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万見
- PDB-6ie2: Crystal structure of methyladenine demethylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ie2
タイトルCrystal structure of methyladenine demethylase
要素Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
キーワードOXIDOREDUCTASE / demethylase / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translational initiation by tRNA modification / positive regulation of gene expression, epigenetic / DNA N6-methyladenine demethylase / DNA N6-methyladenine demethylase activity / regulation of translational elongation / tRNA wobble cytosine modification / tRNA demethylase activity / oxidative RNA demethylation / regulation of mitochondrial translation / DNA oxidative demethylase ...regulation of translational initiation by tRNA modification / positive regulation of gene expression, epigenetic / DNA N6-methyladenine demethylase / DNA N6-methyladenine demethylase activity / regulation of translational elongation / tRNA wobble cytosine modification / tRNA demethylase activity / oxidative RNA demethylation / regulation of mitochondrial translation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / RNA repair / DNA alkylation repair / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / regulation of translational initiation / chemoattractant activity / developmental growth / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / neuron migration / ferrous iron binding / placenta development / euchromatin / neuron projection development / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / tRNA binding / DNA repair / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tian, L.F. / Tang, Q. / Chen, Z.Z. / Yan, X.X.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of nucleic acid recognition and 6mA demethylation by human ALKBH1.
著者: Tian, L.F. / Liu, Y.P. / Chen, L. / Tang, Q. / Wu, W. / Sun, W. / Chen, Z. / Yan, X.X.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
B: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
C: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
D: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
E: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
F: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
G: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
H: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,71024
ポリマ－351,1018
非ポリマー1,60816
水8,755486
1
A: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0893
ポリマ－43,8881
非ポリマー2012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0893
ポリマ－43,8881
非ポリマー2012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0893
ポリマ－43,8881
非ポリマー2012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0893
ポリマ－43,8881
非ポリマー2012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0893
ポリマ－43,8881
非ポリマー2012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0893
ポリマ－43,8881
非ポリマー2012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0893
ポリマ－43,8881
非ポリマー2012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0893
ポリマ－43,8881
非ポリマー2012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.017, 99.170, 126.793
Angle α, β, γ (deg.)106.60, 90.42, 93.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Nucleic acid dioxygenase ALKBH1 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 1 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase ABH1 / DNA ...Alkylated DNA repair protein alkB homolog 1 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase ABH1 / DNA 6mA demethylase / DNA N6-methyl adenine demethylase / DNA lyase ABH1 / DNA oxidative demethylase ALKBH1 / tRNA N1-methyl adenine demethylase


分子量: 43887.684 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKBH1, ABH, ABH1, ALKBH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13686, DNA N6-methyladenine demethylase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.65 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5% PEG3350, 5% MPD, 100mM CaCl2, 200mM NaF, 100mM Bis-Tris pH6.5
PH範囲: 6.2-7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50.01 Å / Num. obs: 72797 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 1351 / CC1/2: 0.643 / Rpim(I) all: 0.556

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IE3

6ie3


解像度: 2.8→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 13.611 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.443 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25357 3700 5.1 %RANDOM
Rwork0.21644 ---
obs0.21835 69068 71.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20.06 Å2-0.88 Å2
2--1.53 Å2-0.5 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20086 0 88 486 20660
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01920739
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0218392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.95228155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.919342551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59652555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74523.28930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.811153179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.51815125
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.22975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02123310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024507
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2175.49410295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2165.49410294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8898.22112825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8898.22212826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.755.49710444
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.755.49710440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1728.20515327
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.82361.26822044
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.81661.27222030
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 65 -
Rwork0.291 1351 -
obs--18.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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