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万見
- PDB-6i04: Crystal structure of Sema domain of the Met receptor in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i04
タイトルCrystal structure of Sema domain of the Met receptor in complex with FAB
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Hepatocyte growth factor receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / MET / Sema domain
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling ...hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of Rho protein signal transduction / MET activates PTK2 signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / MET activates RAS signaling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / phagocytosis / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of microtubule polymerization / negative regulation of autophagy / liver development / basal plasma membrane / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / excitatory postsynaptic potential / molecular function activator activity / receptor protein-tyrosine kinase / Negative regulation of MET activity / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / postsynapse / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain ...Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin E-set / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Casaletto, J.B. / Geddie, M.L. / Abu-Yousif, A.O. / Masson, K. / Fulgham, A. / Boudot, A. / Maiwald, T. / Kearns, J.D. / Kohli, N. / Su, S. ...Casaletto, J.B. / Geddie, M.L. / Abu-Yousif, A.O. / Masson, K. / Fulgham, A. / Boudot, A. / Maiwald, T. / Kearns, J.D. / Kohli, N. / Su, S. / Razlog, M. / Raue, A. / Kalra, A. / Hakansson, M. / Logan, D.T. / Welin, M. / Chattopadhyay, S. / Harms, B.D. / Nielsen, U.B. / Schoeberl, B. / Lugovskoy, A.A. / MacBeath, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: MM-131, a bispecific anti-Met/EpCAM mAb, inhibits HGF-dependent and HGF-independent Met signaling through concurrent binding to EpCAM.
著者: Casaletto, J.B. / Geddie, M.L. / Abu-Yousif, A.O. / Masson, K. / Fulgham, A. / Boudot, A. / Maiwald, T. / Kearns, J.D. / Kohli, N. / Su, S. / Razlog, M. / Raue, A. / Kalra, A. / Hakansson, M. ...著者: Casaletto, J.B. / Geddie, M.L. / Abu-Yousif, A.O. / Masson, K. / Fulgham, A. / Boudot, A. / Maiwald, T. / Kearns, J.D. / Kohli, N. / Su, S. / Razlog, M. / Raue, A. / Kalra, A. / Hakansson, M. / Logan, D.T. / Welin, M. / Chattopadhyay, S. / Harms, B.D. / Nielsen, U.B. / Schoeberl, B. / Lugovskoy, A.A. / MacBeath, G.
履歴
登録2018年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor receptor
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
B: Hepatocyte growth factor receptor
C: Fab heavy chain
D: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,9966
ポリマ－219,9966
非ポリマー00
水00
1
A: Hepatocyte growth factor receptor
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9983
ポリマ－109,9983
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area36540 Å2
手法PISA
2
B: Hepatocyte growth factor receptor
C: Fab heavy chain
D: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9983
ポリマ－109,9983
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area36530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.932, 85.497, 101.300
Angle α, β, γ (deg.)77.49, 88.58, 68.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12H
22C
13L
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRGLYGLYAA41 - 51717 - 493
21TYRTYRGLYGLYBD41 - 51717 - 493
12GLNGLNLYSLYSHB1 - 2191 - 219
22GLNGLNLYSLYSCE1 - 2191 - 219
13ASPASPGLYGLYLC1 - 2121 - 212
23ASPASPGLYGLYDF1 - 2121 - 212

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor receptor / HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / ...HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / Tyrosine-protein kinase Met


分子量: 62404.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MET / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08581, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24478.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab light chain


分子量: 23114.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18% w/v PEG 3350, 0.1 M ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→29.57 Å / Num. obs: 39528 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 71 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.23 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 1.033 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3994 / CC1/2: 0.446 / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PY7, 4O3T

4py7

4o3t


解像度: 3.1→29.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 29.744 / SU ML: 0.475 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.497 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26105 1983 5 %RANDOM
Rwork0.20167 ---
obs0.20455 37543 96.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 82.843 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.63 Å2-1.3 Å2-1.04 Å2
2--0.32 Å20.44 Å2
3----5.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→29.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13366 0 0 0 13366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01313701
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01712337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.64118642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21.56728794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.72851704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.76923.365627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.51152217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.041550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022763
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.0798.7516873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.0788.7526871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.04513.1228558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.04513.1228558
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2919.266828
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2919.266829
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.51813.68610085
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.47252262
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.47352258
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A130620.06
12B130620.06
21H63200.03
22C63200.03
31L62840.05
32D62840.05
LS精密化 シェル解像度: 3.104→3.184 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 135 -
Rwork0.36 2277 -
obs--80.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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