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- PDB-7c11: Formate--tetrahydrofolate ligase from Methylobacterium extorquens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c11
タイトルFormate--tetrahydrofolate ligase from Methylobacterium extorquens CM4 strain
要素Formate-tetrahydrofolate ligase
キーワードLIGASE / Formate assimilation / Methylobacterium extorquens CM4 / formate-tetrahydrofolate ligase / metal usage
機能・相同性
機能・相同性情報


formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / tetrahydrofolate interconversion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS, conserved site / Formate--tetrahydrofolate ligase / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 1. / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 2. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRATE ANION / L(+)-TARTARIC ACID / Formate--tetrahydrofolate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylorubrum extorquens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.815 Å
データ登録者Kim, K.-J. / Kim, S. / Seo, H. / Lee, S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Biochemical properties and crystal structure of formate-tetrahydrofolate ligase from Methylobacterium extorquens CM4.
著者: Kim, S. / Lee, S.H. / Seo, H. / Kim, K.J.
履歴
登録2020年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate-tetrahydrofolate ligase
B: Formate-tetrahydrofolate ligase
C: Formate-tetrahydrofolate ligase
D: Formate-tetrahydrofolate ligase
M: Formate-tetrahydrofolate ligase
N: Formate-tetrahydrofolate ligase
O: Formate-tetrahydrofolate ligase
P: Formate-tetrahydrofolate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)487,12411
ポリマ－486,7268
非ポリマー3983
水6,846380
1
A: Formate-tetrahydrofolate ligase
B: Formate-tetrahydrofolate ligase
C: Formate-tetrahydrofolate ligase
D: Formate-tetrahydrofolate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,5726
ポリマ－243,3634
非ポリマー2092
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14650 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area73890 Å2
手法PISA
2
M: Formate-tetrahydrofolate ligase
N: Formate-tetrahydrofolate ligase
O: Formate-tetrahydrofolate ligase
P: Formate-tetrahydrofolate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,5525
ポリマ－243,3634
非ポリマー1891
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14760 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area73500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.563, 168.742, 126.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Formate-tetrahydrofolate ligase / Formyltetrahydrofolate synthetase / FTHFS


分子量: 60840.766 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (strain CM4 / NCIMB 13688) (バクテリア)
株: CM4 / NCIMB 13688 / 遺伝子: fhs, Mchl_0447 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: B7L0A5, formate-tetrahydrofolate ligase
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: liquid diffusion
詳細: 20% PEG 3350, 2% tacsimate pH 6.0, 0.1M bis-tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 102924 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.143 / Χ2: 2.454 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 287673
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.852.70.33150980.7670.2410.4111.40998.8
2.85-2.92.70.30751590.8020.2240.3811.49399.2
2.9-2.962.70.28150990.8360.2040.3491.50999
2.96-3.022.70.25951470.80.1880.3221.69799.1
3.02-3.082.70.22851510.8830.1660.2831.61399.1
3.08-3.152.70.21851180.8940.1570.2691.81799.1
3.15-3.232.70.19151410.9190.1370.2361.95199.2
3.23-3.322.70.17351370.9310.1230.2132.14399.3
3.32-3.422.80.15651680.9450.1110.1932.29899.3
3.42-3.532.80.14151480.9530.10.1732.37199.3
3.53-3.652.80.12851300.9610.090.1572.63399.3
3.65-3.82.80.11451690.9680.080.1392.61299.3
3.8-3.972.90.10351380.9740.0720.1272.64899.2
3.97-4.182.90.09551660.9790.0660.1162.88199.1
4.18-4.442.90.08751440.9790.0610.1072.89699.2
4.44-4.792.90.08551770.980.0590.1042.99699.1
4.79-5.272.90.08551570.9790.0590.1042.92599.1
5.27-6.032.90.08551560.980.0590.1042.49399.1
6.03-7.592.90.08151710.9840.0550.0982.73398.6
7.59-502.80.08451500.980.0580.1035.37896.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A4J

5a4j


解像度: 2.815→36.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 18.747 / SU ML: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.468
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2764 5124 5 %RANDOM
Rwork0.1799 ---
obs0.1847 97775 97.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.64 Å2 / Biso mean: 39.596 Å2 / Biso min: 7.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å20 Å2-0.56 Å2
2---0.33 Å2-0 Å2
3---1.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.815→36.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33258 0 27 380 33665
Biso mean--47.87 27.15 -
残基数----4437
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01333845
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01732654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.63645814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1971.57775556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.64654427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88922.2821586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.02155786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.71315216
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.24578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0238182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.026714
LS精密化 シェル解像度: 2.815→2.888 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 324 -
Rwork0.228 5677 -
obs--77.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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