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- PDB-6eem: Crystal structure of Papaver somniferum tyrosine decarboxylase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eem
タイトルCrystal structure of Papaver somniferum tyrosine decarboxylase in complex with L-tyrosine
要素(Tyrosine/dopa ...) x 2
キーワードLYASE / Aromatic Amino Acid Decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine decarboxylase / tyrosine decarboxylase activity / carboxylic acid metabolic process / amino acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0PR / TYROSINE / Tyrosine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Papaver somniferum (ケシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61000662305 Å
データ登録者Torrens-Spence, M.P. / Chiang, Y. / Smith, T. / Vicent, M.A. / Wang, Y. / Weng, J.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for divergent and convergent evolution of catalytic machineries in plant aromatic amino acid decarboxylase proteins.
著者: Torrens-Spence, M.P. / Chiang, Y.C. / Smith, T. / Vicent, M.A. / Wang, Y. / Weng, J.K.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Structural basis for independent origins of new catalytic machineries in plant AAAD proteins
著者: Torrens-Spence, M.P. / Chiang, Y.-C. / Smith, T. / Vicent, M.A. / Wang, Y. / Weng, J.K.
履歴
登録2018年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.42020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine/dopa decarboxylase
B: Tyrosine/dopa decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,72211
ポリマ－113,4562
非ポリマー1,2669
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15470 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area31550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.771, 122.771, 166.998
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-780-

HOH

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要素

-
Tyrosine/dopa ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosine/dopa decarboxylase


分子量: 56613.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Papaver somniferum (ケシ) / 遺伝子: tydc9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O82415, aromatic-L-amino-acid decarboxylase
#2: タンパク質 Tyrosine/dopa decarboxylase


分子量: 56841.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Papaver somniferum (ケシ) / 遺伝子: tydc9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O82415, aromatic-L-amino-acid decarboxylase

-
非ポリマー , 4種, 261分子

#3: 化合物 ChemComp-0PR / N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)-L-tyrosine / PHOSPHO-5'-PYRIDOXYL TYROSINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 412.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N2O8P
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.2 M ammonium Sulfate 0.1 Bis Tris pH 5.0 and 1% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→167 Å / Num. obs: 39550 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 34.2140174036 Å2 / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.61→2.75 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5654 / CC1/2: 0.567 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JS3

1js3


解像度: 2.61000662305→77.026298568 Å / SU ML: 0.337130549857 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32602802391 / 位相誤差: 23.3974781119
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234528243478 1979 5.01456987204 %
Rwork0.18721148539 --
obs0.189602041113 39465 99.9594741775 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.7978677589 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61000662305→77.026298568 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7624 0 76 252 7952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004260051523547906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70894937717810740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04733285746771199
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004020893989351360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.51298473142838
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.67530.34212122161280.2946076026372635X-RAY DIFFRACTION99.6753246753
2.6753-2.74760.3274294526811310.2716400523862620X-RAY DIFFRACTION99.9273519797
2.7476-2.82850.2928510645541490.2438717605842630X-RAY DIFFRACTION100
2.8285-2.91980.3116314497861440.2332167531472641X-RAY DIFFRACTION100
2.9198-3.02410.2841144279951530.2323041092972599X-RAY DIFFRACTION100
3.0241-3.14520.2950032533911230.2381497315672669X-RAY DIFFRACTION100
3.1452-3.28840.2495634084751430.2189759965882649X-RAY DIFFRACTION100
3.2884-3.46170.2823444923721230.1892640458852687X-RAY DIFFRACTION100
3.4617-3.67860.207148247111550.1666285720062634X-RAY DIFFRACTION100
3.6786-3.96260.1939421624381450.1549276435522690X-RAY DIFFRACTION100
3.9626-4.36140.19526442861540.1443731651032666X-RAY DIFFRACTION100
4.3614-4.99240.1870168020561600.1330825377312684X-RAY DIFFRACTION100
4.9924-6.28940.213619570541300.1699717572652773X-RAY DIFFRACTION100
6.2894-77.05980.1990799925251410.1774085483492909X-RAY DIFFRACTION99.8363338789

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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