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- PDB-3qmz: Crystal structure of the cytoplasmic dynein heavy chain motor domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qmz
タイトルCrystal structure of the cytoplasmic dynein heavy chain motor domain
要素
  • Cytoplasmic dynein heavy chain
  • Glutathione-S-transferase
キーワードMOTOR PROTEIN / AAA+ protein / ASCE protein / P-loop NTPase / Cytoskeletal motor / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


karyogamy / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / astral microtubule / spindle pole body / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / dynein intermediate chain binding / nuclear migration ...karyogamy / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / astral microtubule / spindle pole body / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / dynein intermediate chain binding / nuclear migration / establishment of mitotic spindle orientation / glutathione transferase / mitotic sister chromatid segregation / glutathione transferase activity / cytoplasmic microtubule / cytoplasmic microtubule organization / Neutrophil degranulation / glutathione metabolic process / mitotic spindle organization / cell cortex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AAA+ lid domain / : / DYN1, AAA+ ATPase lid domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain ...AAA+ lid domain / : / DYN1, AAA+ ATPase lid domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / Dynein heavy chain, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 6 Å
データ登録者Cho, C. / Carter, A.P. / Jin, L. / Vale, R.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the dynein motor domain.
著者: Carter, A.P. / Cho, C. / Jin, L. / Vale, R.D.
履歴
登録2011年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月29日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic dynein heavy chain
B: Cytoplasmic dynein heavy chain
T: Glutathione-S-transferase
S: Glutathione-S-transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)622,5814
ポリマ－622,5814
非ポリマー00
水00
1
A: Cytoplasmic dynein heavy chain
T: Glutathione-S-transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,2902
ポリマ－311,2902
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytoplasmic dynein heavy chain
S: Glutathione-S-transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,2902
ポリマ－311,2902
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.080, 118.921, 200.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytoplasmic dynein heavy chain


分子量: 285684.625 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1364-4092 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36022
#2: タンパク質 Glutathione-S-transferase


分子量: 25605.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08515

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 16% PEG3350, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.7

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 / 波長: 1.21476 1.15776
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.214761
31.157761
反射解像度: 6→50.13 Å / Num. obs: 20819

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 6→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.43 -Random
Rwork0.43 --
all-20819 -
obs-20819 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23302 0 0 0 23302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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