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- PDB-4e2i: The Complex Structure of the SV40 Helicase Large T Antigen and p6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e2i
タイトルThe Complex Structure of the SV40 Helicase Large T Antigen and p68 Subunit of DNA Polymerase Alpha-Primase
要素
  • DNA polymerase alpha subunit B
  • Large T antigen
キーワードHydrolase/DNA binding Protein / replication initiation / Hydrolase-DNA binding complex / Hydrolase-DNA binding Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication initiation / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand / bidirectional double-stranded viral DNA replication / DNA replication, synthesis of primer / Removal of the Flap Intermediate ...DNA replication initiation / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand / bidirectional double-stranded viral DNA replication / DNA replication, synthesis of primer / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / viral DNA genome replication / DNA 3'-5' helicase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Defective pyroptosis / isomerase activity / helicase activity / protein import into nucleus / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA replication / hydrolase activity / ciliary basal body / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / intracellular membrane-bounded organelle / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / : / DNA polymerase alpha subunit B, OB domain / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein ...DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / : / DNA polymerase alpha subunit B, OB domain / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Large T antigen / DNA polymerase alpha subunit B / Large T antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Simian virus 40 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5 Å
データ登録者Zhou, B. / Arnett, D.R. / Yu, X. / Brewster, A. / Sowd, G.A. / Xie, C.L. / Vila, S. / Gai, D. / Fanning, E. / Chen, X.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the interaction of a hexameric replicative helicase with the regulatory subunit of human DNA polymerase alpha-primase.
著者: Zhou, B. / Arnett, D.R. / Yu, X. / Brewster, A. / Sowd, G.A. / Xie, C.L. / Vila, S. / Gai, D. / Fanning, E. / Chen, X.S.
履歴
登録2012年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large T antigen
B: Large T antigen
C: Large T antigen
D: Large T antigen
E: Large T antigen
F: Large T antigen
G: Large T antigen
H: Large T antigen
I: Large T antigen
J: Large T antigen
K: Large T antigen
L: Large T antigen
2: DNA polymerase alpha subunit B
3: DNA polymerase alpha subunit B
6: DNA polymerase alpha subunit B
U: DNA polymerase alpha subunit B
W: DNA polymerase alpha subunit B
5: DNA polymerase alpha subunit B
7: DNA polymerase alpha subunit B
9: DNA polymerase alpha subunit B
1: DNA polymerase alpha subunit B
4: DNA polymerase alpha subunit B
8: DNA polymerase alpha subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)598,24735
ポリマ－597,46223
非ポリマー78512
水00
1
A: Large T antigen
B: Large T antigen
C: Large T antigen
D: Large T antigen
E: Large T antigen
F: Large T antigen
2: DNA polymerase alpha subunit B
3: DNA polymerase alpha subunit B
6: DNA polymerase alpha subunit B
5: DNA polymerase alpha subunit B
1: DNA polymerase alpha subunit B
4: DNA polymerase alpha subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,47418
ポリマ－303,08112
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Large T antigen
H: Large T antigen
I: Large T antigen
J: Large T antigen
K: Large T antigen
L: Large T antigen
U: DNA polymerase alpha subunit B
W: DNA polymerase alpha subunit B
7: DNA polymerase alpha subunit B
9: DNA polymerase alpha subunit B
8: DNA polymerase alpha subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,77317
ポリマ－294,38011
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26740 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area80780 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)249.098, 249.098, 387.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Large T antigen


分子量: 41812.664 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 266-627 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian virus 40 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9DH70, UniProt: P03070*PLUS
#2: タンパク質
DNA polymerase alpha subunit B / DNA polymerase alpha 70 kDa subunit


分子量: 8700.879 Da / 分子数: 11 / 断片: UNP residues 1-78 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14181
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.96 M sodium malonate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月30日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5→50 Å / Num. all: 53345 / Num. obs: 39723 / % possible obs: 74.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 5→5.18 Å / % possible all: 78.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CCP4モデル構築
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 5→50 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.3139 3538 Random
Rwork0.3047 --
obs0.3047 35234 -
all-53345 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41862 0 12 0 41874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.002597
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.65442

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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