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万見
- PDB-6i2m: Crystal structure of vaccinia virus protein A55 BTB-Back domain i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i2m
タイトルCrystal structure of vaccinia virus protein A55 BTB-Back domain in complex with human Cullin-3 N-terminus
要素
  • Cullin-3
  • Kelch repeat and BTB domain-containing protein A55
キーワードVIRAL PROTEIN / BTB-Kelch / Cul3 / vaccinia virus
機能・相同性
機能・相同性情報


: / liver morphogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / POZ domain binding / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / regulation protein catabolic process at postsynapse / polar microtubule / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / COPII vesicle coating ...: / liver morphogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / POZ domain binding / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / regulation protein catabolic process at postsynapse / polar microtubule / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / COPII vesicle coating / stem cell division / RHOBTB3 ATPase cycle / embryonic cleavage / cell projection organization / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Notch binding / RHOBTB1 GTPase cycle / fibroblast apoptotic process / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of type I interferon production / ubiquitin ligase complex scaffold activity / mitotic metaphase chromosome alignment / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / stress fiber assembly / positive regulation of cytokinesis / protein monoubiquitination / sperm flagellum / protein autoubiquitination / RHOBTB2 GTPase cycle / protein K48-linked ubiquitination / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / gastrulation / positive regulation of TORC1 signaling / intrinsic apoptotic signaling pathway / cyclin binding / positive regulation of protein ubiquitination / integrin-mediated signaling pathway / Degradation of DVL / cellular response to amino acid stimulus / Hedgehog 'on' state / protein destabilization / mitotic spindle / Wnt signaling pathway / spindle pole / G1/S transition of mitotic cell cycle / Regulation of RAS by GAPs / protein polyubiquitination / KEAP1-NFE2L2 pathway / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cell migration / Neddylation / gene expression / ubiquitin-dependent protein catabolic process / postsynapse / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / host cell cytoplasm / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / inflammatory response / centrosome / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vaccinia virus A55R / Cullin Repeats / 5 helical Cullin repeat like / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / Cullin protein neddylation domain / BTB And C-terminal Kelch / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin ...Vaccinia virus A55R / Cullin Repeats / 5 helical Cullin repeat like / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / Cullin protein neddylation domain / BTB And C-terminal Kelch / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin protein neddylation domain / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Kelch repeat and BTB domain-containing protein A55 / Cullin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus WR (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gao, G. / Graham, S.C.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust098406/Z/12/B 英国
Royal Society098406/Z/12/B 英国
Wellcome Trust090315 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Molecular basis of cullin-3 (Cul3) ubiquitin ligase subversion by vaccinia virus protein A55.
著者: Gao, C. / Pallett, M.A. / Croll, T.I. / Smith, G.L. / Graham, S.C.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch repeat and BTB domain-containing protein A55
B: Cullin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6852
ポリマ－75,6852
非ポリマー00
水00
1
A: Kelch repeat and BTB domain-containing protein A55
B: Cullin-3

A: Kelch repeat and BTB domain-containing protein A55
B: Cullin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,3704
ポリマ－151,3704
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area6470 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area54300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.820, 42.520, 148.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Kelch repeat and BTB domain-containing protein A55


分子量: 29960.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-terminal GSKH6 represent the cloning site and purification tag
由来: (組換発現) Vaccinia virus WR (ウイルス) / 遺伝子: KBTB1, VACWR180, A55R / プラスミド: pOPTnH / 詳細 (発現宿主): C-terminal Lys-His6 tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24768
#2: タンパク質 Cullin-3 / CUL-3


分子量: 45723.953 Da / 分子数: 1 / Mutation: I342R and L346D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ENLYFQSHHHHHHDYKDDDDK sequence represents TEV protease site, His6 purification tag and FLAG epitope tag. I342R and L346D mutations stabilise the N-terminal domain as previously published (PMID 23349464).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL3, KIAA0617 / プラスミド: CUL3A-c013
詳細 (発現宿主): pNIC-CTHF backbone vector with Kanamycin selectable marker.
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13618

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 3.29% tacsimate pH 6.5, 9.92% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月9日 / 詳細: toroidal mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→99.23 Å / Num. obs: 44144 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 76.887 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 17.224 / Mean I/σ(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 3279 / CC1/2: 0.302 / Rpim(I) all: 4.996 / Rrim(I) all: 17.953 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EOZ, 1R29

4eoz

1r29


解像度: 2.3→58.29 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: Structure was refined against data processed with an anisotropic/elliptical resolution cutoff. Overall ellipsoidal completeness is 92.9% overall and 86.4% in the highest resolution shell. ...詳細: Structure was refined against data processed with an anisotropic/elliptical resolution cutoff. Overall ellipsoidal completeness is 92.9% overall and 86.4% in the highest resolution shell. Structure factors against which the model was refined and final map coefficients are deposited in addition to the un-truncated original observed intensities.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1170 5 %random selection
Rwork0.266 ---
obs0.267 23488 53 %-
原子変位パラメータBiso mean: 73.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→58.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4402 0 0 0 4402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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