- PDB-6hnv: Crystal structure of aminotransferase Aro9 from C. Albicans with ... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 6hnv
タイトル
Crystal structure of aminotransferase Aro9 from C. Albicans with ligands
要素
Aromatic-amino-acid:2-oxoglutarate transaminase
キーワード
TRANSFERASE / Aro9 from C. Albicans
機能・相同性
機能・相同性情報
kynurenine aminotransferase activity / aromatic-amino-acid:2-oxoglutarate aminotransferase activity / L-lysine catabolic process / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / 2-aminoadipate transaminase activity / alpha-amino acid metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / tyrosine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / L-phenylalanine biosynthetic process ...kynurenine aminotransferase activity / aromatic-amino-acid:2-oxoglutarate aminotransferase activity / L-lysine catabolic process / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / 2-aminoadipate transaminase activity / alpha-amino acid metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / tyrosine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / L-phenylalanine biosynthetic process / transaminase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase 類似検索 - ドメイン・相同性
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.89429 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 31584 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Net I/σ(I): 9.22
反射 シェル
解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.904 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 5145 / CC1/2: 0.717 / % possible all: 95.7
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0232
精密化
XDS
データ削減
XDS
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→46.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.27971
948
3 %
RANDOM
Rwork
0.19917
-
-
-
obs
0.20159
30634
93.98 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK