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- PDB-4obu: Ruminococcus gnavus tryptophan decarboxylase RUMGNA_01526 (apo) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4obu
タイトルRuminococcus gnavus tryptophan decarboxylase RUMGNA_01526 (apo)
要素Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
キーワードLYASE / Type 1 PLP-dependent / Decarboxylase / Tryptophan
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tryptophan decarboxylase / L-tryptophan decarboxylase activity / L-tryptophan metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #170 / Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #170 / Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Tryptophan decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus gnavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.804 Å
データ登録者Van Benschoten, A.H. / Fraser, J.S.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2014
タイトル: Discovery and Characterization of Gut Microbiota Decarboxylases that Can Produce the Neurotransmitter Tryptamine.
著者: Williams, B.B. / Van Benschoten, A.H. / Cimermancic, P. / Donia, M.S. / Zimmermann, M. / Taketani, M. / Ishihara, A. / Kashyap, P.C. / Fraser, J.S. / Fischbach, M.A.
履歴
登録2014年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
A: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
U: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
G: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
H: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
F: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
B: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
C: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)442,17416
ポリマ－440,1978
非ポリマー1,9778
水7,458414
1
E: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
H: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5444
ポリマ－110,0492
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13720 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area33010 Å2
手法PISA
2
A: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
ヘテロ分子

U: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5444
ポリマ－110,0492
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area13720 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area33110 Å2
手法PISA
3
F: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
ヘテロ分子

G: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5444
ポリマ－110,0492
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area13680 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area33140 Å2
手法PISA
4
B: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
C: Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5444
ポリマ－110,0492
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13700 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area33080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.630, 145.770, 165.070
Angle α, β, γ (deg.)72.85, 88.84, 88.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Pyridoxal-dependent decarboxylase domain protein


分子量: 55024.621 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus gnavus (バクテリア)
株: ATCC 29149 / 遺伝子: RUMGNA_01526 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7B1V0
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Bicine pH 8.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月30日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.804→79.37 Å / Num. all: 127885 / Num. obs: 121043 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.804→2.905 Å / % possible all: 96.28

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
xia2データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.804→79.369 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2568 6082 5.02 %Random
Rwork0.2311 ---
obs0.2324 121043 94.65 %-
all-127885 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.804→79.369 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29064 0 120 414 29598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00229824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6740424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.84110896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0494528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8044-2.83630.36372120.30863831X-RAY DIFFRACTION96
2.8363-2.86970.35841910.29893876X-RAY DIFFRACTION96
2.8697-2.90470.35642000.29433952X-RAY DIFFRACTION96
2.9047-2.94140.34621610.3033981X-RAY DIFFRACTION96
2.9414-2.98020.34072010.29073839X-RAY DIFFRACTION96
2.9802-3.0210.34652270.29633827X-RAY DIFFRACTION96
3.021-3.06410.34722180.29543895X-RAY DIFFRACTION96
3.0641-3.10990.34112080.29493962X-RAY DIFFRACTION96
3.1099-3.15850.31582200.27663806X-RAY DIFFRACTION96
3.1585-3.21030.28911950.26973894X-RAY DIFFRACTION96
3.2103-3.26560.33042200.27663916X-RAY DIFFRACTION95
3.2656-3.3250.29732220.25673790X-RAY DIFFRACTION96
3.325-3.3890.29131960.25233855X-RAY DIFFRACTION95
3.389-3.45810.27592330.24543901X-RAY DIFFRACTION95
3.4581-3.53330.27142090.23943785X-RAY DIFFRACTION95
3.5333-3.61550.23652140.23493835X-RAY DIFFRACTION95
3.6155-3.70590.26831890.22983771X-RAY DIFFRACTION93
3.7059-3.80610.25222050.21693821X-RAY DIFFRACTION95
3.8061-3.91810.23012060.21863867X-RAY DIFFRACTION94
3.9181-4.04460.2182220.21043745X-RAY DIFFRACTION94
4.0446-4.18910.23391910.20863894X-RAY DIFFRACTION94
4.1891-4.35690.23042070.20743694X-RAY DIFFRACTION94
4.3569-4.55510.21791890.20323904X-RAY DIFFRACTION94
4.5551-4.79520.20251840.19243737X-RAY DIFFRACTION93
4.7952-5.09560.20981960.19843822X-RAY DIFFRACTION94
5.0956-5.4890.23281930.2023803X-RAY DIFFRACTION94
5.489-6.04120.2391950.21853762X-RAY DIFFRACTION93
6.0412-6.91490.22052000.21473743X-RAY DIFFRACTION93
6.9149-8.71030.20382020.18753826X-RAY DIFFRACTION94
8.7103-79.40060.19991760.19993627X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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