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万見
- PDB-6hqa: Molecular structure of promoter-bound yeast TFIID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hqa
タイトルMolecular structure of promoter-bound yeast TFIID
要素
  • (Histone-fold) x 2
  • Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA polymerase II transcription initiation
  • Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes
  • Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes
  • Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes
  • TFIID subunit (48 kDa)
  • Taf2
  • Taf8
キーワードTRANSCRIPTION / Complex / Transcription initiation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of primary metabolic process / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / chromatin organization ...regulation of primary metabolic process / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / chromatin organization / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LisH / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / : / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily ...LisH / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / : / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TAFII31 / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone-fold / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / Transcription initiation factor TFIID subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii GS115 (菌類)
Komagataella phaffii (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Kolesnikova, O. / Ben-Shem, A. / Luo, J. / Ranish, J. / Schultz, P. / Papai, G.
資金援助 米国, フランス, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P50 GM076547 RO1 GM110064 米国
French National Research AgencyANR-15-CE11-0022-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0030-INRT フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular structure of promoter-bound yeast TFIID.
著者: Olga Kolesnikova / Adam Ben-Shem / Jie Luo / Jeff Ranish / Patrick Schultz / Gabor Papai /
要旨: Transcription preinitiation complex assembly on the promoters of protein encoding genes is nucleated in vivo by TFIID composed of the TATA-box Binding Protein (TBP) and 13 TBP-associate factors (Tafs) ...Transcription preinitiation complex assembly on the promoters of protein encoding genes is nucleated in vivo by TFIID composed of the TATA-box Binding Protein (TBP) and 13 TBP-associate factors (Tafs) providing regulatory and chromatin binding functions. Here we present the cryo-electron microscopy structure of promoter-bound yeast TFIID at a resolution better than 5 Å, except for a flexible domain. We position the crystal structures of several subunits and, in combination with cross-linking studies, describe the quaternary organization of TFIID. The compact tri lobed architecture is stabilized by a topologically closed Taf5-Taf6 tetramer. We confirm the unique subunit stoichiometry prevailing in TFIID and uncover a hexameric arrangement of Tafs containing a histone fold domain in the Twin lobe.
履歴
登録2018年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / Item: _em_imaging_optics.phase_plate
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0251
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Taf2
B: Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes
C: Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes
D: Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes
E: Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes
F: Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA polymerase II transcription initiation
G: Taf8
I: Histone-fold
H: Histone-fold
K: Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes
J: TFIID subunit (48 kDa)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)634,42911
ポリマ－634,42911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 9種, 11分子 ABCDEFGIHKJ

#1: タンパク質 Taf2


分子量: 199179.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: C4R289*PLUS
#2: タンパク質 Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes


分子量: 80933.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
参照: UniProt: C4R4L4
#3: タンパク質 Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes


分子量: 54888.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
参照: UniProt: C4QW33
#4: タンパク質 Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA polymerase II transcription initiation


分子量: 17303.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
参照: UniProt: C4QZS5
#5: タンパク質 Taf8


分子量: 6400.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii GS115 (菌類)
#6: タンパク質 Histone-fold


分子量: 5464.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii GS115 (菌類)
#7: タンパク質 Histone-fold


分子量: 5805.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii GS115 (菌類)
#8: タンパク質 Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes


分子量: 66690.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
参照: UniProt: C4R150
#9: タンパク質 TFIID subunit (48 kDa)


分子量: 61942.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
参照: UniProt: C4R420

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Transcription Factor IID / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.9 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 45454 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4900 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 52.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 球面収差補正装置: Equipped with Cs corrector
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 3-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 295734
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 180823 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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