PDB-6i71: Structure of Fragaria ananassa O-methyltransferase in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i71

タイトル

Structure of Fragaria ananassa O-methyltransferase in complex with S-adenosylhomocysteine

要素

O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / fruit ripening / strawberry / volatiles / O-methyltransferase / SAM / SAH / caffeic acid / ferulic acid / protocatechuic aldehyde / vanillin / furaneol / furaneol methyl ether

機能・相同性

機能・相同性情報

caffeate O-methyltransferase / lignin biosynthetic process / O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Fragaria ananassa (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Heldner, A. / Schiefner, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into enzymatic formation of the strawberry flavor compound 2,5-dimethyl-4-methoxy-3(2H)-furanone
著者: Heldner, A. / Schiefner, A.

履歴

登録	2018年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i71.cif.gz	310.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i71.ent.gz	248.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i71_validation.pdf.gz	979.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i71_full_validation.pdf.gz	984.2 KB	表示
XML形式データ	6i71_validation.xml.gz	41.7 KB	表示
CIF形式データ	6i71_validation.cif.gz	61.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i71	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i70C 6i72C 6i73SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3reo-2 6i6m-d 1kyw-2 1vz7-1 6joy-d 6iwt-d 5v1d-2 1kyz-1 4pgh-1 5ice-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O-methyltransferase

B: O-methyltransferase

ヘテロ分子

80.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.387, 87.772, 145.184
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	O-methyltransferase 分子量: 39718.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fragaria ananassa (植物) / 遺伝子: omt1 / プラスミド: pASK75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9M602
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 885 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.8 % / 解説: bipyramidal
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.5-1 M Ammonium sulfate, 1 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium malonate PH範囲: 5.0-6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.3 / 波長: 0.8943 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月23日

放射

モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8943 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→29.96 Å / Num. obs: 164879 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.893 % / B_iso Wilson estimate: 22.165 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.06 / Χ²: 1.022 / Net I/σ(I): 22.69 / Num. measured all: 1466233 / Scaling rejects: 34

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.4-1.5	7.188	0.758	2.4	28816	0.763	0.817	93.2
1.5-1.6	9.275	0.449	5.01	23699	0.935	0.475	100
1.6-1.8	9.327	0.234	9.46	33070	0.983	0.248	100
1.8-2	9.354	0.111	19.2	21244	0.996	0.117	100
2-2.5	9.327	0.055	36.35	28020	0.999	0.058	100
2.5-3	9.239	0.037	51.42	12455	0.999	0.039	100
3-4	9.03	0.028	64.66	10014	0.999	0.03	100
4-6	8.937	0.023	70.58	5246	1	0.025	100
6-8	8.663	0.022	68.41	1323	1	0.024	100
8-10	8.32	0.019	71.63	485	1	0.02	100
10-29.96	5.781	0.021	59.84	507	0.999	0.023	93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6I73

6i73

解像度: 1.4→29.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 1.745 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.0471 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.048
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1671	3319	2 %	RANDOM
R_work	0.1505	-	-	-
obs	0.1508	161560	98.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.6 Å² / B_iso mean: 19.185 Å² / B_iso min: 8.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.46 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→29.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5398	0	86	902	6386
B_iso mean	-	-	20.63	30.47	-
残基数	-	-	-	-	706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.014	5840
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.593	1.661	7941
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.095	1.654	12751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.214	5	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.65	24.388	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.521	15	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.165	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1053

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	193	-
R_work	0.292	10480	-
all	-	10673	-
obs	-	-	87.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4775	-0.1892	0.0764	1.1926	-0.1591	1.2222	-0.02	-0.0165	-0.1331	-0.0183	0.0225	-0.0733	0.1745	0.0964	-0.0025	0.0256	0.0139	0.0027	0.0158	-0.0069	0.0247	0.7877	-0.1804	-19.7711
2	0.0106	0.0735	0.0279	1.3939	0.3738	0.1189	0.0534	-0.0305	-0.0306	0.5	-0.0355	-0.1267	0.2036	-0.0342	-0.0179	0.4524	-0.0384	0.0218	0.3431	0.0112	0.4234	2.0122	-18.8298	-26.7892
3	0.7576	0.2753	0.1204	1.0102	0.1371	0.5259	-0.0104	0.0558	0.0558	-0.0801	0.0113	-0.06	-0.1084	0.1467	-0.0009	0.0306	-0.0181	0.002	0.0636	-0.0049	0.0154	10.6503	28.1641	-15.2593
4	0.8314	0.2999	-0.1325	0.7539	-0.1786	0.9981	-0.0383	0.0771	0.0955	-0.047	0.0339	0.0636	-0.081	-0.0557	0.0044	0.0153	0.0063	-0.012	0.0232	-0.0003	0.0178	-12.7165	17.9452	-22.7396
5	2.3245	0.273	0.3147	0.9028	-0.29	1.1361	-0.0283	0.1074	-0.1267	-0.0781	0.0338	0.0458	0.0967	-0.1597	-0.0055	0.0191	-0.0195	0.0027	0.0466	-0.0282	0.0383	-26.3265	-6.1251	-23.5061
6	2.323	-0.328	-0.424	2.581	-0.1625	2.327	-0.0932	0.3351	-0.4506	-0.3949	0.024	-0.0906	0.4098	-0.045	0.0692	0.1322	-0.0293	0.0312	0.0714	-0.0739	0.13	-21.2929	-14.602	-28.2264

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	94 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	104 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	13 - 182
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	183 - 331
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	332 - 401

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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