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- PDB-6i2y: Human STK10 bound to Foretinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i2y
タイトルHuman STK10 bound to Foretinib
要素Serine/threonine-protein kinase 10
キーワードTRANSFERASE / kinase / inhibitor / complex / LOK / foretinib
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction ...lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / nuclear body / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase 10, catalytic domain / Polo kinase kinase / : / Polo kinase kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Serine/threonine-protein kinase 10, catalytic domain / Polo kinase kinase / : / Polo kinase kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-88Z / Serine/threonine-protein kinase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Berger, B.-T. / Oerum, S. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C. / Edwards, A.M. / Knapp, S. / Elkins, J.M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human STK10 bound to GW683134
著者: Sorrell, F.J. / Elkins, J.M.
履歴
登録2018年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 10
B: Serine/threonine-protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7464
ポリマ－68,4812
非ポリマー1,2652
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Disulfide bond between two cysteines in asymmetric unit.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.930, 95.330, 132.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 24 and (name N or name...
21(chain B and (resid 24 through 79 or (resid 80...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 24 and (name N or name...AA249
12GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 24 and (name N or name...AA24 - 3179 - 302
13GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 24 and (name N or name...AA24 - 3179 - 302
14GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 24 and (name N or name...AA24 - 3179 - 302
15GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 24 and (name N or name...AA24 - 3179 - 302
21GLUGLUILEILE(chain B and (resid 24 through 79 or (resid 80...BB24 - 799 - 64
22VALVALVALVAL(chain B and (resid 24 through 79 or (resid 80...BB8065
23GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 24 through 79 or (resid 80...BB24 - 3179 - 302
24GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 24 through 79 or (resid 80...BB24 - 3179 - 302
25GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 24 through 79 or (resid 80...BB24 - 3179 - 302
26GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 24 through 79 or (resid 80...BB24 - 3179 - 302

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 10 / Lymphocyte-oriented kinase


分子量: 34240.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK10, LOK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O94804, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-88Z / N-(3-fluoro-4-{[6-methoxy-7-(3-morpholin-4-ylpropoxy)quinolin-4-yl]oxy}phenyl)-N'-(4-fluorophenyl)cyclopropane-1,1-dicarboxamide / ホレチニブ


分子量: 632.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34F2N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M sodium chloride -- 25% PEG3350 -- 0.1M bis-tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→54.5 Å / Num. obs: 21454 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 67.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 135087
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.56-2.635.81.501885015340.6680.6831.6521.199.4
11.45-54.550.03114952970.9980.0140.03534.898

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.56→54.502 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2828 1011 4.73 %
Rwork0.263 --
obs0.2639 21389 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 194.33 Å2 / Biso mean: 102.9504 Å2 / Biso min: 39.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.56→54.502 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4047 0 92 0 4139
Biso mean--80.87 --
残基数----556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034234
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6745800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006804
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.982564
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2250X-RAY DIFFRACTION15.593TORSIONAL
12B2250X-RAY DIFFRACTION15.593TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 99 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5601-2.6950.48931490.455128422991
2.695-2.86390.40721410.40728603001
2.8639-3.0850.37711460.35228643010
3.085-3.39540.32481420.304828813023
3.3954-3.88660.30531390.276329023041
3.8866-4.89620.23461410.219529353076
4.8962-54.51460.23171530.221730943247
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.117-0.0994-0.04750.6638-0.25020.1850.3691-0.0617-0.3431-0.0938-0.65070.26470.4904-0.3037-1.15071.297-0.86020.35640.0845-0.11592.17975.8959-24.82880.3939
20.5194-0.63990.46930.9499-0.83190.59910.38660.1483-0.58270.474-0.0408-0.5674-0.07820.30160.00010.74530.0653-0.12470.6822-0.1281.02621.0862-20.5726-2.7441
30.3076-0.4177-0.40571.06260.16450.4282-0.24120.470.43740.0786-0.1315-0.63550.40870.14910.03740.55760.05030.00170.76470.01130.8228.3306-14.4325.2263
42.27420.24530.9830.9092-0.00272.7911-0.10830.6495-0.0672-0.1602-0.01320.3164-0.8502-0.5834-0.15760.63350.0342-0.01550.57640.00140.569714.4181-3.1569-4.6649
56.83461.47841.83120.7690.57130.5827-0.18922.6131-0.7686-0.54460.7147-0.5972-0.72570.40940.12260.45980.1455-0.1379-0.01870.14230.480316.0273-1.085-4.5879
61.12741.3075-1.32111.1256-1.05545.42640.0830.4463-0.1703-1.10851.0451-0.210.726-1.68610.4197-0.02420.4289-0.16790.11340.18560.34718.0109-4.33222.6833
70.89260.7609-0.21860.6092-0.13650.18330.9415-1.2405-0.19690.5457-0.78660.1282-0.7254-0.00660.02710.87840.1283-0.0411.1625-0.05070.7945-10.04888.500920.4916
81.27140.0411.50980.26480.00121.658-0.9772-1.15860.35420.81970.6704-0.1143-1.8395-0.6282-0.26161.40840.3384-0.26240.56570.01260.838613.26169.3062.1369
93.29180.24490.81420.6243-0.27671.0424-0.2049-1.61990.715-0.3989-0.307-0.0841-1.0653-0.626-0.65611.75350.5684-0.39820.7432-0.24080.987413.530716.57944.5921
100.0326-0.0743-0.18410.77890.36182.5358-0.40.02590.4405-0.31460.2085-0.3671-1.16240.3987-0.02530.84810.0813-0.15820.91550.2190.688119.08696.0861-12.8961
110.19540.0052-0.08680.2240.30570.60240.4685-0.5112-2.2043-0.81440.3922-0.62381.0283-0.68660.88841.1915-0.02-0.1890.93710.48551.7141-17.4967-18.966735.1678
122.2764-2.3396-0.24172.1430.09950.2075-0.7405-0.3038-1.031-0.21051.57540.41562.00640.97610.34021.1922-0.3639-0.09561.47940.19580.9478-18.0948-17.224535.8316
130.20370.0482-0.20320.37360.4960.4968-0.69050.2022-0.54180.56820.57650.43190.61451.3286-0.00860.7384-0.1632-0.06521.1706-0.20360.7895-5.7043-9.087835.345
140.6656-0.4233-0.45090.31060.76150.83580.2533-0.30650.17270.5315-0.41690.2363-0.3747-0.93960.20630.5741-0.0678-0.0931.2916-0.01990.6185-19.8755-3.156739.3344
151.3571-0.53221.0992.04890.58811.08110.1099-0.26230.0112-0.27530.3118-0.2281-0.27970.0453-0.00020.6603-0.08990.00521.0926-0.15390.6959-9.85521.450338.2251
164.2506-2.8961.41781.9768-0.83681.18330.62131.08050.61831.3471-0.6265-0.6354-1.0053-0.817-0.45051.04780.0702-0.11190.3973-0.10530.650413.16924.401812.7216
174.01032.25350.1681.26880.10030.01351.0645-0.8053-2.2063-0.8454-2.1691.2151-0.0981-1.1051-0.06941.75580.40120.0041.2950.04470.96275.22028.418318.7452
180.17560.05190.25250.0554-0.14070.4645-0.38520.33580.784-0.15240.4263-0.2741-0.3327-1.079300.7590.07520.0291.3378-0.05820.7282-12.560511.376732.8777
190.4346-0.1078-0.18321.43810.92790.8083-0.00940.01410.3175-0.49810.0255-0.1795-0.42520.0044-0.00020.8535-0.09630.02920.8971-0.02790.6958-12.186117.200233.305
200.12830.1284-0.18080.26280.40690.25640.2080.45820.8248-0.0404-0.19820.1798-0.5048-0.84210.00010.69310.07160.12921.1848-0.1590.7659-29.45942.670448.2574
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 24:28)A24 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 29:62)A29 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 63:90)A63 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 91:155)A91 - 155
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 156:170)A156 - 170
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 171:193)A171 - 193
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 194:214)A194 - 214
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 215:235)A215 - 235
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 236:285)A236 - 285
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 286:317)A286 - 317
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 24:49)B24 - 49
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 50:74)B50 - 74
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 75:95)B75 - 95
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 96:136)B96 - 136
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 137:181)B137 - 181
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 182:199)B182 - 199
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 200:215)B200 - 215
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 216:233)B216 - 233
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 234:300)B234 - 300
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 301:317)B301 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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