PDB-6i2d: Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i2d

タイトル

Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus Griseus in complex with compounds RKp182 and RKp117

要素

UPF0418 protein FAM164A
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / Complex / peptidic ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / cAMP-dependent protein kinase activity / sperm capacitation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Mueller, J.M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Conceptional Design of Self-Assembling Bisubstrate-like Inhibitors of Protein Kinase A Resulting in a Boronic Acid Glutamate Linkage
著者: Mueller, J.M. / Kirschner, R. / Geyer, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2018年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2019年5月15日	ID: 6EMD
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i2d.cif.gz	212.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i2d.ent.gz	180.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i2d_validation.pdf.gz	776.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i2d_full_validation.pdf.gz	776.5 KB	表示
XML形式データ	6i2d_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	6i2d_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/6i2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/6i2d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nw8C 5o0eC 5o5mC 5ol3C 5ot3C 5ouaC 5ousC 6egwC 6eh0C 6eh2C 6em2C 6em6C 6em7C 6emaC 6ertC 6eruC 6ervC 6erwC 6esaC 6i2aC 6i2bC 6i2cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6emd-d 2c1a-d 4c36-d 1ydr-d 2erz-d 4xw5-d 1xh6-d 3zo3-d 2jds-d 4iac-d 1apm-d 4wb5-d 4c38-d 2vo7-d 3p0m-d 1q24-d 6ema-d 2uzu-d 2c1b-d 4hpu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

D: UPF0418 protein FAM164A

ヘテロ分子

43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.898, 83.898, 60.357
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 組織: Ovary / 遺伝子: PRKACA / 器官: Ovary 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	UPF0418 protein FAM164A 分子量: 2004.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: PKI 5-22 with G17RBS mutation. A ribose has been covalently attached to a serine of the peptidic ligand. However, the ribose is disordered. 由来: (合成) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: G3HK48
#3: 化合物	ChemComp-9LQ / [2-[(4-isoquinolin-5-ylsulfonyl-1,4-diazepan-1-yl)methyl]phenyl]boronic acid 分子量: 425.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄BN₃O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM Mes-Bis-Tris, 75 mM lithium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium EDTA, 0.25 mM Mega 8, 0.7 mM peptidic ligand, 5 mM RKp117, 19% v/v methanol/water in reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→42.309 Å / Num. obs: 32638 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.83 % / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 24.28
反射シェル	解像度: 1.91→2.02 Å / 冗長度: 6.93 % / Mean I/σ(I) obs: 4.08 / Num. unique obs: 5196 / CC_1/2: 0.913 / R_sym value: 0.522 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.91→42.309 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.57

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2217	1632	5 %	Random selection
R_work	0.1884	-	-	-
obs	0.19	32636	99.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→42.309 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2831	0	30	111	2972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2937
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.203	3994
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.67	1721
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	424
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	532

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9092-1.9653	0.3582	131	0.2892	2495	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9653-2.0288	0.3077	137	0.2401	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0288-2.1013	0.2489	135	0.2224	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1013-2.1854	0.2399	135	0.2127	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1854-2.2849	0.235	136	0.1964	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2849-2.4053	0.24	137	0.1889	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4053-2.556	0.221	134	0.1917	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.556-2.7533	0.2388	136	0.2003	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7533-3.0303	0.2287	138	0.2054	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0303-3.4686	0.264	134	0.2043	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4686-4.3694	0.1845	138	0.1622	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3694-42.3196	0.1897	141	0.168	2665	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2756	-0.1995	0.3662	1.087	-1.0143	1.0632	-0.1659	0.2008	0.0484	-0.1303	0.6056	0.0467	-0.2448	0.1718	0.5496	0.1063	-0.1073	-0.1142	0.5861	-0.2193	0.4721	-41.3463	6.3824	0.1325
2	1.2792	-0.3043	-0.0973	0.4048	-0.532	0.8131	-0.0019	0.4842	0.1006	-0.1734	-0.0877	0.1014	-0.1475	-0.4101	-0.086	0.2612	0.0651	-0.1023	0.4558	-0.0563	0.3027	-22.8307	17.4673	-9.0809
3	1.161	-0.0363	0.1929	1.06	0.1936	0.5753	-0.1159	-0.1485	0.0233	0.0308	0.0221	0.0476	-0.1162	-0.3111	-0.1138	0.2261	0.0792	-0.0591	0.3579	-0.0757	0.2689	-22.9155	14.4859	10.7874
4	0.0344	-0.0345	-0.0538	0.125	-0.1402	0.2665	-0.0237	0.3609	0.1098	-0.1945	-0.0128	0.0217	-0.2203	-0.2638	0.0002	0.3848	0.0691	-0.0636	0.443	-0.0539	0.377	-14.9348	18.1303	-17.3927
5	0.1152	0.1582	0.1135	0.2331	0.1301	0.1516	-0.1085	0.0315	0.0129	0.0015	0.1549	-0.0982	-0.1731	0.1074	0.0249	0.6793	-0.1739	-0.348	0.1593	-0.0832	0.3803	-7.6349	28.3725	15.4634
6	0.0287	0.0182	-0.0223	0.0073	-0.0151	0.0119	-0.0604	-0.2107	0.002	-0.1975	0.1201	-0.103	-0.2258	0.3814	0.0004	0.2932	-0.0185	-0.0218	0.3723	-0.0755	0.4011	-8.5427	20.195	4.0192

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 160 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 161 through 316 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 317 through 350 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 8 through 15 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 16 through 25 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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