PDB-5k2j: Crystal structure of reduced Prx3 in complex with h2o2 from Vibri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k2j

タイトル

Crystal structure of reduced Prx3 in complex with h2o2 from Vibrio vulnificus

要素

1-Cys peroxiredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 1-Cys Prx / Vibrio vulnificus / hydrogen peroxide / nitric oxide

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus MO6-24/O (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.908 Å

データ登録者

Ahn, J. / Ha, N.-C.

引用

ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of peroxiredoxin 3 fromVibrio vulnificusand its implications for scavenging peroxides and nitric oxide.
著者: Ahn, J. / Jang, K.K. / Jo, I. / Nurhasni, H. / Lim, J.G. / Yoo, J.W. / Choi, S.H. / Ha, N.C.

履歴

登録	2016年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k2j.cif.gz	369.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k2j.ent.gz	302.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k1gSC 5k2iC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lib-6 4p5e-d 4n5q-2 3lib-10 3lib-1 3lib-2 6nx3-2 4arn-1 6nx3-1 5jxb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 1-Cys peroxiredoxin

B: 1-Cys peroxiredoxin

C: 1-Cys peroxiredoxin

D: 1-Cys peroxiredoxin

E: 1-Cys peroxiredoxin

F: 1-Cys peroxiredoxin

G: 1-Cys peroxiredoxin

H: 1-Cys peroxiredoxin

I: 1-Cys peroxiredoxin

J: 1-Cys peroxiredoxin

K: 1-Cys peroxiredoxin

L: 1-Cys peroxiredoxin

ヘテロ分子

211 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 1-Cys peroxiredoxin

B: 1-Cys peroxiredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 1-Cys peroxiredoxin

D: 1-Cys peroxiredoxin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: 1-Cys peroxiredoxin

F: 1-Cys peroxiredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: 1-Cys peroxiredoxin

H: 1-Cys peroxiredoxin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
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5

I: 1-Cys peroxiredoxin

J: 1-Cys peroxiredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
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6

K: 1-Cys peroxiredoxin

L: 1-Cys peroxiredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.080, 97.725, 97.492
Angle α, β, γ (deg.)	78.72, 67.33, 67.34
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	1-Cys peroxiredoxin 分子量: 17545.971 Da / 分子数: 12 / 変異: C48D, C73S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio vulnificus MO6-24/O (バクテリア) 株: MO6-24/O / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Z0YU25*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE 分子量: 34.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 805 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	The reference database is GenBank ADV89163. This protein is C48D, C73S mutant, and residues 158-164 ...The reference database is GenBank ADV89163. This protein is C48D, C73S mutant, and residues 158-164 are expression tag.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.42 %
結晶化	温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.8 M sodium citrate, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M sodium chloride, 500 uM H2O2 PH範囲: 6.0-6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100.15 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月20日
放射	モノクロメーター: Double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 182028 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5K1G

5k1g

解像度: 1.908→19.68 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.22 / 位相誤差: 25.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2443	6747	4.92 %
R_work	0.1946	-	-
obs	0.197	137002	74.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.908→19.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14143	0	8	805	14956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	14397
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.572	19543
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.91	8572
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2330
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2522

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9079-1.9296	0.2801	78	0.23	1058	X-RAY DIFFRACTION	19
1.9296-1.9523	0.3503	60	0.2302	1224	X-RAY DIFFRACTION	21
1.9523-1.9761	0.3166	67	0.2229	1278	X-RAY DIFFRACTION	22
1.9761-2.0011	0.2732	88	0.2413	1561	X-RAY DIFFRACTION	27
2.0011-2.0274	0.3294	91	0.2353	1879	X-RAY DIFFRACTION	32
2.0274-2.0551	0.2495	101	0.2307	2176	X-RAY DIFFRACTION	38
2.0551-2.0844	0.2968	125	0.2439	2587	X-RAY DIFFRACTION	44
2.0844-2.1155	0.3259	149	0.2542	3024	X-RAY DIFFRACTION	52
2.1155-2.1485	0.3121	209	0.2503	3488	X-RAY DIFFRACTION	61
2.1485-2.1837	0.2781	229	0.242	3829	X-RAY DIFFRACTION	66
2.1837-2.2213	0.2731	234	0.2309	4181	X-RAY DIFFRACTION	71
2.2213-2.2617	0.307	264	0.2465	5248	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2617-2.3051	0.3136	196	0.2271	4776	X-RAY DIFFRACTION	83
2.3051-2.3521	0.296	262	0.2322	4979	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3521-2.4031	0.2831	271	0.2304	5180	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4031-2.4589	0.2688	284	0.2229	5354	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4589-2.5203	0.2854	295	0.2204	5469	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5203-2.5883	0.2667	293	0.2061	5431	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5883-2.6643	0.2708	312	0.2106	5516	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6643-2.7501	0.2787	293	0.2137	5523	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7501-2.8481	0.2521	315	0.2265	5609	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8481-2.9617	0.2514	247	0.2165	5770	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9617-3.096	0.2752	312	0.2063	5592	X-RAY DIFFRACTION	98
3.096-3.2586	0.2444	348	0.2012	5700	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2586-3.4617	0.229	302	0.1864	5638	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4617-3.7273	0.2091	290	0.17	5762	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7273-4.0994	0.2005	296	0.1599	5668	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0994-4.6856	0.1752	220	0.1352	5586	X-RAY DIFFRACTION	95
4.6856-5.8771	0.1828	280	0.1446	5617	X-RAY DIFFRACTION	97
5.8771-19.6813	0.2072	236	0.1742	5552	X-RAY DIFFRACTION	94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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