PDB-6id5: Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant H7-SVPL ( A138S) fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6id5

タイトル

Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant H7-SVPL ( A138S) from the influenza virus A/Anhui/1/2013 (H7N9)

要素

Hemagglutinin HA1 chain
Hemagglutinin HA2 chain

キーワード

VIRAL PROTEIN / Influenza virus / H7N9 / hemagglutinin

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Gao, G.F. / Xu, Y. / Qi, J.X.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Avian-to-Human Receptor-Binding Adaptation of Avian H7N9 Influenza Virus Hemagglutinin.
著者: Xu, Y. / Peng, R. / Zhang, W. / Qi, J. / Song, H. / Liu, S. / Wang, H. / Wang, M. / Xiao, H. / Fu, L. / Fan, Z. / Bi, Y. / Yan, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.

履歴

登録	2018年9月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6id5.cif.gz	207.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6id5.ent.gz	168.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6id5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6id5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6id5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6icwC 6icxC 6icyC 6id2C 6id3C 6id8C 6id9C 6idaC 6idbC 6iddC 6idzC 4kolS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6n4f-2 6d7u-d 4bsa-1 6idb-1 3eym-d 4zcj-d 4lkh-1 5vtq-d 5y2m-1 6bkq-d 6tzb-d 6idd-2 6bkm-d 4kon-1 4bsg-1 3ubq-2 4lkg-1 6icw-1 4xqu-d 4lcx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, gel filtration
168 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.386, 115.386, 294.486
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-705- HOH
2	1	B-610- HOH
3	1	B-614- HOH

#1: タンパク質

Hemagglutinin HA1 chain

分子量: 35009.559 Da / 分子数: 1 / 変異: A138S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: R4NN21

#2: タンパク質

Hemagglutinin HA2 chain

分子量: 20442.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: R4NN21

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

配列の詳細

Sequence reference R4NN21_9INFA was used according to author's suggestion. Author stated ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.84 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.8M Ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 2% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.91847 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91847 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 23529 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 20.16
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KOL

4kol

解像度: 2.6→36.585 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3103	1155	4.91 %
R_work	0.2588	-	-
obs	0.2612	23527	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→36.585 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3716	0	42	28	3786

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3836
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.716	5191
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.847	1430
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	566
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	686

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5999-2.7182	0.4116	147	0.3579	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7182-2.8614	0.3584	151	0.3356	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8614-3.0406	0.3419	128	0.3278	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0406-3.2753	0.3247	122	0.3104	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2753-3.6046	0.3217	151	0.2741	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6046-4.1256	0.2745	149	0.2346	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1256-5.1954	0.2604	169	0.2195	2784	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1954-36.5882	0.3432	138	0.2448	2916	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4534	0.2091	-0.5488	1.4579	-0.3569	1.2742	0.1812	0.0758	0.2198	0.303	-0.0319	0.3125	-0.1221	0.0752	-0.0004	0.3192	-0.0353	0.0026	0.3959	-0.0235	0.5379	37.1859	-37.2018	0.8329
2	1.3981	0.4839	0.2426	2.3333	0.8362	0.8238	0.4738	-0.3223	-0.3355	0.9453	0.0644	-0.2745	-0.1897	0.5654	0.0845	0.9789	-0.2222	-0.0743	0.6279	-0.0882	0.4506	43.164	-42.655	29.0798
3	0.6572	-0.6596	-0.1863	0.8935	0.0201	0.1815	0.0774	0.4205	0.0352	0.0435	-0.046	0.2035	-0.1017	-0.2537	0	0.4065	0.0018	-0.0058	0.4659	-0.0168	0.5635	38.3835	-31.8109	-14.5924
4	0.3121	0.7343	1.3907	2.1764	2.9775	6.3851	-0.2779	-0.4548	0.4805	-0.0842	-0.5026	-0.1462	-0.3928	-0.8372	-1.835	1.1329	-0.0608	-0.5364	0.6745	0.2051	0.7749	42.0598	-23.5848	-50.2093
5	0.187	-0.0821	0.0711	0.0976	0.0021	0.0393	-0.225	-0.0686	0.2235	-0.7858	-0.132	0.8291	0.161	-0.8235	-0.0266	1.5871	-0.0256	-0.3733	1.6132	-0.0305	0.8268	34.6249	-32.0507	-55.32
6	0.052	-0.086	-0.0152	0.207	-0.0799	0.0985	0.5514	-0.1956	-0.6072	-0.5901	0.034	-0.5473	0.6344	-0.4361	0	0.8123	-0.1491	-0.0214	0.7661	0.0166	0.6014	42.2029	-40.1596	-36.8164
7	0.0108	-0.0109	0.0258	0.0199	0.0039	0.0354	-0.0767	0.2401	-0.7819	0.0592	0.334	0.4668	-0.0022	-0.3057	0	0.6724	0.0481	-0.0599	0.5961	-0.1101	0.575	44.3615	-41.6682	-9.7917
8	0.2534	0.5206	-0.4119	1.1573	-0.9504	0.7954	0.3357	-0.229	0.3659	0.7174	-0.3453	-0.2891	-0.2897	0.553	-0.1373	0.5946	-0.0931	0.1771	0.6074	-0.2154	0.6338	44.6173	-29.3138	8.0691
9	0.5477	-0.2761	0.1748	1.065	-0.2549	0.1305	0.0905	0.1079	0.2034	-0.2756	-0.1672	0.115	0.0231	-0.7305	-0.0119	0.3955	0.0152	-0.0506	0.4518	0.0443	0.4536	51.5707	-30.9683	-26.6384
10	0.0124	0.1836	0.1595	1.7033	1.1752	0.9951	-0.211	0.4932	-0.0017	-0.4026	0.9028	0.2124	-0.0269	-0.6144	1.7652	1.8559	-0.2012	-0.399	1.8092	0.1352	0.4713	46.3267	-31.9338	-66.2356
11	0.3001	0.346	-0.064	0.6633	-0.0612	0.0066	-0.262	0.7467	-1.1222	-0.096	0.194	-0.726	-0.2553	-0.536	-0.0181	1.6985	-0.002	-0.3138	2.1654	-0.1869	1.0937	43.0109	-40.3316	-68.6017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 122 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 123 through 259 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 260 through 316 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 328 through 337 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 338 through 358 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 359 through 376 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 377 through 386 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 387 through 395 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 396 through 446 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 447 through 466 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 467 through 490 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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