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- PDB-6hmm: POLYADPRIBOSYL GLYCOHYDROLASE IN COMPLEX WITH PDD00013907 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hmm
タイトルPOLYADPRIBOSYL GLYCOHYDROLASE IN COMPLEX WITH PDD00013907
要素Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
キーワードHYDROLASE / COMPETITIVE INHIBITOR / PARG
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / regulation of DNA repair / base-excision repair, gap-filling / carbohydrate metabolic process / nuclear body / mitochondrial matrix ...nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / regulation of DNA repair / base-excision repair, gap-filling / carbohydrate metabolic process / nuclear body / mitochondrial matrix / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Poly(ADP-ribose) glycohydrolase / Poly (ADP-ribose) glycohydrolase (PARG), catalytic domain / : / Poly (ADP-ribose) glycohydrolase (PARG), Macro domain fold / Poly (ADP-ribose) glycohydrolase (PARG), helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7JB / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tucker, J.A. / Brassington, C. / Hassall, G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2018
タイトル: Cell-Active Small Molecule Inhibitors of the DNA-Damage Repair Enzyme Poly(ADP-ribose) Glycohydrolase (PARG): Discovery and Optimization of Orally Bioavailable Quinazolinedione Sulfonamides.
著者: Waszkowycz, B. / Smith, K.M. / McGonagle, A.E. / Jordan, A.M. / Acton, B. / Fairweather, E.E. / Griffiths, L.A. / Hamilton, N.M. / Hamilton, N.S. / Hitchin, J.R. / Hutton, C.P. / James, D.I. ...著者: Waszkowycz, B. / Smith, K.M. / McGonagle, A.E. / Jordan, A.M. / Acton, B. / Fairweather, E.E. / Griffiths, L.A. / Hamilton, N.M. / Hamilton, N.S. / Hitchin, J.R. / Hutton, C.P. / James, D.I. / Jones, C.D. / Jones, S. / Mould, D.P. / Small, H.F. / Stowell, A.I.J. / Tucker, J.A. / Waddell, I.D. / Ogilvie, D.J.
履歴
登録2018年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8708
ポリマ－60,9761
非ポリマー8947
水9,458525
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area21110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.081, 90.367, 95.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Poly(ADP-ribose) glycohydrolase


分子量: 60976.258 Da / 分子数: 1 / 変異: K616A, Q617A, K618A, E688A, K689A, K690A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cysteines 268 and 500 have become singly oxidised during purification/ crystallisation (ie microheterogeneity)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q86W56, poly(ADP-ribose) glycohydrolase

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非ポリマー , 5種, 532分子

#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-7JB / ~{N}-~{tert}-butyl-9,10-bis(oxidanylidene)anthracene-2-sulfonamide


分子量: 343.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Mix purified protein in 50 mM HEPES, pH 7.0, 150 mM NaCl, 2 mM DTT at 7.5 mg/mL with a precipitant consisting of 28% PEG-3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M PCTP (0.04 M sodium propionate, ...詳細: Mix purified protein in 50 mM HEPES, pH 7.0, 150 mM NaCl, 2 mM DTT at 7.5 mg/mL with a precipitant consisting of 28% PEG-3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M PCTP (0.04 M sodium propionate, 0.02 M sodium cacodylate, 0.04 M Bis-Tris propane) pH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月15日 / 詳細: Rigaku VariMaxHF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→95.41 Å / Num. obs: 45150 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 26.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.89→1.99 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2509 / % possible all: 78.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A0D

4a0d


解像度: 1.9→27.8 Å / SU R Cruickshank DPI: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.169 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.162
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2588 2246 5.09 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
obs0.2041 44100 95.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0857 Å20 Å20 Å2
2---1.0638 Å20 Å2
3----3.0219 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.307 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4062 0 55 525 4642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONBOND LENGTHS0.014258HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONBOND ANGLES1.065787HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONPEPTIDE OMEGA TORSION ANGLES3.21SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONOTHER TORSION ANGLES16.86SINUSOIDAL2
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4276 113 4.5 %
Rwork0.3475 2396 -
obs--95.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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