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- PDB-6i07: Crystal structure of EpCAM in complex with scFv -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i07
タイトルCrystal structure of EpCAM in complex with scFv
要素
  • Epithelial cell adhesion molecule
  • Single chain Fv
キーワードIMMUNE SYSTEM / single chain Fv / scFv / EpCAM
機能・相同性
機能・相同性情報


cadherin binding involved in cell-cell adhesion / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / signal transduction involved in regulation of gene expression / ureteric bud development / positive regulation of stem cell proliferation / bicellular tight junction / lateral plasma membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / stem cell differentiation / basolateral plasma membrane ...cadherin binding involved in cell-cell adhesion / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / signal transduction involved in regulation of gene expression / ureteric bud development / positive regulation of stem cell proliferation / bicellular tight junction / lateral plasma membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / stem cell differentiation / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Epithelial cell adhesion molecule N-terminal domain / Transmembrane glycoprotein EPCAM/Trop-2 / : / Epithelial cell adhesion molecule, N-terminal domain / EPCAM/Trop-2, C-terminal / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. ...Epithelial cell adhesion molecule N-terminal domain / Transmembrane glycoprotein EPCAM/Trop-2 / : / Epithelial cell adhesion molecule, N-terminal domain / EPCAM/Trop-2, C-terminal / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Epithelial cell adhesion molecule
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Casaletto, J.B. / Geddie, M.L. / Abu-Yousif, A.O. / Masson, K. / Fulgham, A. / Boudot, A. / Maiwald, T. / Kearns, J.D. / Kohli, N. / Su, S. ...Casaletto, J.B. / Geddie, M.L. / Abu-Yousif, A.O. / Masson, K. / Fulgham, A. / Boudot, A. / Maiwald, T. / Kearns, J.D. / Kohli, N. / Su, S. / Razlog, M. / Raue, A. / Kalra, A. / Hakansson, M. / Logan, D.T. / Welin, M. / Chattopadhyay, S. / Harms, B.D. / Nielsen, U.B. / Schoeberl, B. / Lugovskoy, A.A. / MacBeath, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: MM-131, a bispecific anti-Met/EpCAM mAb, inhibits HGF-dependent and HGF-independent Met signaling through concurrent binding to EpCAM.
著者: Casaletto, J.B. / Geddie, M.L. / Abu-Yousif, A.O. / Masson, K. / Fulgham, A. / Boudot, A. / Maiwald, T. / Kearns, J.D. / Kohli, N. / Su, S. / Razlog, M. / Raue, A. / Kalra, A. / Hakansson, M. ...著者: Casaletto, J.B. / Geddie, M.L. / Abu-Yousif, A.O. / Masson, K. / Fulgham, A. / Boudot, A. / Maiwald, T. / Kearns, J.D. / Kohli, N. / Su, S. / Razlog, M. / Raue, A. / Kalra, A. / Hakansson, M. / Logan, D.T. / Welin, M. / Chattopadhyay, S. / Harms, B.D. / Nielsen, U.B. / Schoeberl, B. / Lugovskoy, A.A. / MacBeath, G.
履歴
登録2018年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single chain Fv
B: Single chain Fv
C: Epithelial cell adhesion molecule
D: Epithelial cell adhesion molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,0535
ポリマ－112,9604
非ポリマー921
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.886, 91.071, 181.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUMETMETCC26 - 733 - 50
21GLUGLUMETMETDD26 - 733 - 50
12TYRTYRPHEPHECC95 - 25972 - 236
22TYRTYRPHEPHEDD95 - 25972 - 236

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.920778, 0.388974, -0.029443), (0.389299, 0.921092, -0.00602), (0.024778, -0.017005, -0.999548)-24.18966, 4.63553, -74.47176

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要素

#1: 抗体 Single chain Fv


分子量: 27857.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Epithelial cell adhesion molecule / Ep-CAM / Adenocarcinoma-associated antigen / Cell surface glycoprotein Trop-1 / Epithelial cell ...Ep-CAM / Adenocarcinoma-associated antigen / Cell surface glycoprotein Trop-1 / Epithelial cell surface antigen / Epithelial glycoprotein / EGP / Epithelial glycoprotein 314 / hEGP314 / KS 1/4 antigen / KSA / Major gastrointestinal tumor-associated protein GA733-2 / Tumor-associated calcium signal transducer 1


分子量: 28622.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PCA is pyroglutamic acid post translational modification
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: EPCAM, GA733-2, M1S2, M4S1, MIC18, TACSTD1, TROP1
細胞株 (発現宿主): EXPI293F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16422
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 6.4 / 詳細: 0.1 M PCTP pH 6.4, 21 % w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→28.7 Å / Num. obs: 56398 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 53.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.42 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 1.175 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4410 / CC1/2: 0.514 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SVZ, 4MZV

1svz

4mzv


解像度: 2.35→28.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 9.137 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.246 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27876 2851 5.1 %RANDOM
Rwork0.23016 ---
obs0.23267 53487 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 87.131 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.16 Å20 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3---1.79 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.35→28.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7118 0 6 117 7241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0176581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.6479838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1831.57715354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9755894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.07723.333366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.06151275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6991536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2959
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.9289.2443612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.9279.2433611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.13513.8394494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.13413.844495
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.289.6263659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.289.6253660
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.27914.255345
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.1457656
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.1447657
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: C / Ens-ID: 1 / 数: 3180 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.320.5
medium thermal11.712
LS精密化 シェル解像度: 2.348→2.409 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 194 -
Rwork0.365 3790 -
obs--96.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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