PDB-6hmj: Structure of an RNA-binding Light-Oxygen-Voltage Receptor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hmj

タイトル

Structure of an RNA-binding Light-Oxygen-Voltage Receptor

要素

Putative PAS/PAC sensor protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / sensory photoreceptor / light-oxygen-voltage / RNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nakamurella multipartita DSM 44233 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Ziegler, T. / Moniot, S. / Moeglich, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: A blue light receptor that mediates RNA binding and translational regulation.
著者: Weber, A.M. / Kaiser, J. / Ziegler, T. / Pilsl, S. / Renzl, C. / Sixt, L. / Pietruschka, G. / Moniot, S. / Kakoti, A. / Juraschitz, M. / Schrottke, S. / Lledo Bryant, L. / Steegborn, C. / ...

履歴

登録	2018年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

類似構造データ	4gay-d 2zjs-d 6c5r-2 6d11-d 5lc4-d 1hqc-d 4gzu-d 2or9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (5)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (5)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative PAS/PAC sensor protein

B: Putative PAS/PAC sensor protein

C: Putative PAS/PAC sensor protein

D: Putative PAS/PAC sensor protein

ヘテロ分子

164 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative PAS/PAC sensor protein

B: Putative PAS/PAC sensor protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
81.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative PAS/PAC sensor protein

D: Putative PAS/PAC sensor protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.013, 150.345, 219.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Putative PAS/PAC sensor protein 分子量: 40421.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nakamurella multipartita DSM 44233 (バクテリア) 株: ATCC 700099 / DSM 44233 / CIP 104796 / JCM 9543 / NBRC 105858 / Y-104 遺伝子: Namu_4361 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C8XJT7

-
非ポリマー , 5種, 168分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.07 %
結晶化	温度: 277.3 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M bicine, pH 9.2, 15% (w/v) PEG 20,000, 2% dioxane, 0.8 M imidazole acetate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91814 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91814 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.51→71.127 Å / Num. obs: 75981 / % possible obs: 98.69 % / 冗長度: 4.3 % / R_pim(I) all: 0.1082 / R_rim(I) all: 0.2283 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.51→2.6 Å / R_pim(I) all: 1.074 / R_rim(I) all: 2.321

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.51→71.127 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2541	3748	4.94 %
R_work	0.2431	-	-
obs	0.2437	75886	98.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→71.127 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10733	0	155	158	11046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11101
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.634	15148
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.155	6608
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1764
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1976

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.51-2.5418	0.4696	139	0.4669	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5418-2.5753	0.4455	133	0.4397	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5753-2.6105	0.43	138	0.423	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6105-2.6478	0.3645	129	0.3857	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6478-2.6874	0.3704	148	0.3762	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6874-2.7294	0.3215	119	0.3396	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7294-2.7741	0.3402	140	0.3392	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7741-2.8219	0.3972	135	0.3211	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8219-2.8733	0.3535	155	0.3109	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8733-2.9285	0.3265	173	0.3075	2641	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9285-2.9883	0.3102	120	0.3041	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9883-3.0533	0.3707	125	0.3023	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0533-3.1243	0.3393	148	0.3137	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1243-3.2024	0.305	135	0.3037	2693	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2024-3.289	0.305	139	0.2781	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.289-3.3858	0.2821	133	0.2529	2669	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3858-3.4951	0.2667	139	0.2499	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4951-3.62	0.2425	130	0.2462	2637	X-RAY DIFFRACTION	98
3.62-3.7649	0.2601	140	0.2429	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7649-3.9363	0.2715	138	0.2386	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9363-4.1438	0.2185	144	0.2107	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1438-4.4033	0.2407	140	0.1889	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4033-4.7433	0.2028	137	0.1752	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7433-5.2205	0.1747	143	0.1871	2688	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2205-5.9756	0.2274	135	0.2106	2711	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9756-7.5272	0.2212	158	0.2345	2714	X-RAY DIFFRACTION	97
7.5272-71.1557	0.1823	135	0.1913	2832	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.5148	2.0814	2.7348	6.6117	0.7213	2.8652	-0.1145	0.669	0.1145	-0.8924	-0.0498	-0.1228	-0.4462	0.1428	0.1503	0.8665	0.1826	-0.0168	0.6722	0.0089	0.392	5.8771	78.7107	86.5689
2	1.051	-1.0749	-2.1196	0.5628	1.4966	5.0786	0.0732	0.0284	0.0154	-0.2047	0.0598	-0.0786	-0.0514	0.441	-0.1757	0.5859	-0.0436	0.0325	0.6403	-0.0725	0.5237	-12.7603	93.0474	138.5437
3	1.9976	1.0172	-2.5399	5.0116	-2.5253	7.3944	-0.0325	-0.1428	0.1329	0.3152	0.0374	0.2245	-0.0453	0.2846	-0.0113	0.3326	0.0706	-0.0377	0.5114	-0.0703	0.4915	-21.2886	102.1696	180.0543
4	-0.2917	0.1101	0.5739	2.464	1.9972	4.7614	0.001	0.1837	-0.0526	-0.1663	-0.119	0.3576	-0.1866	-0.6525	0.1632	0.3521	0.0985	-0.0271	0.5104	0.02	0.5794	-27.6219	102.75	163.9345
5	7.8119	3.4152	-4.3878	7.0611	-1.7306	2.6526	-0.1143	-0.0783	1.2956	0.218	-0.1484	-0.9635	-0.9374	0.6626	0.2754	0.892	0.0639	-0.2493	0.7955	0.0748	1.2451	21.3841	92.5374	100.3312
6	8.1807	0.4111	-3.2503	1.2321	-0.376	4.9189	-0.1116	-0.0472	0.6072	0.0203	-0.0416	0.0299	0.0257	-0.2226	0.1396	0.6939	0.132	-0.0821	0.538	-0.0453	0.4951	10.2391	82.6974	104.5981
7	5.7199	0.9677	0.2775	8.7773	2.0325	5.9611	-0.1804	0.0108	-0.6532	0.5514	0.2222	-0.1767	1.6196	0.6966	-0.0291	1.0806	0.1755	0.0246	0.6149	-0.0984	0.5829	-11.1629	76.0119	147.4897
8	2.9339	-0.3994	-2.3268	1.6688	0.2574	4.0946	-0.3738	-0.4486	-0.541	-0.0183	0.082	-0.0351	1.1571	0.8546	0.2105	0.8806	0.26	0.0208	0.6829	0.1014	0.5735	-16.4309	80.2594	178.5826
9	4.9145	-0.6667	1.5705	5.9544	-0.0182	4.1097	-0.2555	-0.6066	1.0778	0.2921	0.1629	-0.2138	-0.3537	-0.0623	0.1279	0.8313	-0.1648	0.1585	0.6531	-0.369	1.2053	7.2334	128.9498	167.3933
10	1.7541	-1.8037	-1.435	7.0823	3.3031	3.579	0.0793	0.0288	0.0598	0.0152	-0.2257	0.2307	-0.0026	-0.0256	0.2084	0.2656	-0.005	0.0004	0.4247	-0.0009	0.4536	27.7122	80.0111	128.4124
11	1.3687	-0.6385	-0.1053	2.8644	0.555	2.4823	0.2764	0.2664	-0.009	-0.6862	-0.2291	-0.1213	0.0242	0.1794	-0.082	0.6008	0.1016	0.14	0.5378	0.0198	0.4627	37.1466	66.6228	108.3931
12	6.3721	-3.0212	-0.6335	4.3711	0.5831	1.5767	-0.0669	0.4295	0.5342	-0.6983	0.2302	-0.1837	-0.1023	0.0477	-0.2284	0.7817	-0.208	0.0897	0.4849	-0.0656	0.6327	-1.3697	117.7724	153.4323
13	1.3144	-0.565	0.0219	5.3507	-0.2848	1.8803	0.0274	-0.1605	-0.1335	0.3759	-0.0265	0.2383	0.1828	-0.1076	0.038	0.37	-0.1055	0.0081	0.4851	0.0148	0.4407	28.0328	54.5697	131.6349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 113 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 114 through 216 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 217 through 293 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 294 through 373 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 10 through 53 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 54 through 134 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 135 through 202 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 203 through 367 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 11 through 113 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 114 through 244 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 245 through 373 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 11 through 134 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 135 through 366 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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