PDB-6i2v: Pilotin from Vibrio vulnificus type 2 secretion system, EpsS.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i2v

タイトル

Pilotin from Vibrio vulnificus type 2 secretion system, EpsS.

要素

Uncharacterized protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Pilotin / T2SS / V.vulnificus / Outer-membrane

機能・相同性

GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #250 / Type II secretion system (T2SS) pilotin, S protein / Type II secretion system (T2SS) pilotin, S protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / SULFITE ION / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Howard, S.P. / Estrozi, L. / Bertrand, Q. / Contreras-Martel, C. / Strozen, T. / Job, V. / Martins, A. / Fenel, D. / Schoehn, G. / Dessen, A.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2019
タイトル: Structure and assembly of pilotin-dependent and -independent secretins of the type II secretion system.
著者: S Peter Howard / Leandro F Estrozi / Quentin Bertrand / Carlos Contreras-Martel / Timothy Strozen / Viviana Job / Alexandre Martins / Daphna Fenel / Guy Schoehn / Andréa Dessen /

要旨: The type II secretion system (T2SS) is a cell envelope-spanning macromolecular complex that is prevalent in Gram-negative bacterial species. It serves as the predominant virulence mechanism of many ...The type II secretion system (T2SS) is a cell envelope-spanning macromolecular complex that is prevalent in Gram-negative bacterial species. It serves as the predominant virulence mechanism of many bacteria including those of the emerging human pathogens Vibrio vulnificus and Aeromonas hydrophila. The system is composed of a core set of highly conserved proteins that assemble an inner membrane platform, a periplasmic pseudopilus and an outer membrane complex termed the secretin. Localization and assembly of secretins in the outer membrane requires recognition of secretin monomers by two different partner systems: an inner membrane accessory complex or a highly sequence-diverse outer membrane lipoprotein, termed the pilotin. In this study, we addressed the question of differential secretin assembly mechanisms by using cryo-electron microscopy to determine the structures of the secretins from A. hydrophila (pilotin-independent ExeD) and V. vulnificus (pilotin-dependent EpsD). These structures, at approximately 3.5 Å resolution, reveal pentadecameric stoichiometries and C-terminal regions that carry a signature motif in the case of a pilotin-dependent assembly mechanism. We solved the crystal structure of the V. vulnificus EpsS pilotin and confirmed the importance of the signature motif for pilotin-dependent secretin assembly by performing modelling with the C-terminus of EpsD. We also show that secretin assembly is essential for membrane integrity and toxin secretion in V. vulnificus and establish that EpsD requires the coordinated activity of both the accessory complex EpsAB and the pilotin EpsS for full assembly and T2SS function. In contrast, mutation of the region of the S-domain that is normally the site of pilotin interactions has little effect on assembly or function of the ExeD secretin. Since secretins are essential outer membrane channels present in a variety of secretion systems, these results provide a structural and functional basis for understanding the key assembly steps for different members of this vast pore-forming family of proteins.

履歴

登録	2018年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / reflns Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i2v.cif.gz	64.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i2v.ent.gz	47.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6i2v_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i2v_full_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示
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CIF形式データ	6i2v_validation.cif.gz	10.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/6i2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/6i2v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	0326C 0327C 6i1xC 6i1yC 4ftfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5x7h-d 4bbn-d 3vzi-d 6e7s-1 2pmc-d 4buo-d 3wuh-d 6gqf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
57.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.830, 83.210, 90.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-212- SO4
2	1	A-388- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 12514.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) 遺伝子: CRN52_08940, CRN59_22290, FORC17_1995, FORC36_0970 プラスミド: p4-MBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: A0A1V8MYF4

-
非ポリマー , 5種, 108分子

#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1M tris Hcl pH 7.5 1.9M Amonium Sulfate 2.5% (v/v) PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→45.39 Å / Num. obs: 14037 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 16 % / B_iso Wilson estimate: 28.85 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.13 / Net I/σ(I): 14.14
反射シェル	解像度: 1.75→1.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / CC_1/2: 0.88 / R_sym value: 1.15 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0232	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FTF

4ftf

解像度: 1.75→45.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.128 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22787	1822	13 %	RANDOM
R_work	0.17904	-	-	-
obs	0.18546	12215	99.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.385 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.34 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.75→45.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	843	0	69	95	1007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	968
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	941
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.397	1.67	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.304	1.627	2199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.227	5	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.979	22.727	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.749	15	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.273	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.149	1.498	458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.987	1.487	456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.35	2.221	574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.35	2.223	575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.628	2.028	510
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.423	1.908	491
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.756	2.666	686
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.149	19.774	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.099	19.113	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	97	-
R_work	0.352	853	-
obs	-	-	92.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.5719	0.8948	-0.3078	16.7233	-3.3388	13.4667	-0.1639	1.2295	0.4437	-0.9538	-0.0103	-0.361	-0.2277	0.2622	0.1742	0.1865	0.0526	0.0402	0.2193	0.0537	0.1722	20.56	6.5594	10.7469
2	4.4115	-0.2777	-0.9203	4.8853	-4.8675	11.7954	0.0433	0.1825	0.2048	-0.1256	-0.252	-0.3519	-0.1751	0.4103	0.2087	0.0787	0.0141	-0.0008	0.0555	0.0096	0.1339	17.9496	4.7931	21.4183
3	10.369	4.1269	-6.2695	1.746	-2.2515	5.4683	0.1444	-0.4233	0.0397	0.0517	-0.0393	-0.0154	-0.0776	0.4583	-0.1051	0.0712	-0.0058	-0.0274	0.161	-0.0358	0.0792	12.0782	2.9634	35.884
4	8.1938	-7.0817	5.9476	9.56	-0.3563	11.6922	0.0874	0.1669	0.4892	-0.2221	0.2343	-0.6867	-0.2727	0.5757	-0.3217	0.112	-0.0124	0.0669	0.1001	-0.007	0.1914	4.3969	10.6753	40.6694
5	1.847	-1.1458	-2.8356	2.7278	3.9798	11.2581	-0.1701	0.0422	-0.0244	0.2287	0.0686	0.1589	0.5383	-0.3027	0.1015	0.0917	-0.0066	-0.0048	0.0585	0.0256	0.0944	6.4464	3.0791	30.1679
6	10.2506	1.78	-10.2175	3.2425	-2.242	16.7878	-0.1273	0.1959	-0.1558	-0.1017	0.0523	0.0071	0.2864	-0.2457	0.0749	0.0948	0.0074	-0.0309	0.0522	0.0171	0.1143	6.9628	6.2671	24.3532
7	1.2885	0.7562	-0.4903	1.2731	-1.8859	3.268	0.0787	0.0202	0.1585	0.11	0.051	0.1334	-0.1418	-0.0782	-0.1296	0.1099	0.0193	0.0684	0.0509	0.0369	0.0686	-6.2599	12.2879	38.657
8	10.3422	4.3819	-2.0212	5.7624	-4.1025	4.7947	-0.0697	-0.1995	0.0591	0.3802	-0.0078	-0.1602	-0.2309	0.0505	0.0775	0.0959	0.0103	0.0172	0.0685	0.0083	0.0713	0.7243	20.3792	31.9625
9	14.9841	2.1891	-1.9954	8.9522	-3.2996	5.0166	-0.0714	-0.7853	0.3486	0.6056	0.0776	0.0383	-0.1841	-0.1901	-0.0062	0.1004	0.0082	0.0076	0.1091	0.0228	0.0767	10.631	19.592	30.9882
10	1.462	0.8415	0.7136	2.1751	0.3653	4.3669	0.0487	-0.0553	-0.0931	0.0056	-0.0749	-0.2888	0.168	0.0231	0.0261	0.0691	0.0081	0.0057	0.06	0.0402	0.1262	17.2724	16.1806	24.4368
11	3.8665	1.2835	-2.5969	1.6409	-0.7822	1.7498	-0.0304	0.2094	0.0275	0.0488	0.0487	0.0826	0.026	-0.1464	-0.0182	0.0751	-0.0039	-0.0079	0.0725	0.0364	0.0825	-1.1918	8.156	28.7079
12	3.0908	2.0491	-0.7147	1.6323	-0.9222	1.2169	-0.0415	0.1193	0.2968	-0.035	0.0379	0.1956	-0.0785	-0.0029	0.0036	0.0765	0.0139	0.0097	0.0497	0.0459	0.1291	5.996	19.5914	21.8918

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	22 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	30 - 34
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	35 - 42
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	43 - 50
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	51 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	63 - 70
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	71 - 75
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	76 - 87
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	88 - 101
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	102 - 114

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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