PDB-6hjh: Myxococcus xanthus MglA bound to GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hjh

タイトル

Myxococcus xanthus MglA bound to GDP

要素

Mutual gliding-motility protein MglA

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Small GTPase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein localization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Myxococcus xanthus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Varela, P.F. / Cherfils, J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: MglA functions as a three-state GTPase to control movement reversals of Myxococcus xanthus.
著者: Galicia, C. / Lhospice, S. / Varela, P.F. / Trapani, S. / Zhang, W. / Navaza, J. / Herrou, J. / Mignot, T. / Cherfils, J.

履歴

登録	2018年9月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hjh.cif.gz	92.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hjh.ent.gz	70.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hjh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hjh_validation.pdf.gz	744.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hjh_full_validation.pdf.gz	747.2 KB	表示
XML形式データ	6hjh_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	6hjh_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/6hjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/6hjh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h17C 6h35C 6h5bC 6hjmC 6hjoC 3t1oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m9q-1 2way-2 3t1v-3 2jgb-d 2wax-2 2ic8-d 4avq-4 2kii-d 1dah-d 4f21-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mutual gliding-motility protein MglA

ヘテロ分子

22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.550, 73.550, 97.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Mutual gliding-motility protein MglA 分子量: 22042.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 遺伝子: mglA, MXAN_1925 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1DB04
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES 0.1M, PEG 4000 30%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→38.6 Å / Num. obs: 4841 / % possible obs: 47 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 90.42 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.23 / R_rim(I) all: 0.26 / Net I/σ(I): 7.26
反射シェル	解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 135 / CC_1/2: 0.4 / R_rim(I) all: 1.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3T1O

3t1o

解像度: 3.3→38.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.789 / R_factor R_free error: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 1.104

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.316	112	4.95 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.197	2264	46.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 103.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.3935 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.3935 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.787 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.42 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.3→38.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1519	0	28	1	1548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	1577	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	2139	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		560	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		39	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		237	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		1577	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.1
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	23.16
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		207	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		1768	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.69 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	-	4.69 %
R_work	0.268	488	-
all	0.267	512	-
obs	-	-	37.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 40.1012 Å / Origin y: -10.3245 Å / Origin z: 1.8733 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1427 Å²	-0.0164 Å²	-0.1044 Å²	-	-0.2096 Å²	-0.004 Å²	-	-	-0.117 Å²
L	3.7278 °²	-0.6349 °²	0.0845 °²	-	3.7529 °²	1.8815 °²	-	-	8.7741 °²
S	0.0337 Å °	0.2959 Å °	-0.0177 Å °	-0.168 Å °	-0.0368 Å °	-0.2244 Å °	-0.1534 Å °	0.1335 Å °	0.0031 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|3 - A|192 }

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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