[日本語] English
万見
- PDB-6hvl: CdaA complex with c-di-AMP and AMP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hvl
タイトルCdaA complex with c-di-AMP and AMP
要素Diadenylate cyclase
キーワードTRANSFERASE / di-adenylate cyclase / second messenger / complex / c-di-AMP / AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Diadenylate cyclase CdaA, N-terminal domain / CdaA N-terminal transmembrane domain / Diadenylate cyclase CdaA / Diadenylate cyclase / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile. ...YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Diadenylate cyclase CdaA, N-terminal domain / CdaA N-terminal transmembrane domain / Diadenylate cyclase CdaA / Diadenylate cyclase / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BA / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / : / PHOSPHATE ION / Diadenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Heidemann, J.L. / Neumann, P. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of the c-di-AMP-synthesizing enzyme CdaA.
著者: Heidemann, J.L. / Neumann, P. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
履歴
登録2018年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diadenylate cyclase
B: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8986
ポリマ－38,7382
非ポリマー1,1604
水1086
1
A: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子

A: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3638
ポリマ－38,7382
非ポリマー1,6256
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_545y+1/3,x-1/3,-z+2/31
Buried area2470 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area14500 Å2
手法PISA
2
B: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7162
ポリマ－19,3691
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area560 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area8020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.900, 121.900, 141.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Diadenylate cyclase / DAC / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase CdaA


分子量: 19369.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: dacA, cdaA, lmo2120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase

-
非ポリマー , 5種, 10分子

#2: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 m Ca(CH3OO)2, 0.1 M Na-HEPES pH 7.5, 10 % w/v PEG8000,

-
データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→42.271 Å / Num. obs: 9435 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 5.649 % / Biso Wilson estimate: 57.26 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 12.39
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.8-2.95.6820.8051.939410.7260.87795.4
2.9-35.6730.5562.838360.8530.60595.4
3-3.15.5550.4923.227230.8680.53694.9
3.1-45.6250.1818.1836910.9880.19793.4
4-55.6670.06621.415870.9980.07293
5-65.6760.07420.157030.9980.08192
6-75.7010.06622.263540.9980.07190.3
7-85.8540.04428.921850.9990.04884.5
8-95.9830.03140.971180.9990.03388.7
9-105.6220.02746.05820.9990.0390.1
10-205.6010.02548.041880.9990.02786.2
20-304.850.02745.65200.9990.02980
30-505.40.01848.39510.0255.6
42.271-5030.0231.1720.02366.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4rv7

4rv7


解像度: 2.8→42.271 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2337 495 5.25 %
Rwork0.1875 --
obs0.1899 9430 93.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.02 Å2 / Biso mean: 57.9376 Å2 / Biso min: 23.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→42.271 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2390 0 51 6 2447
Biso mean--63.81 43.74 -
残基数----312
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8003-3.08210.32731260.25242237236395
3.0821-3.52790.24581250.21862266239195
3.5279-4.4440.2121060.17362211231792
4.444-42.27550.21851380.16722221235990

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る