+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6duq | |||||||||
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Title | Structure of a Rho-NusG KOW domain complex | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION/RNA / Rho / NusG / RecA / ATPase / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-RNA complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information DNA-templated transcription elongation / ATP-dependent activity, acting on RNA / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / helicase activity / DNA-templated transcription termination / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / ribosome biogenesis ...DNA-templated transcription elongation / ATP-dependent activity, acting on RNA / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / helicase activity / DNA-templated transcription termination / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / ribosome biogenesis / hydrolase activity / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / membrane / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli M718 (bacteria) Escherichia coli M605 (bacteria) synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.7 Å | |||||||||
Authors | Berger, J.M. / Lawson, M.R. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Mol. Cell / Year: 2018 Title: Mechanism for the Regulated Control of Bacterial Transcription Termination by a Universal Adaptor Protein. Authors: Lawson, M.R. / Ma, W. / Bellecourt, M.J. / Artsimovitch, I. / Martin, A. / Landick, R. / Schulten, K. / Berger, J.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6duq.cif.gz | 2.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6duq.ent.gz | 1.8 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6duq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/6duq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/6duq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Transcription ... , 2 types, 24 molecules LAGBHCIDKFJEMNOPQRSTUVWX
#1: Protein | Mass: 47396.562 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli M718 (bacteria) / Gene: rho, ECJG_05123 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: F4TMM7, UniProt: P0AG30*PLUS, Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement #2: Protein | Mass: 6657.404 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli M605 (bacteria) / Gene: nusG, ECIG_05396 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: F4T6L5, UniProt: P0AFG0*PLUS |
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-RNA chain , 1 types, 2 molecules YZ
#3: RNA chain | Mass: 3629.032 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 3 types, 36 molecules
#4: Chemical | ChemComp-ADP / #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | ChemComp-BEF / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.52 Å3/Da / Density % sol: 65.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 95 mM potassium glutamate, 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 1 mM spermine, 0.5% PEG 8K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.11587 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 25, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11587 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.68→40 Å / Num. obs: 94588 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 2.2 % / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.68→3.79 Å / Redundancy: 2.2 % / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.7→39.03 Å / SU ML: 0.77 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 40.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.7→39.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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