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- PDB-6i1d: Structure of the Ysh1-Mpe1 nuclease complex from S.cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i1d
タイトルStructure of the Ysh1-Mpe1 nuclease complex from S.cerevisiae
要素
  • Endoribonuclease YSH1
  • Protein MPE1
キーワードGENE REGULATION / pre-mRNA / mRNA / nuclease / endonuclease / cleavage / polyadenylation / polyA / CPF / metallo-beta-lactamase / 3' ends
機能・相同性
機能・相同性情報


Processing of Intronless Pre-mRNAs / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / sno(s)RNA 3'-end processing / snoRNA splicing / 5'-3' RNA exonuclease activity / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / pre-mRNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...Processing of Intronless Pre-mRNAs / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / sno(s)RNA 3'-end processing / snoRNA splicing / 5'-3' RNA exonuclease activity / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / pre-mRNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / RNA endonuclease activity / RNA splicing / mRNA processing / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DWNN domain / DWNN domain / DWNN domain profile. / DWNN / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Rossmann fold - #10890 / : / Beta-Casp domain ...DWNN domain / DWNN domain / DWNN domain profile. / DWNN / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Rossmann fold - #10890 / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / zinc finger / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / 4-Layer Sandwich / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein MPE1 / Endoribonuclease YSH1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Hill, C.H. / Boreikaite, V. / Kumar, A. / Casanal, A. / Kubik, P. / Degliesposti, G. / Maslen, S. / Mariani, A. / von Loeffelholz, O. / Girbig, M. ...Hill, C.H. / Boreikaite, V. / Kumar, A. / Casanal, A. / Kubik, P. / Degliesposti, G. / Maslen, S. / Mariani, A. / von Loeffelholz, O. / Girbig, M. / Skehel, M. / Passmore, L.A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
European Research Council261151 英国
European Research Council725685 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105192715 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Activation of the Endonuclease that Defines mRNA 3' Ends Requires Incorporation into an 8-Subunit Core Cleavage and Polyadenylation Factor Complex.
著者: Chris H Hill / Vytautė Boreikaitė / Ananthanarayanan Kumar / Ana Casañal / Peter Kubík / Gianluca Degliesposti / Sarah Maslen / Angelica Mariani / Ottilie von Loeffelholz / Mathias Girbig ...著者: Chris H Hill / Vytautė Boreikaitė / Ananthanarayanan Kumar / Ana Casañal / Peter Kubík / Gianluca Degliesposti / Sarah Maslen / Angelica Mariani / Ottilie von Loeffelholz / Mathias Girbig / Mark Skehel / Lori A Passmore /
要旨: Cleavage and polyadenylation factor (CPF/CPSF) is a multi-protein complex essential for formation of eukaryotic mRNA 3' ends. CPF cleaves pre-mRNAs at a specific site and adds a poly(A) tail. The ...Cleavage and polyadenylation factor (CPF/CPSF) is a multi-protein complex essential for formation of eukaryotic mRNA 3' ends. CPF cleaves pre-mRNAs at a specific site and adds a poly(A) tail. The cleavage reaction defines the 3' end of the mature mRNA, and thus the activity of the endonuclease is highly regulated. Here, we show that reconstitution of specific pre-mRNA cleavage with recombinant yeast proteins requires incorporation of the Ysh1 endonuclease into an eight-subunit "CPF" complex. Cleavage also requires the accessory cleavage factors IA and IB, which bind substrate pre-mRNAs and CPF, likely facilitating assembly of an active complex. Using X-ray crystallography, electron microscopy, and mass spectrometry, we determine the structure of Ysh1 bound to Mpe1 and the arrangement of subunits within CPF. Together, our data suggest that the active mRNA 3' end processing machinery is a dynamic assembly that is licensed to cleave only when all protein factors come together at the polyadenylation site.
履歴
登録2018年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease YSH1
B: Protein MPE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7575
ポリマ－71,5342
非ポリマー2233
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, co-expressed together and co-purified by affinity, anion exchange and gel filtration, assay for oligomerization, Pull-down assays (see paper), mass spectrometry, HDX and XL-MS ...根拠: gel filtration, co-expressed together and co-purified by affinity, anion exchange and gel filtration, assay for oligomerization, Pull-down assays (see paper), mass spectrometry, HDX and XL-MS experiments (see paper)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area23060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.380, 124.270, 63.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease YSH1 / Yeast 73 kDa homolog 1 / mRNA 3'-end-processing protein YSH1


分子量: 53458.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YSH1, BRR5, YLR277C / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q06224, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 Protein MPE1


分子量: 18075.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MPE1, YKL059C, YKL316 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P35728
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 % / 解説: plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 80 ul reservoir of 26 % w/v PEG 3000, 0.1 M CHES pH 8.7 The final drop of 400 nl comprised 200 nl protein and 200 nl crystallization buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→62.13 Å / Num. obs: 29524 / % possible obs: 99.08 % / 冗長度: 3.39 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.28→2.32 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1442 / CC1/2: 0.578 / Rpim(I) all: 0.716 / Rrim(I) all: 1.346 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
xia2データ削減
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I7V, 2C7H

2i7v

2c7h


解像度: 2.28→62.135 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2219 1487 5.05 %
Rwork0.1726 --
obs0.175 29466 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→62.135 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4356 0 8 199 4563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5456025
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3062665
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003782
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.35360.3661440.32572510X-RAY DIFFRACTION99
2.3536-2.43770.32781430.2852562X-RAY DIFFRACTION99
2.4377-2.53530.31771450.26612529X-RAY DIFFRACTION99
2.5353-2.65070.2941410.23672534X-RAY DIFFRACTION100
2.6507-2.79050.28791320.22742501X-RAY DIFFRACTION98
2.7905-2.96530.26361430.19892563X-RAY DIFFRACTION99
2.9653-3.19420.26081290.19722567X-RAY DIFFRACTION100
3.1942-3.51570.23791340.17722532X-RAY DIFFRACTION99
3.5157-4.02430.2021310.15382533X-RAY DIFFRACTION98
4.0243-5.06980.18251060.12492565X-RAY DIFFRACTION99
5.0698-62.15810.15821390.14442583X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.20820.2428-0.56041.4502-0.02731.65470.0379-0.11380.2202-0.0196-0.0660.0686-0.092-0.05780.00850.30390.0406-0.01470.3441-0.03950.512.595185.84563.0794
24.85240.039-0.13121.3884-0.08122.48630.0863-0.16220.1787-0.0462-0.02080.3074-0.1509-0.1856-0.03430.37970.0130.00830.4623-0.04680.5891-5.442580.72868.5341
32.9030.1618-0.16671.46560.64842.4260.0381-1.0436-0.12260.3315-0.045-0.09920.12860.0525-0.03370.40630.0042-0.02150.70240.02260.45113.252677.896322.6136
43.6034-0.73460.89183.5928-1.02633.42440.11640.3195-0.6305-0.317-0.052-0.13740.23950.1964-0.07520.34520.0220.07530.4145-0.14410.553418.150571.114-7.3052
52.52022.08381.77761.77671.11723.88910.0238-0.08590.44550.54320.25520.6441-0.0619-0.401-0.22650.31520.04110.07780.30840.07660.79661.437106.7688-4.1818
65.42613.8916-0.30669.6998-2.45366.09950.17090.05120.37950.6923-0.26350.9128-0.4751-0.1947-0.00160.49820.10990.11720.48480.12860.8976.1318118.032-3.9352
74-0.29960.76538.4501-5.98357.27790.1177-0.04620.70720.9207-0.1253-1.2245-0.45620.29860.26950.4308-0.00860.02440.39470.01051.089614.5568107.876-1.4171
85.2704-1.09715.09152.7383-1.87369.42680.20120.18390.1499-0.4424-0.4-0.25270.04560.62860.1960.49670.07460.08360.34660.06640.854911.8261101.4666-9.1641
93.7187-2.98260.71317.118-2.60223.42370.36460.88910.2962-0.7298-0.3988-0.13450.1531-0.004-0.03520.41790.09510.13020.42070.07550.61998.6421106.9-12.8805
105.9749-2.99960.03012.9771-2.59975.24540.3086-0.01940.7118-0.65330.2363-1.823-0.12540.54340.27570.45110.00750.11330.58070.06091.155222.0181102.1131-4.6674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 111 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 112 through 167 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 168 through 432 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 433 through 473 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 15 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 16 through 23 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 24 through 45 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 46 through 52 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 53 through 78 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 79 through 107 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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