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万見
- PDB-6iam: Modulating Protein-Protein Interactions with Visible Light Peptid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iam
タイトルModulating Protein-Protein Interactions with Visible Light Peptide Backbone Switches
要素
  • SER-ALA-ARG-ALA-XY5-VAL-HIS-LEU-ARG-LYS-SER-ALA
  • Small ubiquitin-related modifier 5
  • WD repeat-containing protein 5
キーワードTRANSFERASE / histone modification / trimethylation at 'Lys-4' / epigenetic transcriptional activation / NSL complex / osteoblasts differentiation / leukemia
機能・相同性
機能・相同性情報


PML body organization / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / regulation of tubulin deacetylation / histone methyltransferase complex ...PML body organization / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / regulation of tubulin deacetylation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / ubiquitin-like protein ligase binding / transcription factor binding / regulation of embryonic development / protein sumoylation / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / methylated histone binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / skeletal system development / gluconeogenesis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / mitotic spindle / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / protein tag activity / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / G-protein beta WD-40 repeat / Ubiquitin-like domain superfamily ...Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / G-protein beta WD-40 repeat / Ubiquitin-like domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Small ubiquitin-related modifier 5 / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Werel, L. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2019
タイトル: Modulating Protein-Protein Interactions with Visible-Light-Responsive Peptide Backbone Photoswitches.
著者: Albert, L. / Penalver, A. / Djokovic, N. / Werel, L. / Hoffarth, M. / Ruzic, D. / Xu, J. / Essen, L.O. / Nikolic, K. / Dou, Y. / Vazquez, O.
履歴
登録2018年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 3.02024年7月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
B: SER-ALA-ARG-ALA-XY5-VAL-HIS-LEU-ARG-LYS-SER-ALA
C: Small ubiquitin-related modifier 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7768
ポリマ－35,6123
非ポリマー1635
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.526, 46.560, 66.168
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 33690.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: First 28 amino acids were removed / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質・ペプチド SER-ALA-ARG-ALA-XY5-VAL-HIS-LEU-ARG-LYS-SER-ALA


分子量: 1477.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Small ubiquitin-related modifier 5 / SUMO-5 / SUMO1 pseudogene 1 / Ubiquitin-like 2 / Ubiquitin-like 6


分子量: 444.501 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 5-8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residual peptide from SUMO-tag, that was cleaved before crystalliisation
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUMO1P1, SUMO5, UBL2, UBL6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G2XKQ0

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非ポリマー , 3種, 428分子

#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.83 % / 解説: fine needles
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% (w/v) PEG20000, 20% (v/v) PEG550 MME, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium L-tartrate, 0.02 M sodium oxamate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryosystems 700 series / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月26日 / 詳細: MD3-UP Microdiffractometer
放射モノクロメーター: U20.2 undulator (14.2 keV) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→37.49 Å / Num. obs: 42377 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 11.27 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.0899 / Rpim(I) all: 0.0506 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.04
反射 シェル解像度: 1.51→1.564 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.713 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4073 / CC1/2: 0.617 / Rpim(I) all: 0.414 / Rrim(I) all: 0.827 / Χ2: 0.874 / % possible all: 96.22

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→37.49 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.17 --
Rwork0.148 --
obs-42377 99.33 %
原子変位パラメータBiso max: 118.72 Å2 / Biso mean: 18.2115 Å2 / Biso min: 5.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→37.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2501 0 5 423 2929

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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