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万見
- PDB-6hog: Structure of VPS34 LIR motif bound to GABARAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hog
タイトルStructure of VPS34 LIR motif bound to GABARAP
要素Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Autophagy / ATG8 / LIR
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / autophagy of peroxisome / positive regulation by host of viral genome replication ...Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / autophagy of peroxisome / positive regulation by host of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / regulation of Rac protein signal transduction / phosphatidylinositol kinase activity / GABA receptor binding / protein localization to phagophore assembly site / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / autophagy of mitochondrion / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Macroautophagy / autolysosome / beta-tubulin binding / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / axoneme / autophagosome membrane / PI3K Cascade / autophagosome maturation / autophagosome assembly / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / regulation of macroautophagy / smooth endoplasmic reticulum / protein targeting / cellular response to glucose starvation / sperm midpiece / autophagosome / regulation of cytokinesis / regulation of autophagy / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / macroautophagy / autophagy / microtubule cytoskeleton organization / endocytosis / phagocytic vesicle membrane / late endosome / protein transport / actin cytoskeleton / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / peroxisome / kinase activity / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / midbody / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / chemical synaptic transmission / microtubule / lysosome / protein kinase activity / endosome / Golgi membrane / cell division / ubiquitin protein ligase binding / synapse / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily ...Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / C2 domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Mouilleron, S. / Birgisdottir, A.B. / Bhujbal, Z. / Wirth, M. / Sjottem, E. / Evjen, G. / Zhang, W. / Lee, R. / O'Reilly, N. / Tooze, S. ...Mouilleron, S. / Birgisdottir, A.B. / Bhujbal, Z. / Wirth, M. / Sjottem, E. / Evjen, G. / Zhang, W. / Lee, R. / O'Reilly, N. / Tooze, S. / Lamark, T. / Johansen, T.
資金援助 ノルウェー, 2件
組織認可番号国
Research Council of Norway214448 ノルウェー
Research Council of Norway249884 ノルウェー
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2019
タイトル: Members of the autophagy class III phosphatidylinositol 3-kinase complex I interact with GABARAP and GABARAPL1 via LIR motifs.
著者: Birgisdottir, A.B. / Mouilleron, S. / Bhujabal, Z. / Wirth, M. / Sjottem, E. / Evjen, G. / Zhang, W. / Lee, R. / O'Reilly, N. / Tooze, S.A. / Lamark, T. / Johansen, T.
履歴
登録2018年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6927
ポリマ－15,1911
非ポリマー5006
水1,47782
1
A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子

A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子

A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,07621
ポリマ－45,5743
非ポリマー1,50118
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.100, 92.100, 41.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

SO4

21A-201-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit / Phosphoinositide-3-kinase ...PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit / Phosphoinositide-3-kinase class 3 / hVps34 / GABA(A) receptor-associated protein / MM46


分子量: 15191.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3C3, VPS34, GABARAP, FLC3B, HT004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8NEB9, UniProt: O95166, phosphatidylinositol 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM HEPES pH 7.1, 40% PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→28.6 Å / Num. obs: 34959 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.26→1.3 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 10172 / CC1/2: 0.53 / Rpim(I) all: 0.49 / Rrim(I) all: 0.89 / % possible all: 98.19

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GNU

1gnu


解像度: 1.26→28.6 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1809 1581 4.52 %
Rwork0.1545 --
obs0.1556 34958 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→28.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1005 0 30 82 1117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7931514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.848429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.26-1.30070.33821170.28573048X-RAY DIFFRACTION98
1.3007-1.34720.2641340.25183007X-RAY DIFFRACTION99
1.3472-1.40110.23141500.20443033X-RAY DIFFRACTION99
1.4011-1.46490.2311560.17383008X-RAY DIFFRACTION99
1.4649-1.54210.19391770.14163012X-RAY DIFFRACTION100
1.5421-1.63870.15421390.12023049X-RAY DIFFRACTION100
1.6387-1.76530.19331470.12333060X-RAY DIFFRACTION99
1.7653-1.94290.1681460.12033024X-RAY DIFFRACTION100
1.9429-2.22390.16971470.13123049X-RAY DIFFRACTION100
2.2239-2.80150.21081250.16443076X-RAY DIFFRACTION99
2.8015-28.67240.16061430.16153011X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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