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- PDB-4jki: Crystal Structure of N10-Formyltetrahydrofolate Synthetase with Z... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jki | |||||||||
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Title | Crystal Structure of N10-Formyltetrahydrofolate Synthetase with ZD9331, Formylphosphate, and ADP | |||||||||
![]() | Formate--tetrahydrofolate ligase | |||||||||
![]() | LIGASE/LIGASE INHIBITOR / Ligase / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex | |||||||||
Function / homology | ![]() formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / tetrahydrofolate interconversion / ATP binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Celeste, L.R. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Mechanism of N10-formyltetrahydrofolate synthetase derived from complexes with intermediates and inhibitors. Authors: Celeste, L.R. / Chai, G. / Bielak, M. / Minor, W. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 842.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 850.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 39.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 55.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4jimC ![]() 4jjkC ![]() 4jjzC ![]() 3sin C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 558 / Label seq-ID: 5 - 558
|
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 60011.980 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q2RM91, formate-tetrahydrofolate ligase |
---|
-Non-polymers , 5 types, 105 molecules ![](data/chem/img/ZD9.gif)
![](data/chem/img/XPO.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/XPO.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ZD9 / | ||
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#3: Chemical | ChemComp-XPO / | ||
#4: Chemical | ChemComp-ADP / | ||
#5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 75 mM Potassium Maleate Buffer pH 7.0-8.5, 1 mM dithiothreitol, 40% Ammonium Sulfate, 20% PEG 1000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 278K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 12, 2002 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.58→50 Å / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 10.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3SIN ![]() 3sin Resolution: 2.6→32.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 26.813 / SU ML: 0.267 / SU R Cruickshank DPI: 1.5515 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 1.486 / ESU R Free: 0.337 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 70.146 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→32.03 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 32854 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.595→2.663 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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