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- PDB-2tdx: DIPHTHERIA TOX REPRESSOR (C102D MUTANT) COMPLEXED WITH NICKEL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tdx
タイトルDIPHTHERIA TOX REPRESSOR (C102D MUTANT) COMPLEXED WITH NICKEL
要素DIPHTHERIA TOX REPRESSOR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING REGULATORY PROTEIN / DIPHTHERIA TOX REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING PROTEIN / IRON-REGULATED REPRESSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / SH3 domain binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Diphteria toxin repressor, SH3 domain / Diphteria toxin repressor SH3 domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain ...Diphteria toxin repressor, SH3 domain / Diphteria toxin repressor SH3 domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / Transcriptional repressor, C-terminal / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Diphtheria toxin repressor / Diphtheria toxin repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.4 Å
データ登録者White, A. / Ding, X. / Zheng, H. / Schiering, N. / Ringe, D. / Murphy, J.R.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Structure of the metal-ion-activated diphtheria toxin repressor/tox operator complex.
著者: White, A. / Ding, X. / vanderSpek, J.C. / Murphy, J.R. / Ringe, D.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Identification of the Primary Metal Ion-Activation Sites of the Diphtheria Tox Repressor by X-Ray Crystallography and Site-Directed Mutational Analysis
著者: Ding, X. / Zeng, H. / Schiering, N. / Ringe, D. / Murphy, J.R.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Diphtheria Toxin Repressor in Complex with Divalent Cation Co-Repressors
著者: Qiu, X. / Verlinde, C.L. / Zhang, S. / Schmitt, M.P. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Structures of the Apo-and the Metal Ion-Activated Forms of the Diphtheria Tox Repressor from Corynebacterium Diphtheriae
著者: Schiering, N. / Tao, X. / Zeng, H. / Murphy, J.R. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
履歴
登録1998年6月22日処理サイト: BNL
置き換え1998年10月14日ID: 1TDX
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_keywords / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIPHTHERIA TOX REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4793
ポリマ－25,3621
非ポリマー1172
水46826
1
A: DIPHTHERIA TOX REPRESSOR
ヘテロ分子

A: DIPHTHERIA TOX REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9586
ポリマ－50,7232
非ポリマー2354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area2420 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area13450 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.500, 64.500, 105.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 DIPHTHERIA TOX REPRESSOR / DTXR


分子量: 25361.740 Da / 分子数: 1 / 変異: C102D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH NICKEL (NI)
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
遺伝子: DTXR / プラスミド: PET11C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33120, UniProt: P0DJL7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein-DNA mixture1drop
2100 mMTris1drop
36-12 %PEG40001reservoir
410 mM1reservoirMgCl2
5100 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→55 Å / Num. obs: 9464 / % possible obs: 80.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.041

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
R-AXISデータ削減
R-AXISデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: APO-DTXR (PDB ENTRY 1DPR)

1dpr


解像度: 2.4→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.321 897 10 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.246 8425 84 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1101 0 2 26 1129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.58 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 146 7.3 %
Rwork0.3 1197 -
obs--67.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM_NI_AW.PARTOP_NI_AW.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.69
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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