PDB-6idb: Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant H7-SVTQ ( A138S, P22...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6idb

タイトル

Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant H7-SVTQ ( A138S, P221T, L226Q) with 6'SLN

要素

Hemagglutinin HA1 chain
Hemagglutinin HA2 chain

キーワード

VIRAL PROTEIN / influenza virus / H7N9 / Hemagglutinin

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.502 Å

データ登録者

Gao, G.F. / Xu, Y. / Qi, J.X.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Avian-to-Human Receptor-Binding Adaptation of Avian H7N9 Influenza Virus Hemagglutinin.
著者: Xu, Y. / Peng, R. / Zhang, W. / Qi, J. / Song, H. / Liu, S. / Wang, H. / Wang, M. / Xiao, H. / Fu, L. / Fan, Z. / Bi, Y. / Yan, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.

履歴

登録	2018年9月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6idb.cif.gz	216.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6idb.ent.gz	171.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6idb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6idb_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6idb_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6idb_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	6idb_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6idb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6idb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6icwC 6icxC 6icyC 6id2C 6id3C 6id5C 6id8C 6id9C 6idaC 6iddC 6idzC 4kolS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6d7u-d 6idd-2 4lkh-1 3eyj-1 4bsg-1 6idd-1 6icx-1 5y2m-1 6n4f-2 4kon-1 4lkg-1 4lcx-d 4lkg-2 6icw-1 4cz0-d 6tzb-d 6d8d-d 4dj8-d 6d8b-d 4xq5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

56.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
170 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.956, 115.956, 297.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-996- HOH
2	1	A-1004- HOH
3	1	B-634- HOH

#1: タンパク質

Hemagglutinin HA1 chain

分子量: 35028.520 Da / 分子数: 1 / 変異: A138S,P221T,L226Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: R4NN21

#2: タンパク質

Hemagglutinin HA2 chain

分子量: 20442.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: R4NN21

#3: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-N-acetyllactosamine

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

配列の詳細

Sequence reference R4NN21_9INFA was used according to author's suggestion. Author stated ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% w/v SOKALAN PA 25 CL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.03907 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50.032 Å / Num. obs: 26969 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.146 / R_sym value: 0.146 / Net I/σ(I): 18.79
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / R_merge(I) obs: 1.081 / Num. unique obs: 2320

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KOL

4kol

解像度: 2.502→49.51 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2595	1360	5.11 %
R_work	0.199	-	-
obs	0.202	26616	98.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.502→49.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3892	0	0	152	4044

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3983
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.069	5386
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.57	1489
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.221	591
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	707

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5021-2.5915	0.3541	120	0.309	2200	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5915-2.6952	0.3448	146	0.2823	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6952-2.8179	0.3285	148	0.2491	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8179-2.9664	0.3118	117	0.2469	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9664-3.1523	0.2533	122	0.2329	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1523-3.3956	0.3065	130	0.2218	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3956-3.7372	0.2677	145	0.1872	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7372-4.2778	0.2057	142	0.159	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2778-5.3885	0.2117	131	0.1471	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3885-49.51	0.2281	159	0.1827	2682	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4901	0.1749	0.3353	0.0667	0.1439	1.314	0.0211	-0.4601	0.1928	0.561	0.1779	-0.0789	-0.3225	-0.0988	0.0959	0.6346	-0.0198	0.042	0.5454	-0.1829	0.3254	0.8241	17.7354	89.1234
2	1.6778	-0.1528	-0.1568	0.7043	0.1535	1.3392	0.1315	0.4136	0.1068	-0.1676	0.0058	-0.0927	-0.1133	0.1135	-0.0505	0.1713	-0.0112	0.0385	0.2477	0.0586	0.3338	18.0677	15.9192	34.1345
3	1.3175	-0.062	0.4098	0.0021	-0.016	0.1294	0.3116	1.1215	-0.5534	-0.3251	-0.122	0.0211	0.1543	0.0125	-0.0125	0.2903	0.1489	-0.0703	0.843	-0.1555	0.4154	16.4157	6.3922	15.193
4	0.3179	0.1824	-0.3732	1.3316	-0.9615	2.3381	0.0317	0.1785	-0.0608	-0.0741	0.1738	0.0567	0.0859	-0.2864	0.005	0.3934	-0.1676	-0.1545	0.6799	-0.1539	0.8531	10.288	-1.6979	18.0452
5	0.7229	-0.7683	0.2141	1.3678	-0.275	1.3906	0.1991	0.4992	-0.431	-0.2111	-0.1681	-0.0577	-0.0872	-0.3795	-0.0175	0.2429	-0.0023	-0.0389	0.5436	0.0314	0.404	7.6962	12.8522	21.7228
6	0.5697	-0.117	0.0968	0.6061	-0.0807	0.441	0.0895	0.32	-0.6526	-0.1449	-0.0226	0.0305	0.1719	0.0942	-0.0114	0.2501	0.0196	-0.0326	0.3892	-0.1281	0.4765	20.3226	3.7975	28.7445
7	3.7163	1.7979	-0.0527	1.2935	0.8573	1.8417	0.1155	-0.1774	0.1644	0.0959	-0.2048	-0.0866	-0.1661	0.2667	0.0348	0.1593	-0.0113	0.023	0.1583	0.0325	0.3332	16.5417	21.3991	54.5341
8	1.8828	-0.1168	-1.0825	1.244	-0.2213	2.3686	0.2395	-0.3483	0.0501	0.2052	-0.1329	-0.159	-0.0832	0.223	0.0021	0.1448	-0.0453	0.0183	0.201	0.0414	0.2977	8.2255	13.7859	60.6749
9	0.5422	-0.2059	-0.217	0.4146	0.2083	0.9384	-0.04	-0.4898	0.406	0.517	0.0343	0.0299	-0.3712	-0.0833	-0.0892	0.4939	-0.0056	0.0674	0.3958	-0.1353	0.2708	0.4156	17.9451	81.0231
10	0.9482	0.6781	0.9247	2.5198	1.2571	1.0785	-0.2407	-0.5658	0.3652	0.4115	0.1057	-0.0273	-0.5128	0.312	0.0534	1.0307	-0.0426	0.0045	0.8839	-0.3	0.3668	4.3322	16.6831	99.3824
11	0.0126	-0.0718	0.0092	0.4219	0.2543	1.7423	-0.1039	-0.5938	0.3629	0.5166	-0.1372	0.0452	-0.2991	0.1822	-0.0041	0.7004	-0.0897	-0.1293	0.9018	-0.1961	0.3963	13.1103	13.1998	93.8472
12	2.5833	-0.9125	-0.7103	2.4872	1.0502	1.2131	0.0568	-0.4515	0.0891	0.6594	-0.0229	-0.3039	0.2786	0.7587	0.0085	0.3473	-0.0465	-0.0479	0.3133	0.0735	0.362	13.7757	6.9607	59.1708
13	2.7086	2.4373	0.5423	7.7366	1.2813	0.6907	-0.1917	0.2606	0.3071	-0.2922	-0.0668	0.3258	-0.1829	-0.2143	0.0309	0.173	-0.013	-0.0506	0.2724	0.0697	0.376	3.3808	13.4747	41.3117
14	0.8869	-0.0273	0.2808	0.8944	-0.0939	1.7799	-0.0072	-0.4525	0.095	0.4742	0.0277	0.0772	-0.0976	-0.0428	-0.0337	0.3483	-0.0199	0.0267	0.3699	-0.046	0.2477	1.4394	6.4507	76.8578
15	0.2214	-0.0708	-0.1129	0.0205	0.0365	0.0594	-0.0783	-0.2159	0.0958	0.2962	-0.0237	-0.0414	-0.0252	0.044	-0.1071	1.501	-0.0371	-0.2285	1.5099	-0.232	0.3943	9.6529	11.2404	114.4585
16	1.8463	0.1432	1.3227	0.6596	0.6295	1.375	0.0739	0.1271	-0.0631	-0.0239	0.03	-0.0049	0.1643	0.1725	-0.0552	1.5151	-0.1106	-0.2253	1.4261	-0.1202	0.437	7.9229	5.8756	124.5822

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 142 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 143 through 186 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 187 through 205 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 206 through 228 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 229 through 259 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 260 through 279 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 280 through 299 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 300 through 317 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 27 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 28 through 55 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 56 through 65 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 66 through 74 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 75 through 126 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 127 through 158 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 159 through 172 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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