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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6haw | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of bovine cytochrome bc1 in complex with 2-pyrazolyl quinolone inhibitor WDH2G7 | |||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT / cytochrome bc1 / malaria | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / : / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane ...Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / : / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Amporndanai, K. / Hong, W.D. / O'Neill, P.M. / Hasnain, S.S. / Antonyuk, S.V. | |||||||||
引用 | ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2018 タイトル: Potent Antimalarial 2-Pyrazolyl Quinolonebc1(Qi) Inhibitors with Improved Drug-like Properties. 著者: David Hong, W. / Leung, S.C. / Amporndanai, K. / Davies, J. / Priestley, R.S. / Nixon, G.L. / Berry, N.G. / Samar Hasnain, S. / Antonyuk, S. / Ward, S.A. / Biagini, G.A. / O'Neill, P.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6haw.cif.gz | 844.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6haw.ent.gz | 682.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6haw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6haw_validation.pdf.gz | 4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6haw_full_validation.pdf.gz | 4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6haw_validation.xml.gz | 73.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6haw_validation.cif.gz | 97.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6haw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6haw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5okdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 8種, 8分子 ABEFGHIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 48323.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31800 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 44067.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23004 |
#5: タンパク質 | 分子量: 21640.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase |
#6: タンパク質 | 分子量: 12357.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00129 |
#7: タンパク質 | 分子量: 8799.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13271 |
#8: タンパク質 | 分子量: 7515.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00126 |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4827.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase |
#10: タンパク質 | 分子量: 6866.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00130 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 CD
#3: タンパク質 | 分子量: 42489.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00157 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 27107.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00125 |
-糖 , 1種, 1分子
#18: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 13種, 61分子
#11: 化合物 | ChemComp-6PE / | ||||||||||||||||||||||
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#12: 化合物 | ChemComp-PGE / #13: 化合物 | ChemComp-PO4 / #14: 化合物 | ChemComp-CDL / #15: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #16: 化合物 | #17: 化合物 | #19: 化合物 | #20: 化合物 | ChemComp-FX2 / | #21: 化合物 | ChemComp-HEC / | #22: 化合物 | ChemComp-FES / | #23: 化合物 | ChemComp-PX4 / | #24: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.7 % / 解説: Bipyramidal red crystal |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: Protein 40mg/mL with 1.6% HECAMEG; reservoir solution 50mM KPi pH 6.8, 100mM NaCl, 3mM NaN3, 10-12% PEG4000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9282 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9282 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.45→92.1 Å / Num. obs: 54895 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.45→3.55 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 1.125 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 557989 / CC1/2: 0.315 / Rpim(I) all: 0.534 / Rrim(I) all: 1.253 / % possible all: 91.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: 5OKD 解像度: 3.45→92.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.805 / SU B: 56.891 / SU ML: 0.372 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.49 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 246.77 Å2 / Biso mean: 102.24 Å2 / Biso min: 56.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.45→92.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.45→3.54 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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