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- PDB-6hqg: Cytochrome P450-153 from Phenylobacterium zucineum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hqg
タイトルCytochrome P450-153 from Phenylobacterium zucineum
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / heme / biocatalysis / Cyp153 family / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Phenylobacterium zucineum
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fiorentini, F. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: The Extreme Structural Plasticity in the CYP153 Subfamily of P450s Directs Development of Designer Hydroxylases.
著者: Fiorentini, F. / Hatzl, A.M. / Schmidt, S. / Savino, S. / Glieder, A. / Mattevi, A.
履歴
登録2018年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
B: Cytochrome P450
C: Cytochrome P450
D: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,9738
ポリマ－196,5074
非ポリマー2,4664
水52229
1
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7432
ポリマ－49,1271
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7432
ポリマ－49,1271
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7432
ポリマ－49,1271
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7432
ポリマ－49,1271
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.464, 89.207, 201.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114B1 - 999
2114A1 - 999
3114C1 - 999
4114D1 - 999

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.975596, -0.051333, 0.213488), (-0.050298, -0.998681, -0.010279), (0.213734, -0.00071, -0.976892)-31.88924, 92.89658, 295.23355
3given(0.506637, -0.848036, 0.155419), (-0.845323, -0.524056, -0.103893), (0.169553, -0.078743, -0.98237)38.4113, 127.18459, 303.23413
4given(0.594887, 0.803221, -0.030763), (-0.802288, 0.590973, -0.084173), (-0.04943, 0.074754, 0.995976)-11.0524, 75.98761, 0.67904

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450


分子量: 49126.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phenylobacterium zucineum (strain HLK1) (バクテリア)
株: HLK1 / 遺伝子: p450, PHZ_c0813 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B4RGA3
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, 1 M ammonium phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.31 Å / Num. obs: 40389 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.964 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.9→3.02 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.857 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4594 / CC1/2: 0.511 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RWL

3rwl


解像度: 2.9→49.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 22.512 / SU ML: 0.398 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.454 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27172 2007 5 %RANDOM
Rwork0.21162 ---
obs0.21457 38381 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.642 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.73 Å2-0 Å20.93 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----2.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→49.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11886 0 172 29 12087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01412397
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4491.68816919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8241.63625578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.99551437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.10620.924747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.712152045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.58515126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0924.1885790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.094.1885789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9966.2687213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9966.2687214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1754.4686607
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1764.4696605
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1476.5889706
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.49847.39613915
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.49847.39513915
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 5681 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.210.5
Bmedium positional0.20.5
Cmedium positional0.210.5
Dmedium positional0.20.5
Amedium thermal7.732
Bmedium thermal5.772
Cmedium thermal9.472
Dmedium thermal5.972
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 156 -
Rwork0.359 2873 -
obs--98.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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