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万見
- PDB-6ias: structure of human NKp46 in complex with antibody NKp46-1 and NKp46-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ias
タイトルstructure of human NKp46 in complex with antibody NKp46-1 and NKp46-4
要素
  • Fab NKp46-1 heavy chain
  • Fab NKp46-1 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / THERAPEUTIC ANTIBODY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Roussel, A. / Amigues, B.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Multifunctional Natural Killer Cell Engagers Targeting NKp46 Trigger Protective Tumor Immunity.
著者: Gauthier, L. / Morel, A. / Anceriz, N. / Rossi, B. / Blanchard-Alvarez, A. / Grondin, G. / Trichard, S. / Cesari, C. / Sapet, M. / Bosco, F. / Rispaud-Blanc, H. / Guillot, F. / Cornen, S. / ...著者: Gauthier, L. / Morel, A. / Anceriz, N. / Rossi, B. / Blanchard-Alvarez, A. / Grondin, G. / Trichard, S. / Cesari, C. / Sapet, M. / Bosco, F. / Rispaud-Blanc, H. / Guillot, F. / Cornen, S. / Roussel, A. / Amigues, B. / Habif, G. / Caraguel, F. / Arrufat, S. / Remark, R. / Romagne, F. / Morel, Y. / Narni-Mancinelli, E. / Vivier, E.
履歴
登録2018年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab NKp46-1 heavy chain
L: Fab NKp46-1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4792
ポリマ－46,4792
非ポリマー00
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.657, 61.101, 84.138
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab NKp46-1 heavy chain


分子量: 23233.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab NKp46-1 light chain


分子量: 23244.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MMT pH8.5-9.5, 20-30%(w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.725→37.25 Å / Num. obs: 50086 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 32.64 Å2 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.725→1.82 Å

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→36.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.118 / SU Rfree Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.11
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2316 4.8 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.197 48206 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 134.01 Å2 / Biso mean: 41.55 Å2 / Biso min: 17.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5558 Å20 Å20.0836 Å2
2--0.1786 Å20 Å2
3----0.7343 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→36.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3243 0 0 399 3642
Biso mean---48.18 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1095SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes67HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes488HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3335HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion446SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4000SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3335HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4540HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.1
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 176 4.96 %
Rwork0.257 3369 -
all0.257 3545 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8107-0.1596-0.9530.51160.01732.63630.03320.01150.07820.01410.05340.1301-0.1236-0.2314-0.0866-0.1074-0.0043-0.0079-0.0970.0176-0.086110.7752-3.027515.149
21.38660.95730.32670.9467-0.27740.59560.2795-0.34210.08690.253-0.16930-0.04870.0536-0.1101-0.1201-0.056-0.0061-0.1375-0.012-0.218622.40882.593528.3487
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|* }H1 - 220
2X-RAY DIFFRACTION2{ L|* }L1 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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