553.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ifo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ifo_validation.pdf.gz | 522.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ifo_full_validation.pdf.gz | 707 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ifo_validation.xml.gz | 126.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ifo_validation.cif.gz | 170.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/6ifo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/6ifo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4zt0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 158786.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: cas9, csn1, SPy_1046 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: RNA鎖 | 分子量: 31994.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Streptococcus pyogenes M1 GAS (化膿レンサ球菌) #3: タンパク質 | 分子量: 14167.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.59 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 15% PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97775 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 56422 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.1 % / Rpim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rpim(I) all: 0.623 / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ZT0 解像度: 3.313→49.51 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.313→49.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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