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Yorodumi- PDB-4jim: Native Crystal Structure of N10-Formyltetrahydrofolate Synthetase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jim | |||||||||
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Title | Native Crystal Structure of N10-Formyltetrahydrofolate Synthetase | |||||||||
Components | Formate--tetrahydrofolate ligase | |||||||||
Keywords | LIGASE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / tetrahydrofolate interconversion / ATP binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Moorella thermoacetica (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Celeste, L.R. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L. | |||||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2012 Title: Mechanism of N10-formyltetrahydrofolate synthetase derived from complexes with intermediates and inhibitors. Authors: Celeste, L.R. / Chai, G. / Bielak, M. / Minor, W. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jim.cif.gz | 422.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4jim.ent.gz | 347.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jim.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4jim_validation.pdf.gz | 469.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4jim_full_validation.pdf.gz | 491 KB | Display | |
Data in XML | 4jim_validation.xml.gz | 45.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4jim_validation.cif.gz | 66.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/4jim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/4jim | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4jjkC 4jjzC 4jkiC 3pzx C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 558 / Label seq-ID: 5 - 558
|
-Components
#1: Protein | Mass: 60011.980 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Moorella thermoacetica (bacteria) / Strain: ATCC 39073 / Gene: fhs, moorella, Moth_0109 / Plasmid: pAlter-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Y1 References: UniProt: Q2RM91, formate-tetrahydrofolate ligase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 50-75 mM Potassium Maleate Buffer pH 7.0-8.0, 1 mM dithiothreitol, 38-46% Ammonium Sulfate, 1-3.5% PEG 1000 or PEG 1450, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 4, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 74555 / Num. obs: 74518 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 8.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3PZX 3pzx Resolution: 2.1→40.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 11.172 / SU ML: 0.192 / SU R Cruickshank DPI: 0.1722 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.207 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.792 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→40.92 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 32860 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.102→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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