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- PDB-6i68: Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i68
タイトルCo-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment
要素
  • Bromodomain-containing protein 3
  • Speckle-type POZ protein
キーワードLIGASE / ligase nuclear cancer ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / regulation of proteolysis / protein localization to chromatin ...histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / regulation of proteolysis / protein localization to chromatin / : / Hedgehog 'on' state / molecular condensate scaffold activity / protein polyubiquitination / histone binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MATH domain / SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology ...MATH domain / SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle-type POZ protein / Bromodomain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ostertag, M.S. / Popowicz, G.M. / Sattler, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural Insights into BET Client Recognition of Endometrial and Prostate Cancer-Associated SPOP Mutants.
著者: Ostertag, M.S. / Hutwelker, W. / Plettenburg, O. / Sattler, M. / Popowicz, G.M.
履歴
登録2018年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月15日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Speckle-type POZ protein
B: Bromodomain-containing protein 3
C: Speckle-type POZ protein
D: Bromodomain-containing protein 3
E: Speckle-type POZ protein
F: Bromodomain-containing protein 3
G: Speckle-type POZ protein
H: Bromodomain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0808
ポリマ－70,0808
非ポリマー00
水8,503472
1
A: Speckle-type POZ protein
B: Bromodomain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5202
ポリマ－17,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7560 Å2
手法PISA
2
C: Speckle-type POZ protein
D: Bromodomain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5202
ポリマ－17,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7360 Å2
手法PISA
3
E: Speckle-type POZ protein
F: Bromodomain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5202
ポリマ－17,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7470 Å2
手法PISA
4
G: Speckle-type POZ protein
H: Bromodomain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5202
ポリマ－17,5202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area7640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.775, 90.128, 88.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1


分子量: 16584.072 Da / 分子数: 4 / 変異: M117V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791
#2: タンパク質・ペプチド
Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein


分子量: 935.995 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15059
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→90.13 Å / Num. obs: 70332 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.07 % / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.75→4.75 Å / Num. unique obs: 3410

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IVV

3ivv


解像度: 1.85→19.868 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.34 / 位相誤差: 26.76
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2375 2795 4.69 %RANDOM
Rwork0.1964 ---
obs0.1983 59532 99.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.868 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4533 0 0 472 5005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8236247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5552745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053705
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004787
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.88190.38031200.32032843X-RAY DIFFRACTION99
1.8819-1.91610.31171600.27852788X-RAY DIFFRACTION99
1.9161-1.95290.29111580.25172856X-RAY DIFFRACTION100
1.9529-1.99270.26951140.24422782X-RAY DIFFRACTION99
1.9927-2.0360.25611700.23342812X-RAY DIFFRACTION99
2.036-2.08330.30221400.23442812X-RAY DIFFRACTION100
2.0833-2.13540.2936990.22322936X-RAY DIFFRACTION100
2.1354-2.19310.26111080.21942828X-RAY DIFFRACTION100
2.1931-2.25750.23961370.21612852X-RAY DIFFRACTION100
2.2575-2.33030.25321620.21772817X-RAY DIFFRACTION100
2.3303-2.41340.27181510.2232828X-RAY DIFFRACTION100
2.4134-2.50990.28241300.2232869X-RAY DIFFRACTION100
2.5099-2.62380.27731300.21472836X-RAY DIFFRACTION100
2.6238-2.76180.2751380.21532852X-RAY DIFFRACTION99
2.7618-2.93440.24911580.20632795X-RAY DIFFRACTION99
2.9344-3.16010.23691170.20442866X-RAY DIFFRACTION99
3.1601-3.47660.22471730.18462826X-RAY DIFFRACTION100
3.4766-3.97610.22971170.1722877X-RAY DIFFRACTION100
3.9761-4.99630.1771480.14582846X-RAY DIFFRACTION98
4.9963-19.86950.21431650.17922816X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.2426 Å / Origin y: -13.0866 Å / Origin z: 66.957 Å
111213212223313233
T0.17 Å2-0.0118 Å2-0.0029 Å2-0.1805 Å2-0.0403 Å2--0.2365 Å2
L0.1345 °2-0.0545 °2-0.0095 °2-0.468 °2-0.899 °2--2.5441 °2
S0.0051 Å °-0.008 Å °-0.0255 Å °-0.1035 Å °0.0066 Å °0.0482 Å °0.3179 Å °-0.0364 Å °-0.0151 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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