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万見
- PDB-6hqu: Humanised RadA mutant HumRadA22 in complex with a recombined BRC ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hqu
タイトルHumanised RadA mutant HumRadA22 in complex with a recombined BRC repeat 8-2
要素
  • Breast cancer type 2 susceptibility
  • DNA repair and recombination protein RadA
キーワードONCOPROTEIN / RadA / Rad51 / BRC repeat / recombinase / ATPase / BRCA2
機能・相同性
機能・相同性情報


BRCA2-MAGE-D1 complex / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / nuclear ubiquitin ligase complex / lateral element / telomere maintenance via recombination / histone H4 acetyltransferase activity ...BRCA2-MAGE-D1 complex / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / nuclear ubiquitin ligase complex / lateral element / telomere maintenance via recombination / histone H4 acetyltransferase activity / histone H3 acetyltransferase activity / regulation of DNA damage checkpoint / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / gamma-tubulin binding / DNA repair complex / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / response to UV-C / oocyte maturation / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / inner cell mass cell proliferation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / hematopoietic stem cell proliferation / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / female gonad development / male meiosis I / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / centrosome duplication / response to X-ray / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of mitotic cell cycle / regulation of cytokinesis / secretory granule / cellular response to ionizing radiation / nucleotide-excision repair / response to gamma radiation / double-strand break repair via homologous recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / brain development / Meiotic recombination / cellular senescence / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / spermatogenesis / protease binding / chromosome, telomeric region / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / BRCA2, OB2 / BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / Tower / BRCA2, helical / Tower ...: / BRCA2, OB2 / BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / Tower / BRCA2, helical / Tower / BRCA2 repeat / BRCA2, OB1 / Breast cancer type 2 susceptibility protein / BRCA2 repeat / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 1 / BRCA2 repeat profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Breast cancer type 2 susceptibility protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Pantelejevs, T. / Lindenburg, L. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Improved RAD51 binders through motif shuffling based on the modularity of BRC repeats.
著者: Lindenburg, L.H. / Pantelejevs, T. / Gielen, F. / Zuazua-Villar, P. / Butz, M. / Rees, E. / Kaminski, C.F. / Downs, J.A. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
履歴
登録2018年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年1月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id ..._atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair and recombination protein RadA
B: DNA repair and recombination protein RadA
C: DNA repair and recombination protein RadA
D: DNA repair and recombination protein RadA
E: DNA repair and recombination protein RadA
F: DNA repair and recombination protein RadA
G: DNA repair and recombination protein RadA
H: DNA repair and recombination protein RadA
I: Breast cancer type 2 susceptibility
J: Breast cancer type 2 susceptibility
K: Breast cancer type 2 susceptibility
L: Breast cancer type 2 susceptibility
M: Breast cancer type 2 susceptibility
N: Breast cancer type 2 susceptibility
O: Breast cancer type 2 susceptibility
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,81231
ポリマ－232,20015
非ポリマー3,61216
水3,855214
1
A: DNA repair and recombination protein RadA
I: Breast cancer type 2 susceptibility
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9744
ポリマ－29,5222
非ポリマー4522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area11420 Å2
手法PISA
2
B: DNA repair and recombination protein RadA
J: Breast cancer type 2 susceptibility
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9744
ポリマ－29,5222
非ポリマー4522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
3
C: DNA repair and recombination protein RadA
K: Breast cancer type 2 susceptibility
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9744
ポリマ－29,5222
非ポリマー4522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10640 Å2
手法PISA
4
D: DNA repair and recombination protein RadA
L: Breast cancer type 2 susceptibility
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9744
ポリマ－29,5222
非ポリマー4522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PISA
5
E: DNA repair and recombination protein RadA
M: Breast cancer type 2 susceptibility
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9744
ポリマ－29,5222
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11570 Å2
手法PISA
6
F: DNA repair and recombination protein RadA
N: Breast cancer type 2 susceptibility
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9744
ポリマ－29,5222
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10670 Å2
手法PISA
7
G: DNA repair and recombination protein RadA
O: Breast cancer type 2 susceptibility
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9744
ポリマ－29,5222
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
8
H: DNA repair and recombination protein RadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9943
ポリマ－25,5421
非ポリマー4522
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.403, 75.473, 114.792
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
DNA repair and recombination protein RadA


分子量: 25542.064 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: radA, PF1926 / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド
Breast cancer type 2 susceptibility


分子量: 3980.434 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51587*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / 参照: UniProt: P51587*PLUS / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.2 M NH4Cl, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.966→85.87 Å / Num. obs: 137994 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 45.47 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 522829
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.966-1.9723.92.388554814410.2721.4042.7780.5100
9.121-85.873.50.039502214540.9970.0240.04626.398.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KDD

5kdd


解像度: 1.97→85.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU R Cruickshank DPI: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.211 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.172
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 6853 4.97 %RANDOM
Rwork0.263 ---
obs0.263 137876 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 150.89 Å2 / Biso mean: 68.12 Å2 / Biso min: 29.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2997 Å20 Å217.1159 Å2
2--9.2558 Å20 Å2
3----4.956 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.5 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→85.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13981 0 224 215 14420
Biso mean--59.91 56.49 -
残基数----1815
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5176SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2543HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14373HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1906SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16558SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d14373HARMONIC20.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg19352HARMONIC21.28
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.24
LS精密化 シェル解像度: 1.97→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2812 135 4.89 %
Rwork0.2792 2623 -
all0.2793 2758 -
obs--99.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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