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- PDB-1fpm: MONOVALENT CATION BINDING SITES IN N10-FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fpm
タイトルMONOVALENT CATION BINDING SITES IN N10-FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE FROM MOORELLA THERMOACETICA
要素FORMATE--TETRAHYDROFOLATE LIGASE
キーワードLIGASE / MONOVALENT CATION / THERMOSTABLE / TETRAMER
機能・相同性
機能・相同性情報


formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / tetrahydrofolate interconversion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Formyltetrahydrofolate synthetase; domain 3 / Formyltetrahydrofolate synthetase, domain 3 / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS, conserved site / Formate--tetrahydrofolate ligase / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 1. / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 2. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Formyltetrahydrofolate synthetase; domain 3 / Formyltetrahydrofolate synthetase, domain 3 / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Domain 2, N(10)-formyltetrahydrofolate synthetase / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS / Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS, conserved site / Formate--tetrahydrofolate ligase / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 1. / Formate--tetrahydrofolate ligase signature 2. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Formate--tetrahydrofolate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Radfar, R. / Leaphart, A. / Brewer, J.M. / Minor, W. / Odom, J.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Cation binding and thermostability of FTHFS monovalent cation binding sites and thermostability of N10-formyltetrahydrofolate synthetase from Moorella thermoacetica.
著者: Radfar, R. / Leaphart, A. / Brewer, J.M. / Minor, W. / Odom, J.D. / Dunlap, R.B. / Lovell, C.R. / Lebioda, L.
履歴
登録2000年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FORMATE--TETRAHYDROFOLATE LIGASE
B: FORMATE--TETRAHYDROFOLATE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,99415
ポリマ－119,6722
非ポリマー1,32313
水4,864270
1
A: FORMATE--TETRAHYDROFOLATE LIGASE
B: FORMATE--TETRAHYDROFOLATE LIGASE
ヘテロ分子

A: FORMATE--TETRAHYDROFOLATE LIGASE
B: FORMATE--TETRAHYDROFOLATE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,98830
ポリマ－239,3434
非ポリマー2,64526
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
手法PQS
2
A: FORMATE--TETRAHYDROFOLATE LIGASE
ヘテロ分子

B: FORMATE--TETRAHYDROFOLATE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,99415
ポリマ－119,6722
非ポリマー1,32313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area8110 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area38900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.876, 160.876, 256.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 FORMATE--TETRAHYDROFOLATE LIGASE / FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE


分子量: 59835.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (バクテリア)
プラスミド: PCRL47 S2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21164, formate-tetrahydrofolate ligase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: AMMONIUM SULFATE, PEG 1000, POTASSIUM MALEATE, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
146 %satammonium sulfate1reservoir
21 mMdithiothreitol1reservoir
31 %PEG10001reservoir
450 mMpotassium maleate1reservoirpH7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. all: 137437 / Num. obs: 25025 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル解像度: 2.99→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.182 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 137437

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 3→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 387313.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32 3922 9.5 %RANDOM
Rwork0.266 ---
obs0.266 41458 84 %-
all-137437 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.28 Å2 / ksol: 0.284 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.66 Å25.94 Å20 Å2
2--2.66 Å20 Å2
3----5.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8258 0 57 270 8585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 540 9.7 %
Rwork0.302 5025 -
obs--67.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 9.5 % / Rfactor Rfree: 0.315 / Rfactor Rwork: 0.231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0097
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.359 / % reflection Rfree: 9.7 % / Rfactor Rwork: 0.302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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